五月底，吴绍霆从上海返回了广州，顺便还带回了广州起义时用来护送袁树勋逃跑的“广金”号。“广金”号到达厦门之后放下了袁树勋等人，立刻就起义北上了。这几个月一直与上海海军基地的官兵响应，几乎已经被编入了上海海军基地的序列。吴绍霆在上海这段期间碰巧遇到了“广金”号舰长，舰长是广东人，渴望返回故乡，吴绍霆也巴不得多一艘军舰巩固广州海防，遂与上海海军司令部、都督府进行谈判。
上海方面一开始及其不愿意放走“广金”号，军舰的价值大家都心知肚明。为此吴绍霆还与海军司令部大发脾气，在海军办公室摔了两次茶杯，同时还鼓动“广金”号官兵主动争取回归广州。
都督府对此这件事感到很无奈，最后迫于形势只好站在了吴绍霆一方，要求海军司令部放行。海军司令部是独立的机构，名义上遵从都督府，实际上则是自立门户。可尽管如此，双方面压力之下不得不妥协。
全国代表大会对于吴绍霆只是一次观光旅游，顺便讨到手一些政治资本。对于此次东行他感到很满意，哪怕只是与岑春煊、孙中山、伍廷芳等人的见上一面，都是十分值得的。临别前，宋教仁、蒋志清以及广东代表都到码头相送，这让吴绍霆感到了几分得意。
六月初，“广金”号和“广玉”号抵达广州港，广东革命政府与军部派人前来迎接，其场面比起上海临别的场面更加隆重，只差没有出动军乐队了。
回到军部，吴绍霆听取了邓铿、李济深、何福光三人的汇报。这离去的这一个月时间里，广东全省的军务整编工作差不多接近尾声，只是未能入编的士兵、各级军事长官以及警察学校的事宜都还等待吴绍霆亲自批示。吴绍霆对三人的处理十分满意，正好他在上海春风得意了一番，于是不吝言语好好的称赞了他们。
在上海时，吴绍霆闲暇之余曾慎重考虑过新编第三师的人事任命问题，早已经有了一份草稿。如今加以短暂的酝酿即便可以执行。不过总得来说，这次是要提拔一批中下级军官了。
新编第三师下辖三个步兵团、一个炮兵营，步兵团序列为第七团、第八团、第九团。调第一团副团长孙继直为第七团团长，驻云浮。苏贡代替孙继直为第一团副团长。苏贡脾气暴躁，而韦汝骢是名声在外的人物，苏贡在其面前必然不敢造次。
李耀汉为第八团团长，第二团副团长徐少文调任第八团副团长，进驻江门；龙靓光代替出任第二团副团长。
第九团暂时找不到合适人选，吴绍霆不得不从参谋部调任下去。斟酌之后，他让许海英出任第九团团长，副团长暂时空缺，进驻肇庆。炮兵营营长则临时提拔许广为见习营长，暂时留在东校场。
新编第三师师部暂时未能组建，吴绍霆实在是找不到合适和信任的人担任师长，只好由军部直辖。
六月中旬，广州革命政府官员集体应孙中山之邀，北上前往南京任职。同一天南京临时政府正式任命吴绍霆为广东都督，由其负责组建新一届的广东军政府。
吴绍霆在胡汉民上船北去的当天下午，下令关闭华丽辉煌的政府会馆，将政府会馆归还给当初捐赠的华侨商人。这一举在广州引起了一阵热议，褒贬皆有，不过很快就淡忘下去了。新都督府设置在两广总督府旧址，广州参议院依然留在昔日的将军府。
新都督的上任必然要组建新的政府班子，吴绍霆改军事部制度为军事联席会议制度，他坐在了都督的位置，当然不会让任何人接替自己的旧职。军事联席会议设六个主席，分别由革命粤军三个师师长、参谋部正副参谋长以及参议院副参议长出任；次席若干，由师部、团部、参谋部高阶军官出席。
联席会议制度只是虚设，兵权自然只能由一个人来掌管。
新政府仿效临时政府的内阁分部，暂时拟定为八个部门。
海军部部长由广东水师部队公选，推举“楚泰”号舰长高广征为部长，“广庚”号舰长任光宇为次长。教育部部长为未曾跟随胡汉民北上南京的朱执信，次长为陈少白；新闻部部长莫纪彭，次长邹鲁；财政部长依旧是李煜堂，次长为资产阶级代表张潮安；商务部长张直，次长许雪秋；交通部长为旧官僚代表许汀芳，次长为君宪派代表郑泽生；政务部部长为昔日县府李文本，次长是另外一县县府赵庆新；司法部暂缺。
此外，马锦春为军政府通讯室主任，昔日水师提督李准为海军部顾问以及广东海军学堂筹备处总长，原二十三镇标统李文范任军官处次长兼任黄埔军校高级教官顾问，原二十三标统谭正衢为军事联席会议议长兼广东警察学校筹备处总长。
除了马锦春之外，其他这些迫于形势而屈服的将领吴绍霆并没有完全信任，可是这些人不能放，也不能杀。他们都是有一定威望的人，放走之后会成为心头之患，杀了又势必引起很多旧部的不满。索性安排一些闲散却又实干的职衔给他们，让他们发挥余热。
吴绍霆正式宣誓就任广东军政府都督之后，颁布了一系列的新政，大力鼓励中小企业、手工业、轻工业；制订农业社会保障政策，通过每年将政府多余税款做为农村津贴的方式，即不得罪地主、资产阶级，又起到了扶助中下贫农的作用。均衡各项税收和支出，适当投入资金发展教育和科技事业。
他宣布张盛霆公司成为政府企业，以类似二十一世纪国营企业的方式，通过掌控烟草、盐业、军工产业、能源企业等，创造更多的财政收入。可以预测这些企业未来五年内的税收比重将占全广东税收的三分之一，所有政府企业的收入严格按照二八分成，政府抽取百分之八十的利润列入财政收入。
他可不会像二十一世纪的天朝上国，让人民的央企成为鱼肉人民的工具。（会被螃蟹吗）
虽然新政颁布才不久，并没有立刻见到效果，然而通过新闻部有效的宣传，以及资产阶级的大力支持，吴绍霆很快成为全省各界人民的新希望。不得不说，这些政策只要能够贯穿执行，广东的未来一片光明。尤其是在农商两业的扶持，甚至可谓是具有划时代的意义，五千年来农民默默付出总算看到了回头钱，即便还没有拿到手也感到心中温暖，毕竟新上任的都督是记挂着他们的。
六月二十二日，由张直和李煜堂牵线，吴绍霆在都督府会议室邀请了广东省几家私人银庄的老板和股东进行会商，吴绍霆将以张盛霆公司的名义出资入股这些银庄，并必定合众为一，成立广东联合银行。他知道这些银庄有不少是百年老字号，不但实力雄厚，而且带有浓烈的家族荣誉，不会轻易改名易主。在会议上他直接向诸位老板开诚布公，统一联合的官办银行势必会在广东出现，如果私人银行不肯改组，那就意味着要与官办银行发生血战，倒头来两败俱伤。他之所以召开这次会议，是希望寻找一个共赢的方案，官商合作，避免没必要的血拼，反而能更进一步。
经过两天的讨论，银庄老板们在张直、李煜堂等人的劝说下，权衡利益，最终只能选择合作共赢。他们对吴绍霆这种会商的方式取得合作很敬佩，这表示吴绍霆不是一个以公谋私、独断专行的军阀，是一个真正为广东发展着想的领袖。民不与官斗是五千年的铁律，吴绍霆如果要对付他们，只怕略调兵马就能抢走银庄所有的钱。
商务部与各个银庄协调了七八天，于七月一日正式挂牌成立广东联合银行。银庄麾下的分店改为办事处或储蓄所，为了提高全省通存通兑的效率，吴绍霆还专门与银行共同出资，假设了银行专用电报线路，每个县至少有一个办事处安装电报机。这样一来，以前需要几个月时间核对一次通账，现在三、五天就能解决了。