蒋介石粗略的估算了一下，从战斗打响那一刻起，被己方杀死的日本人已经不下一千人了，照这么下去，长崎城里的人早晚要被杀光，这么下去恐怕邓大人那边会不同意，就连皇上那边都不好交代。留在长崎城内的日本人，基本上已经是陷身于一片火海，在不断的炮击中，没有人敢于出来救火，半个长崎城都在燃烧，但是蒋介石依旧没有找到任何大规模武装力量存在的迹象。
“他妈的，看你们这帮倭奴躲到什么时候！”林泰曾暴怒着喝骂道：“给蒋介石传令，狠狠地打，直到把子弹打光为止，不必留情。”
刘冠雄有些担忧的说：“大人，这么下去，长崎城里的平民就会全部被咱们杀光，回头皇上可能会怪罪咱们，为了稳妥起见，咱们还是向皇上请旨之后再行定夺吧。”
林泰曾找到邓世昌经过商议之后，又与准备在熊本登陆的张作霖发电联系，张作霖也觉得此事非同小可，必须向皇上请旨，于是林泰曾和三人代表联名向北京致电，很快就得到了皇帝的御笔回复：今后兹事不必再议，倭人凶顽，自古扰我边疆，觊觎我中华河山，此番会猎于东瀛，凡挡我者，一律杀无赦，不必再行请旨。钦此。
有了皇上这道旨意，大家心里总算是有了一个护身符，皇上的意思很明确，就是不必顾忌什么平民和士兵，只要肝胆公然对抗中华大军的，一律格杀勿论。
林泰曾当即向蒋介石下令：对于长崎倭人不分男女老幼，一概格杀勿论。
于是，蒋介石率领海军陆战队员一万五千人开始了为期三天的长崎血腥大屠杀！
第一天。海军陆战队的主要任务还是搜寻失踪的三万多长崎守军，并没有发动针对平民的屠杀，即使是这样，在炮火和误伤中死伤的日本人也达到了近两千人之多。
第二天。蒋介石一声令下，要求对长崎城的所有日本人采取灭绝政策。于是登陆的一万五千人陆战队员分成了五股，分别向肥前古岳、津屋岳、现川、帆场岳、前岳这五个长崎主要地区展开搜索和屠杀任务。
除了个别地或小规模地对日本居民随时随地杀戮之外，还对解除了武装的日本军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规糢屠杀方法有机枪射杀、集体活埋、甚至为了节省子弹，把数百人集中在一起，浇上汽油和柴油，用火焰喷射器一次性焚杀等。
这一天，也就是8月25日上午11点，已放下武器的日本军警人员1000余人被集体解赴现川的琴平神社用机枪密集扫射，绝大部分人当场被击毙，负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。
下午2点30焚，解往山之神神社日本平民及已解除武装的日本军人4000余人被以迫击炮集中轰炸的方式屠杀。同日下午又在津屋岳一带屠杀3千余人。在长崎北路工事群附近枪杀200人。
第三天。8月26日。位于间之濑中央公民馆躲避的日本男女平民5000余人被集体押往长崎河南岸码头，双手反绑，排列成行。用机枪射杀后，弃尸于长崎河中。
陆战队在正念公民馆屠杀400余人。当天晚上，日本平民3000余人被押至长崎港海边集体射杀，并用燃烧弹焚尸。在开目寺避难的400余日本平民被集体射杀。
当晚10点左右，在西川内，将从长崎城逃出被拘囚的日本男女老幼平民共5418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到西川内垃圾场，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮，事后将所有尸骸浇以煤油焚化。
以上便是三天的屠杀情况，在大规模屠杀之外，蒋介石也第一次放开军令，默许所有士兵对日本妇女实施暴行。在第一天士兵们畏惧军纪，没有发生一起强暴事件。到了第二日屠城令一下，在长崎各地区强暴妇女事件开始零星的发生了几起，但蒋介石并没有下令约束，于是此类事件开始疯狂的暴涨起来。长崎城中的五万多名妇女，有将近一半的人被强暴了几次，陆战队员们这一次终于从日本女人身上找到了战争的回报，不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴，往往有妇女受不住折磨而死。上到六十岁下至十一、二岁的女人几乎全部成为中国人的猎暴对象。但是蒋介石只明令一点，所有被施暴的女人全部都要被杀死，严禁士兵有藏匿行为，一经发现，立即军法从事。
一位来自英国的传教士彼得在日记中记录了令人发指的一幕。
“在三天之内，中国人正义、友好的形象就被接连不断的屠杀人民、不时发生的肆意抢劫、毫无控制的侵犯私宅、横行无忌的*妇女所断送了。长崎各条街道都躺着市民的尸体。在市中心，差不多每一个街区都有一具尸体。这些死去了的市民的绝大部分，都是26日下午及晚上中国陆战队下达屠杀令之后被枪毙或刺杀的。任何一个因恐慌或冲动而奔跑的人，任何一个于天黑以后在大街小巷为巡逻兵所逮捕的人，都很可能被当场杀害。这种暴行绝大多数没有任何站得住脚的理由，却在安全区及其它地方频频发生。许多外国人目睹了种种惨状，有些尸体上的刺刀伤痕简直是残酷的野蛮人所为。”
“成班成班的日本士兵被中国人作为战俘捉了起来。他们都已经放下了武器，有些还脱下了军装，但仍然被绑在一起枪毙了。事实上很明显，除了这些遭难的士兵以外，我们根本没有在长崎那里见过战俘的踪影。活下来的仅仅是搬运战利品与军需品的人，最终的结果还是免不了一死。从难民区的一座建筑物里，中国士兵迫使当地警察挑选了四百个男人。他们每五十个人被绑成一串，由两排步枪手和机枪手押走了。对于旁观者来说，这些人的命运是不言而喻的。”
“在主要街道，中国士兵在其军官的许可之下，有计划地对一家连一家的店铺门面进行捣毁。他们抢来的东西太多了，需要民夫的帮助才能勉强拿得动。粮食当然是第一需要，但其它一切有用处、有价值的东西他们都不放过。”
“全城成千上万所私人住宅，无论是被占据的还是未被占据的、大的还是小的、中国人的还是外国人的，统统都被中国人肆无忌惮地洗劫一空。他们还抢劫了不少汽车和其它财物。”
“三天之内，发生了许多*及侮辱妇女的事件。虽然我们尚无时间对此进行调查，但下面这类事件已经足可以表明情况的严重性。昨天，在我的一个法国邻居家中，几个中国士兵抢走了四个日本姑娘，在场的几个外国人都看见了，在普通民众极少光顾的长崎开目寺，一位最近来到的中**官在那里强暴了八个日本青年妇女。”
“在这种情形之下，恐怖是难以描述的。一位蒋姓军官虚伪地宣称，他们进行战争的最终目的，是为了推翻日本政府、解救日本人民，这真是令人作呕！长崎的这种恐怖当然不能显示中华帝国的伟大胜利。中国无疑有其值得尊敬的政治家、军事家和老百姓。为了自己国家的利益，这些人应该毫不犹豫地采取适当手段，去补救这些日子以来中日交战中所受到的微小损害。有个别中国士兵和军官象绅士一样克制自己，他们希望以严格的纪律对得起自己的职业，对得起自己的帝国。但就其整体来说，中**人的行为糟糕以极。”
一位几乎在日本渡过了自己一生的比利时侨民，在下面这封私人信件中对长崎发生的种种事情作了进一步的说明。
“我要告诉你们的，是一个极其令人不快的、读来令人反胃的、其罪恶性与恐怖性令人难以置信的故事。眼下，一帮匪徒正在随心所欲、毫不怜悯地蹂躏着日本人民。即使只有为数不多的几个人能够读到我的这封信，我也认为这一事件有说出来的必要。否则，我将不得安宁。只有极少几个人能够叙述这一事件，幸运的是，我就是其中的一个。我要说的，只是整个事件中一个并不完整的小部分。至于这一切究竟什么时候能够结束，只有上帝才知道。我希望这场灾难尽快结束，但恐怕，不是在长崎的这个地方，就是在日本的其他地方，灾难还会延续好几个月。”
“日本军队败退了，中**队进来了。8月24日的时候，长崎还是一个我们为之骄傲的美丽的城市，法律严明、秩序井然。可是今天的长崎，却躺在一片荒芜之中。整个城市横遭蹂躏、洗劫一空，大部分都被烧成了焦土。彻底的无政府状态在长崎已经持续了整整十天，就象人间地狱一样。我本人的生命尚无严重的危险。不过，看见疯狂的中国士兵从其*妇女的屋子里醉醺醺地走出来，并非一件安全的事情，当一柄刺刀搁在自己的胸膛或者一把手枪指着自己的头部，要你少管闲事时，也许任何一个人都会难以自持的。中**队曾通知各国侨民离开此地。大部分都走了，只有我这个糟老头子和我的妻子留了下来，亲眼见证这有史以来最不人道的三天。”
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