在这场对廓尔喀战争中，武毅军在一定程度上是代表了大唐的利益的。对大唐共和国来说，这场战争有利于稳定大唐在南亚的地位，同时获得更佳地与英国殖民地对峙的地位。而现在大唐已经确保了自己的利益，西里古里走廊等地区，已经被武毅军控制了，随后大和兵团又屯驻了进来，进行控制。
那么在这场战争里，清国又有如何的利益呢？首先就是确保西藏不失，自元朝以来，西藏便是服从于中央政权的地区，与宗藩还完全不同，特别是在清朝，对于蒙藏回等地区，控制力也十分强，所以是不容有失的。另一方面，九年前京师事变之后，这大清国一直都处于一种军事不自信的状态中，以廓尔喀试刀有助于恢复自信，同时还能打出大清声威。
但相对实质性的好处，嘉庆以及他的朝廷实际上都没有太明确的认识。其实嘉庆本人就想通过这一仗来实现自己的武功，对于国家有什么真正好处，不在他的考虑范围内。而这个问题福康安却考虑过了。如果说让廓尔喀纳贡称臣的话，现在廓尔喀求和就应该答应了。这样面子有了，而且不会耗费太多。至少相对不会耗费太多。
但嘉庆已有灭掉廓尔喀的心思，如果继续出兵，进入廓尔喀境内，消灭廓尔喀沙阿王朝，清军显然会有更大的消耗以及损失。更加麻烦的就是，一场灭国战争可能激起当地人强烈的反抗。另外要占据廓尔喀，必然要在当地建立有效的统治，是采用之前新疆的模式，还是效仿内地，都是问题，毕竟清人在廓尔喀几乎没有任何影响力。只要部队一撤走，这里说不定立马就要生变，那么部队不撤走，在此保留军队显然就需要投入大量的钱粮。
所有这些问题，福康安一想就是非常头疼，于是他向嘉庆上书，并且暂缓了攻势，希望嘉庆帝能够接受一场议和，结束这场战争。可是嘉庆的心气十分的高，他反而斥责了福康安，说武毅军已经在另一侧整装待发，数万大清将士枕戈待旦，福康安临阵狐疑犯了兵家大忌。嘉庆说福康安的考虑他已经知道了，这一仗的目标是将廓尔喀真正打怕，他还坚持认为廓尔喀经小挫就求和，是缓兵之计，没有被打服，只有真正打到阳布（加德满都），给他们造成重创，廓尔喀才会在心底里服气，以后效忠大清。
这个观点也有一定道理，当然嘉庆是皇上，大清朝的体制归根到底还是君主制，福康安的传统思想也使得他不能脱离嘉庆而单独行事。不过嘉庆的调门已经放低了一些，目的是给廓尔喀重创，这样一来就好办了一些。至少大清不必在战后收拾这样的一个烂摊子，而且现在福康安也确实拥有比较好的条件，手中兵强马壮，而且喜马拉雅山的南麓还有武毅军在策应配合。
接下来，福康安派严廷良先后收复了定结和定日，廓尔喀军兵力不多，只有数百，面对清军多面围攻，只是进行了象征性地抵抗就撤退了，并没有像传说中那样血战到底。十月六日，福康安领兵行至宗喀以南的辖布基，进攻擦木山隘（今吉隆县宗喀镇南）。是日夜，清军乘雨分兵五路，福康安居中，哲森保等由东西两山夹击廓军营寨，莫尔根保绕到营后偷袭。初七日黎明之时，清兵攻克擦木山梁上的两座廓军石碉楼，斩杀二百余人。八日，清军进至玛噶尔辖尔甲，击溃由济咙前来迎战的廓军。斩杀六百四十余人，俘虏二百余人。十二日，成德、岱森保等部收复聂拉木以南要隘木萨桥。至此，清军扫清擦木至济咙段边境。
十三日，福康安率军由济咙启程，沿吉隆河东岸南下。十四日，清军过藏廓边界之摆吗奈撒，进入廓尔喀境内之热索瓦，与廓军隔热索河对峙。热索河为吉隆河支流，其上有木板浮桥，即热索桥，也是从西藏进入尼泊尔的必经之路。廓兵在热索河北岸索喇拉山上筑碉楼一座，南岸临河有碉楼两座，并将热索桥木板撤去，凭河据守。十五日，清兵佯攻河北岸的廓军碉楼；另遣金川藏兵翻越两座高山，绕道至热索河上游六七里处，伐木做筏，渡河后沿南岸疾行，突袭临河碉房。南岸廓兵出卡抵御之际，北岸的清兵主力搭桥渡河，一举夺取三座石碉，大获全胜。
福康安攻入尼泊尔之后，又相继在协布噜、东觉山取得了胜利，一时威风无两，甚至在接到战报之后，上海的大唐报纸也替福康安唱起了凯歌，认为福康安用兵果决，能人所不能，方才取得胜利。只不过在总督府内的白南看到这样的东西也就是笑一笑罢了，清军在各方面都存在着绝对的优势，福康安和清军将领们在战争中又是挖地道、又是火攻、又是翻山奇袭的，基本上都是古代战争的套路。福康安虽然这些年来了解了不少新式军事的理论，但看起来吸收还是有些不良的。
不过白南也不能否认，福康安打得还是没有问题的，换唐军作战，在那样的环境里，恐怕也会做一些相同的决断。福康安的胜利之机在于他的果决和对战场触觉的灵敏，使他能够在反应比较缓慢的廓军面前占得先机，处处领先。当然福康安优势太多的兵力和火力也是非常重要的原因，福康安以火枪兵居中，与廓军开战，先是一团攒射，廓军往往坚持不下来，然后就被福康安的左右两翼包夹，被迫撤出战场。拥有如此大的优势，如果打得不顺利才是问题呢。
而另一头，武毅军选择沿南部平原向西突进，然后在****达击溃了廓尔喀的守军，翻过了高山，比福康安更早抵达了阳布周边。两天后，福康安的部队在甲尔古拉山遭遇失利，廓军将清军引入山林，然后放火烧山，清军伤亡数百，并损失了八名营级以上军官。福康安不愿输给武毅军和唐人，咬着牙再度挺兵，廓军这次抵挡不了，最终清军完成了一南一北对阳布的包夹。
廓尔喀亡国之灾近在眼前。