漆黑的无光的世界，如同戈壁荒漠般的破败城市，还有那广阔的麦田向观众展示，人类未来是如何被机器种出来，然后充当电子世界的能源的！
这是一幅末日景象，未来的人类凄惨无比，像种庄稼一样种出来，即便是读过了小说的许多观众都被眼前的这一幕震惊了！
接下来，尼奥跟随着墨菲斯开始进行一系列的模拟训练，让人明白了之前的崔妮蒂是如何做出来那许多匪夷所思的动作的，而且其中还带着虚拟空间的虚幻感。
影片发展到这里，对开头的另一个悬念做出了解答，墨菲斯的团队中有叛徒，还有另外一点，尼奥到底是不是救世主，这个问题则需要先知来回答。
而先知回答的结果却有一些出人预料，他的意思非常明确——尼奥不是！
影片继续，特工史密斯带来大量的警察包围了尼奥和墨菲斯等人所在的大楼，一场大战就此爆发。
墨菲斯为了救尼奥，被迫直面史密斯，却根本不是对手，不过在他的掩护下，其余人陆续冲出重围，中途溜掉的赛弗作为叛徒，早早地就回到了现实世界，崔妮蒂和尼奥等人被困在一座废弃酒店的房间里。
赛弗上演了经典的场景，那就是反派的话唠，而后果非常的严重，原本以为被干掉的坦克重新站起来干掉了赛弗，尼奥和崔妮蒂逃了回来，但墨菲斯却被特工抓走了。
墨菲斯掌握着人类最后的据点锡安主机的登陆密码，如果密码泄露，母体可能对锡安造成致命的威胁，因此坦克主张拔掉墨菲斯链接矩阵世界的插头，以他的死来保证锡安的安全。
而尼奥却执意要去救回墨菲斯，崔妮蒂则跟他同行，这个时候观众们都知道最后的大战要开始了。
曾经的影片够炫够酷够拽，并且以此大受观众欢迎，而这一世，保罗在这部影片上的投资多了近一半，因此场面也更加的火爆。
尼奥和崔妮蒂杀入大楼与上百名警卫激烈交火，子弹仿佛空气一般密集，弹壳如同雨点一般落下，大楼的廊柱被子弹打成蜂窝，又变成碎块，大理石和混凝土碎块四散飞溅，好像从所有观众的眼前飞过。
看到了如此酷炫的场面，观众们都不由得感觉到兴奋，而这不过是一个开场戏，找到了一个机会，尼奥和崔妮蒂已经向着警卫们冲去，闪电一般杀入到了警卫群中。
尼奥穿着黑色风衣，带着黑色墨镜，动作迅猛却又让人眼花缭乱，和同样穿着黑色紧身皮衣，带着黑墨镜的崔妮蒂，两个人全力施展枪斗术，将潇洒、酷帅和漂亮性感的一面发挥到了极致。
在这一系列的场面之中，杜奇·查理曼使用了高速慢镜加镜头快闪等多种手法，交错亮枪、倒悬十字、连环飞踢……男女主角的炫技仿佛停不下来！
尼奥和崔妮蒂杀入了大厅，乘坐电梯向着顶楼进发，同时安放了炸弹，惊天动地的爆炸几乎完全的摧毁了大厦下层，而两个人到达了顶楼，不可避免的遇到了特工的阻拦。
所有人都知道，在矩阵世界里，尼奥不是特工的对手，而特工的枪已经瞄准了他！
子弹从枪口中射出，尼奥后仰躲避，镜头瞬间放慢，却偏偏又感觉很快，子弹的飞行轨迹清晰可见，镜头围绕尼奥三百六十度旋转，将每一个细节都展现了出来。
虽然这不是子弹时间第一次出现在大银幕上，但之前从来没有哪一部影片能做得如此出色！
而这还不是最火爆的，接下来崔妮蒂驾驶直升飞机，尼奥用六管火神炮对准特工猛烈开火，枪口仿佛能够喷出火焰，弹壳如同暴雨般下落，这些都在不断地的刺激着观众的情绪。
墨菲斯挣脱束缚，向着直升飞机冲去，却被史密斯特工射中腿部。尼奥关键时刻腾空而起救下墨菲斯，直升飞机又成了史密斯特工枪下的牺牲品……
尼奥在千钧一发的时刻又救下了崔妮蒂，而直升飞机则直接撞上了大楼，伴随着撞击和爆炸，三个人惊险的逃生，向着坦克指示的地铁站电话亭跑去。
但刚刚冲到一个路口，就有警车赶到，警察们刚刚掏出枪，尼奥直接脱掉挂满了手雷的黑风衣，拉开保险，扔向了聚在一起的警车。
就在所有警察的注视中，风衣飞到了几辆警车前，还没有完全落下就轰然炸响，火焰和气浪将警车掀翻，这些警察也都腾空飞起，随着镜头的转动，观众能清晰的看到爆炸带动的碎玻璃和金属屑的飞行轨迹，目睹它们夹杂在火焰和气浪中击中周围的建筑，击碎路边的玻璃橱窗，击穿警察的身体。
别说这些普通的观众，此时就连乔治·卢卡斯都感觉有些目眩神迷，影片在视觉上带给人的冲击太强烈了，枪斗术、子弹时间还有刚刚的爆炸，都是一种视觉上的至高享受。
“杜奇·查理曼对于这些火爆场面的把控更加精湛了！”乔治·卢卡斯忍不住心中感叹。
而此刻在电影中，三人暂时摆脱了特工和警察的追击，电话铃声响起，墨菲斯率先离开矩阵，这个时候崔妮蒂想要对尼奥表白，却被经过的地铁打断，在她传离回到现实后，史密斯追了过来，开枪打烂了尼奥的电话，正反两派的大战终于到来了。
尼奥和史密斯各自向着对方冲去，双方都用上了枪斗术，但这与之前的枪斗术不同，两人的动作几乎都是面对面攻击，以差到毫厘的方式躲开对方射来的子弹，大量高速慢镜的使用，再次清晰的展示出了子弹的运动轨迹，充分让观众体会到其中的惊险刺激。
不过尼奥仍然是处于劣势，最后他利用冲来的地铁，险之又险的把史密斯送进了地铁的车轮下。
可就在尼奥想要离开地铁站的时候，地铁刹车，史密斯从车厢内走了出来，他所代表的特殊程序似乎永远都杀不死。
接下来就是一番惊险的追逃大战，尼奥面临着史密斯和另外两个特工的追击，惊险的抢到手机联系上气垫船，终于拿到了离开矩阵的电话地址。
但当他摆脱两名特工的追击，冲到酒店的房间前，救命的电话铃声刚刚响起，尼奥推开房间，迎来的却是史密斯特工的枪口。
枪声接连响起，史密斯几乎把尼奥射成了马蜂窝，仿佛这就是结尾，可电影中的主角总是拥有着光环的，所以崔妮蒂在“我爱你”的告白之后，在同样遭受危机的气垫船中，吻了现实世界中的尼奥。
尼奥紧接着复活，开启了救世主模式，史密斯三名特工射向他的子弹，被他轻易定格在了身前，紧跟着冲上来的史密斯根本不堪一击。
最终尼奥将代表史密斯的这段代码撕成了碎片，另外两名特工落荒而逃，尼奥也在千钧一发之刻，返回了现实世界。
“我知道你们在哪里，我能感受到你们，你们害怕了，你们怕我，你们怕改变……我要让所有人见证真实的世界！”
在影片的结尾，尼奥与母体进行了直接对话，然后一飞冲天！
字幕落下，掌声响起，伴随着观众们激动地叫喊，保罗和杜奇·查理曼对视一眼，两个人都知道这部影片成功了。