魏忠贤出手打击汪文言对东林党人震动很大，尽管东林党人与魏忠贤集团长期龃龉，但这些斗争都是针对个别人，涉及到的人物也都无关紧要，这次魏忠贤对汪核心舞剑，意在整个东林，与以往有本质的区别，东林党人对此深感不安。
天启四年（1624年）上半年，汪文言事件后不久，东林党人在北京召开秘密会议，讨论魏忠贤的问题。
东林党内部就是否与魏忠贤摊牌意见不一，相当一部分人忌惮魏忠贤的权势，担心打狗不成反被狗咬，不赞成对魏忠贤发起攻击。
左副都御史杨涟为人激进，又曾在天启即位时有逼宫壮举，有恃无恐，他力排众议，主张向魏忠贤开战。
六月一日，杨涟上疏攻击魏忠贤，弹劾魏忠贤二十四大罪，包括擅权、迫害忠臣、干预人事任免、谋杀宫中异己、强迫皇后堕胎、绝帝〔天启皇帝〕嗣子等。
杨涟奏章直斥天启与魏忠贤、客氏的三角关系，指出魏忠贤权大震主，人们怕祸不敢反映意见，魏忠贤偶尔“奸状败露”，又有客氏“为之弥缝”。
他批评皇上政务过于依赖魏忠贤，造成大量无耻朝臣对魏忠贤“攀附枝叶，依托门墙，更相表里，迭为呼应”，以至于人人“但知有忠贤，不知有陛下”。
他质问皇上，正值“春秋鼎盛”之年，“生杀予夺，岂不可以自主？”
最后，杨涟提出了自己的要求，请皇上将魏忠贤交刑部议处，“以正国法”，并将奉圣夫人客氏驱逐出宫。
奏疏一出，京师为之震动。此后东林党人炮火源源不断，揭发魏忠贤罪状的奏疏像雪片一样送进宫中。
尽管杨涟等人的火力很猛，可他注定是要失败的，因为结党本身是有问题的，任何一个帝王都不会允许，对东林党的处罚，是天启本人的意思，魏忠贤虽然起到了参谋助手作用，并具体负责执行，但最终决策权还是牢牢掌握在天启手中，魏忠贤不过是皇帝的一只狗而己，皇上让他咬谁，他就咬谁。
毫无悬念，杨涟受到天启“严旨切责”，天启批评他的动机是“屏逐左右，使朕孤立”，以便控制皇上。在天启的支持下，魏忠贤对上疏的东林党人进行大规模的反击。
工部官员万燝，曾任职皇陵工程，他控告魏忠贤不肯拿出内官监的旧铜器建筑光宗的陵墓，而在香山碧云寺为自己建造的坟墓却很宏大，跟皇陵不多。
万燝的立论奇特，而且上疏时间在皇帝屡次“严旨切责”之后，属于顶风作案。
被朝臣弹劾搞得焦头烂额的魏忠贤正无处出气，决定杀鸡骇猴，拿万燝立威，于是万燝被罚午门前杖一百，罢斥为民。
六月十七日，一帮内侍闯入万燝家，将万燝抓往午门。
从万燝家到午门有三四里路，魏忠贤公报私仇，让内侍们先上点小菜，一路上对万燝拳打脚踢棍殴，把万燝打了个半死。到午门后，开始上大餐，内侍们趁热打铁，行梃杖时格外卖力，将万燝打得死去活来，万燝身受重伤，不久死去。
此后，对东林党的打击不断扩大，由点到线，由线到面，一批东林党人受到处理。
七月，叶向高被逼去职。
十月，赵南星、高攀龙、魏大中因人事问题被罢黜。
同月，因吏部尚书赵星南的继任人选问题将杨涟、左光斗、陈于廷削籍（永不录用）。
十一逐斥接替叶向高的首辅韩爌
十二月逐斥接替韩爌的首辅朱国桢，首辅之位落入魏忠贤集团的顾秉谦手中。
天启五年（1625年），打击东林党的行动掀起**，许多反对东林党的人与魏忠贤结合在一起，展开了对东林党的大围剿。为了明确打击目标，东林党的反对者们制定了黑名单，献给魏忠贤，以便定点清除。
魏广微和顾秉谦搞了一本《缙绅便览》，其中将叶向高、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等一百余人列为邪党，将贾继春、霍维华、徐大化等六十多名反对过东林党的人列为正人。
崔呈秀搞了两本：一本是《同志录》，收录东林党人名单。一本是《天鉴录》，收录东林党反对者名单。
最精彩的要数王绍徽编的《点将录》，王绍徽是老牌东林党反对者，从万历三十七年就和第一代东林党人掐过架。他编的《点将录》将东林党一百零八人按其特征分别对应《水浒传》中的一百零八将，十分传神。
大批东林党人被揭发出来，成了秃子头上的虱子，无处躲藏，魏忠贤集团按图索骥，定点清除，东林党的势力跌到了低谷。
在打击东林党的同时，魏忠贤起用非东林党人填补东林党人留下的空缺，一批曾经被东林党人打击过的官员纷纷官复原职，为了防止东林党人阻挠，此时的人事任免一般都是通过皇帝中旨的方式下达，而不是通过传统的由内阁票拟的手续。