时间，总是世界上最无情的东西。
一座崭新而充满活力的都市，只要一两个月失去住民的运作维护，就会荒草遍布，鸦雀横飞，变成废墟一样破旧，阴森森的鬼城。
第三新东京市，现在就是这样的例子。
这座城市，已经被废弃了。
荒芜，是它唯一的形容。
自从数十天之前的那场大雷雨，以及神秘的蓝色大爆炸，使得城市中心的要塞建筑群全面毁灭，随之而来的数小时的持续地震和雷鸣，更是令城市避难通告延长了一整夜。
幸好，直到太阳再次升起，这个世界依旧存在。
不过在第二天清晨，居民们等来的不是NERV发布的允许回家通告，而是一道来自联合国与日本政府的措辞强硬的戒严令。
这道命令宣布：因为恶性病毒扩散，整个第三新东京市必须全面封闭，市内居民在确认了没有感染之后，将在四十八小时之内，被强制分散撤离，市内的所有相关机构，被转移到长野的第二新东京市，而NERV总部，即时关闭，时间期限为无限。
同时，大批军队进驻市区，将整个城市纳入军事化管制之中。
由于政府的做得够快够好，所以在一切疑问和抵抗发生之前，就已经抑制了，一个星期之后，曾经作为整个人类生死线的第三新东京市，就好像完全被蒸发了一样，彻底消失于人们的视线之中，再也没人提起了。
很少有人知道，穿过那贯穿二十四层装甲的天坑，在第三新东京市的地下，曾经宛如地底王国般的平原上，竖立着一座巨大的银色十字架。它用两座原本位于地表，现在坠落到地底的金属大楼交叉而成。
而此刻，在这巨大的十字架上，一柄镶嵌着硕大绿宝石的红色长矛，正插在其上，死死钉着一头独角的紫色巨人。
那是真正的隆基努斯之枪，以及……EVA初号机。
………………
和俨然末世一般的废弃城市不同。
在遥远的另一个地方，生活，正沿着不同的路线发展。
清晨。
阳光，从东方的红色海平面上升起，洒下金色的光华。
一道清脆的少女音色，惊破了晨曦，白色的鸽子展开了翅膀，扑棱棱飞起。
只是，内容却不那么美丽就是了。
“笨蛋真嗣，谁允许你进入我的房间啦——————”十三岁的金发少女，以彪悍的气势从床上跳起，对于闯进了自己卧室的少年大喝道。
清秀的少年，在日式校服外穿着围裙，躲开少女的飞踹，笑着答道：“早上好，明日香。早饭已经好了，洗脸刷牙之后下来吧。”
“什么叫做早上好啊，别以为跟我有着从小一起长大的情分，就可以在淑女的卧室乱闯！”少女瞪起漂亮的蓝色眼眸，将枕头掷出来，叫骂道。
“再不来就迟到了哦——”少年早已习惯了少女的脾气，微笑着转身离开，顺利躲过了随之而来的枕头攻击。
楼下，是这个家庭的其他两位成员，正在抽烟看报纸的深沉的黑须中年人，和一面喝咖啡一面看着电脑的金发年轻女性。
“父亲，律子阿姨，我先准备走了，吃完的碗筷放在水池里就好。”少年走过两人身边时说道。
碇元堂，这个家庭的男主人，留着一圈围绕脸颊的连鬓胡子，眼睛一直盯着报纸，延迟了两秒钟，才发出一个意义不明的：“嗯——”的回答。
而有着金色短发的成熟女性律子，碇元堂的再婚对象，则放下画着猫咪的咖啡杯，微笑道：“真嗣，辛苦了哦，现在每天都代管家事，再这样下去，你就可以成为合格的新娘了。”
“律子阿姨，如果你有闲心笑话我的话，不如尽到女主人的责任，把今天的晚饭解决了吧。”
“很遗憾，那是不可能的，因为今天会通宵加班呢。”
两边正在明刀暗箭地斗嘴，忽然一串“咚咚咚”的脚步声从楼上响了下来，随即，就见明日香金发飘扬，一步三个台阶地从二楼跳下来，一手抓着书包一手抄起桌上的黄油面包，叫道：“笨蛋真嗣，快走，你要迟到了。元堂叔叔，律子阿姨，再见！”
“喂喂，这可不是赖床的你应该说的话啊……”少年嘟囔着，也抄起书包，追了出去。
当房门关闭的瞬间，房间忽然陷入了诡异的寂静。
而奔跑在街道上的少年少女，却没有发现任何异常，一面跑着，一面说话。
“喂喂，笨蛋真嗣，下个月我妈妈就出差回来了，到时候我就不会寄住在你家了，哼哼，到时候你就没有机会偷偷闯入我的卧室了！”
“哦，那太好了，明日香，这样我也不用每天替你准备便当了。”
“……__