刘毅既已据有重镇，自以为得志，便上表请求其弟兖州刺史刘藩来荆州，欲与其共同谋划除掉刘裕。刘裕知道后，认为刘毅必反，于是决定先发制人，讨伐刘毅。刘裕先假装答应刘毅，然后派人暗中将刘藩与谢混杀掉，接着使皇帝下诏“刘毅傲狠凶戾，履霜日久，中间覆败，宜即显戮。晋法含弘，复蒙宠授。曾不思愆内讼，怨望滋甚。长恶不悛，志为奸宄，肆心恣欲，罔顾天朝。擅徙兵众，略取军资，驱斥旧戍，厚树亲党。又与从弟刘籓远相影响，招聚剽狡，缮甲阻兵，同恶相济，图会荆郢。尚书左仆射谢混凭藉世资，超蒙殊遇，而轻佻躁脱，职为乱阶，扇动内外，连谋万里。是而可忍，孰不可忍！”
九月，刘裕发兵建康讨伐刘毅。王镇恶请命道“末将愿领船只一百为前锋”刘裕答应“好。但请切记，贼若可击，击之。若不可，烧其船只，屯军水际待我之来。”王镇恶是前秦丞相王猛之孙，祖籍山东。王猛极善谋略，辅助前秦二十年，用儒法，选拔廉明，抵制权贵，强化中央集权。劝课农桑，仓廪充实。助苻坚统一北方，使秦达到前所未有的强大。王猛临终劝苻坚暂缓进攻东晋，先休兵数年再做打算。但苻坚不听，终于淝水一战大败，身灭国亡。之后王镇恶随其叔父投奔东晋，刘裕与其谈论许久，甚为其兵略所惊叹。大喜说道“能得爱卿相助，吾平定天下当无忧矣。”
于是王镇恶与蒯恩领百船昼夜兼行，并使军中扬言刘藩前来相会。在离江陵二十里路时舍船登陆。使每船留下一二人于岸边置放旗帜十余只，并在旗下立鼓。王镇恶告诫所留兵士“你们估计我快要到城时，就连续击鼓，使敌人以为大军将至。”又派人把各渡口的船都烧毁。王镇恶带军往前攻城，传语诸军士“若有人相问者，就说是刘藩前来。”就这样顺利经过各处盘查，城内居民也都深信不疑。镇恶直进至离城五里处，碰着刘毅之将朱显之。朱显之问道“刘藩在哪？”有军士回答“在后面的便是。”朱显之急驰至军后并未见到刘藩，却看见了士兵们抬的攻城器具。他又远望到江边火起，鼓声大作。心下大惊，知有变故。赶忙调转马头与随从数骑返回，镇恶领兵紧追朱显之。朱显之临近城门大喊“速速关闭城门，有兵前来攻城。”城门还未来得及放下，镇恶已经带兵入了城。蒯恩追及朱显之，将其枪横在朱显之前方，接着枪往后一扫，朱显之仰身跌落马下，蒯恩紧接着一枪将其刺死。
外兵突入，城内大乱，仓促应战。镇恶又射杀刘毅猛将赵蔡，刘毅军溃败，纷纷入保内城。毛修之此时早已进入王镇恶军中。镇恶进围内城，只围三面，开其南面。蒯恩疑惑道“为何不四面俱围？”王镇恶说道“古之围城，开其一面，以疑众心。若围之过急，敌无路可逃，将拼命死战。”
王镇恶向城内高声呼道“刘太尉亲统大军即将到来，先降者不杀。”如此一来，城守更无固志，刘毅也大惊失措。看到毛修之跟王镇恶在一起，怒骂道“狗奴才，叛了桓玄又叛我！”刘毅准备突围逃跑，看到城南无围，但他怀疑有理伏，便带兵士三百人开北门突出，正遇王镇恶军。刘毅率兵拼死恶斗，镇恶身中五箭，丝毫不顾，继续挥槊激斗，杀敌无数。后手中之槊忽然断为两截。几名敌兵见状立即来至王镇恶跟前，持枪欲刺。王镇恶欲于马上拔佩刀格挡，无奈刀一时间竟拔不出来。眼见就要被刺中，王镇恶心说此番我命休矣。就在枪尖垂及镇恶之际，几名敌兵突然全部中箭而倒。是蒯恩分出的部分兵士来援助，刚好到达，将敌兵射杀。但这时刘毅已在数十人保护下逃出。
一路上众人散，刘毅单身往投一佛寺。一小沙弥正背向刘毅敲木鱼，刘毅慌张说道“追兵甚急。我佛慈悲，还请大师收容，救我一命。“小沙弥起身说道“当年我师傅收纳逃人桓蔚，为将军您所杀。请原谅我今天不敢收容。”听追兵声离寺越来越近，刘毅叹道“哎，为法自弊，以至于此。”接着就在寺内上吊而死。刘毅死后二十日刘裕大军才到，王镇恶因功做了武陵内史。
再说那诸葛长民为官骄纵，嗜欲贪婪，所做受贿侵赃等不法事甚多。还爱与民争利，甚至有强抢民女之恶行，百姓患之如狼。刘毅之死，常惧刘裕持法按治。他对弟弟辅国将军诸葛黎民说道“往年醢彭越，今年杀韩信，祸将至矣。”诸葛黎民回道“刘裕必不相容，趁其讨刘毅未回，我们早做准备，杀掉他。”诸葛长民犹豫不断，叹道“贫贱常思富贵，富贵必履危机。如今想做一布衣，岂可得耶!”诸葛长民想到刘敬宣经常在刘裕左右，由于伐蜀失利一直未受重用，便送书给刘敬宣“刘裕狠戾专恣，自取灭亡。富贵之事，请相与共之。”他怎能料到刘敬宣对刘裕是死心塌地的追随，刘敬宣收到书信后直接送给刘裕。刘裕喜道“我就知道阿寿不会负我!”，便决定除掉诸葛长民。
使司马休之留在荆州做了刺史后，刘裕立即从江陵返还。得此消息后，诸葛长民也决定趁此机会杀掉刘裕。他认为刘裕回来，十有八九会经过新亭，便让诸葛黎民在新亭附近埋伏壮士，自己前往迎候刘裕。他怎能预知刘裕计高一筹，刘裕使辎重队伍先行，自己却故意迁延。诸葛长民算着时间到了，前往观望，却总是不见到来。接连等候数日，终于望见船队，发现竟是辎重队伍。问道“太尉来了吗？”答道“太尉有事要处理，需要稍晚数日来到。”