桓振大败鲁宗之的军队后，往回返程，于路望见城中处处火起，心知城已陷，便带军队先驻扎在涢川，收集余众，不久后军士达数万。当他得知刘毅回军，司马休之镇守江陵的消息后，大喜道“休之乃我家手下败将，这回江陵城又要归我了！”于是带领数万大军前往攻城。时城内只有守军万余，休之认为桓振势力已衰，便冒险出城迎战。桓振带数十骑冲锋挑战，在休之军中进出数次，连杀数百人，如入无人之境。休之等兵士人人恐惧，大军相接，休之迅速落败，腰中一流矢，慌忙逃跑，奔至襄阳。
时刘怀肃屯兵在云杜，听闻江陵城被陷后带兵数千急赴，日夜兼行，七日而至。桓振已将兵三万阵于沙桥等待，旗帜蔽野，晋军军士皆有惧色。刘怀肃跃马持枪，带随从数十骑先行突阵。桓振令前方军士放箭，一时箭如雨下，怀肃身旁倒下十余骑，又有一箭正中怀肃额头。怀肃拔箭大呼，一马当先，直冲入敌阵，挥枪急刺，当其前者无不立毙。晋军士气高涨，紧随其后杀入敌军，个个争先，奋命搏战。
桓振见刘怀肃势头如此之劲，心想不杀此将我军难胜，便恃勇拍马来战。枪戟交接，刘怀肃虽勇，终究逊桓振一筹，数合之后渐觉难以抵挡。刘怀肃的随身小将唐兴见状后拼命杀出一条血路前来助战。怀肃与唐兴夹斗桓振，这回桓振有些难以招架了，躲过此枪再躲彼枪，应接不暇。数合后，怀肃与唐兴走马绕桓振转起了圈，时不时冷不丁的就刺出一枪。这下桓振之戟可就更加拨挡不及了，走马顾得了这边，顾不了那边。走马数圈后，唐兴一枪刺来，桓振慌忙隔开，而此际刘怀肃已绕至另一侧，刺中了他的腰部，桓振落马，唐兴紧接着一枪洞透其胸。桓振已死，其众也迅速鸟散。桓振族人桓谧、桓怡与温楷等投奔后秦。至此，桓氏之乱基本结束。江陵城平定后，司马休之回来见到刘怀肃，紧握其手说道“多亏将军奋勇战胜桓振，不然，我将无家可归！”怀肃言道“为国而战，义不容辞！”之后不久，刘裕向皇帝进言，认为休之不适宜再镇守荆州，便让他去做了会稽内史，而让刘道规做了荆州刺史。
皇帝到达建康，见到刘裕，如见恩人。言道“我今日能重回帝位，可是多亏了爱卿啊！”刘裕言道“这都是众将士用命，臣何功之有。”为奖励诸将，帝以刘裕为侍中，车骑将军，总督中外诸军事并领徐、青、兖三洲刺史。刘毅为左将军，无忌为右将军、督豫州扬州五郡军事。刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。
桓振初陷江陵时，毛璩整众三万顺流东下欲攻桓振。使其弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗出外水，参军谯纵、侯晖出涪水。蜀地素来富饶，军民安逸日久，不乐远征。侯晖军至五城水口，与阳昧谋作乱。侯晖向兵士们说道“如今天下纷乱，唯有蜀地最为殷富安宁。毛璩私心太重，欲使我们卖命为其建功，东晋连年战乱，我们此行怕是有去无回啊!”兵士们个个心动。侯晖继续说道“我们不如回军赶走毛璩，保有家乡，自守一方，不管外界纷扰，自得其乐何如!”军中欢呼“好！好！好”
谯纵为人和谨，颇得众心，蜀人爱之，于是晖、昧等共推纵为主。谯纵本有称雄之心，但想此事重大，需探测一下军心，于是假装他拒绝道“我无甚才能，难堪此任，还请另选他人”。说完就跑。晖、昧带军前追，谯纵跑至河边，竟然跳了下去。几个兵士赶忙入水将其扶出。之后侯晖、阳昧与几名军士将其强行扶至乘舆上坐下，然后带领众军士下跪言道“请将军为我等做主！”见众军士言辞恳切，谯纵心中暗喜，就做了首领。
大军返还，先攻涪城，毛瑾没想到会有此变，仓促带军出战，兵败被杀于阵。大军继续向成都进发。毛璩派毛瑗出战，一战而败，死者什之八九，毛瑗被谯纵弟谯明子活捉。打乱之际李腾进入毛璩室中，说道“战败了，我们下一步该做何计？”毛璩言道“唯有拼死守城，城内尚有军民数千，何况成都城池甚为坚固，短时间内乱军难以攻克。等敌攻势略缓，我们派兵杀出城去蜀南搬救兵，到时里应外合，定能击破乱贼。”李腾冷笑道“呵呵，只怕百姓已经对你失去了信心！”毛璩观李腾面露凶狠之色，惊慌道“你想怎样？”“谯纵为主，更受推戴。”言毕抽剑杀掉毛璩，打开城门迎接谯纵。谯纵自称为“成都王”，以从弟谯洪为益州刺史，谯明子为巴州刺史、屯兵白帝。
桓氏之乱既平，朝廷安定。刘裕向皇帝建议对百姓薄赋轻徭，皇帝应允。民间人人大喜，军士亦得以充分的休养生息。这段时间也是刘裕最安定平和的日子。皇帝为刘裕在建康起了宅地，刘裕将母亲与爱妻、女儿都接来建康。更喜的是，刘裕所纳三妾先后都为其生了儿子，刘裕分别取名为刘义符、刘义真、刘义隆。唯一让刘裕感到伤心遗憾的是故交好友王谧病逝。
毛修之自父亲毛瑾、伯父毛璩被杀后，无日不想复仇，时时向刘裕恳求伐蜀。408年，刘裕向皇帝请求伐蜀，他向皇帝言道“蜀地山川势险，地富民殷。古来多人割据称雄，然亦只能于乱世保守一隅。雄杰如公孙述、刘备等也最终都被破败。其地虽险，然谯纵才不及古人远矣，讨之应非难事。”皇帝当然答应。于是刘裕使刘敬宣带众五千伐蜀，刘道规为征蜀都督，并让自己爱妻之弟臧熹跟随前往。七月，军队进入峡口后，敬宣与刘道规、臧熹等统众由内水水路转战而前，一路势如破竹，所过皆克，直至黄虎。
谯纵得知晋军前来惊慌不已，派使者向后秦称臣求救。桓谦也趁机向秦主姚兴言道“晋军兵少，不自量力前来。蜀地多险，难以持久。我们只需发兵助其声势，不用接阵，晋军必退，谯纵也一定会感恩戴德，对我们忠心不二！”秦主允诺，派姚赏将兵二万前往相助。
晋军已至黄虎，黄虎至成都有五百里。谯纵派族弟谯道福敛众守险，就是不出战。刘敬宣与谯道福对峙六十多天，前进不得，粮草用尽，军人不服蜀地水土又染上了疾疫，死者、病者十有六七，不得已带军返还。刘敬宣与刘道规都被官降两级。之后谯纵便有轻视朝廷之意，想东寇荆州，他认为桓谦多年在江陵，颇得民士之心，便想从姚兴那里借桓谦来相助，姚兴答应，桓谦便来到了成都。