移宫案获胜后，东林党人再次掌握了政治的制高点，泰昌以来东林党人崛起的态势得到延续并进一步发展，在天启初年达到如日中天的盛况。
此时国家正值多事之秋，努尔哈赤利用明朝世代更替，政局不稳的机会发起新一轮的攻势，攻陷辽沈，进占河东，辽东形势焦头烂额。
面对危局，掌握实权的东林党人并未在挽救国家危亡上提出什么有见解的主张，而是以“三案”为砖头打击政敌，致力于报仇雪恨，掀起了斗争的新**。
天启二年（1622年）二月，东林党人王之寀上《复仇疏》，首次将三案相提并论，翻历史旧账，进行政治清算。
四月，礼部尚书孙慎行追论红丸案和移宫案，弹劾非东林党的首辅方从哲，指责方从哲在红丸案中庇护献药的李可灼，在移宫案中偏向李选侍，故意延迟移宫的时间。
天启将此疏交由廷臣讨论，此时东林党人布列朝堂，共有一百一十多人认为方从哲有罪，只有廖廖数人庇护方从哲，没有加入到墙倒众人推的行列。
然而方从哲这堵墙不是一般的结实，作为官场老油条，方从哲的哲学就是明哲保身，老方一直从事这个哲学，故名方从哲。
他做事八面玲珑，到处和稀泥，比泥鳅还猾，在红丸案和移宫案中，他的表现虽然与东林党不同步，但也没有逆势而上，而是处处迁就，谈不上有什么过失。
但是东林党人认为他占据着首辅的位置，却是个异类，存在就不合理，因此必欲除之而后快，自从泰昌以后，他就坐在了马蜂窝上。
由于方从哲包浆比较好，天启并没有从他身上发现什么瑕玼，东林党人对他的指责都经不起推敲，尽管是千夫所指，天启并没有怪罪方从哲，没有按照东林党人的要求将方从哲罢免，仅是对李可灼和崔文昇进行了处分，东林党人驱逐方从哲的目的没有达到。
厚脸皮的方从哲屡劾不去，像是一个政治不倒翁，在东林党人的包围中，苦苦支撑着最后一个豪华的茅坑，决不让东林党人占着打屎放屁。
方从哲虽然安然无恙，但是“三案”的最终解释权仍然掌握在东林党人的手中，关于“三案”的官方结论，是依据东林党的观点做出的，体现在以叶向高为总裁编写的《光宗实录》中，形成了“关于若干历史问题的最终决定”。
然而这些决定并不是最终的，仅仅是一个开始。
随着时间的流逝，敌我阵营发生了一百八十度的大转弯。天启帝对东林党的态度悄悄地发生了变化，由最初的感激逐渐变为厌恶，进而疏远。
与此同时，最初站在李选侍一边的魏忠贤却投向天启帝，获得了天启的信任，很快成为天启的亲信太监，天启疏远东林的同时，更加倚重魏忠贤，许多重要的政务，都交由魏忠贤处理，双方之间的关系达到了“你办事，我放心”的程度。
以杨涟、左光斗为代表的东林党人对于这种转变非常不满，而天启对东林党的种种表现也非常不满，开始磨刀霍霍。双方处于摊牌的边缘，矛盾一触即发。
杨涟等人对于面临的危险有所察觉，但却误判形势，他们以为天启仍是移宫时的那个易于操控的花季少年，没想到仅仅几年的时间，这只小花猫己经成长为一个吃人的老虎，操控小花猫是轻而易举的事情，但是要想操控老虎，可能要付出生命的代价。
杨涟等人为了阻止被边缘化的趋势，重新夺回天启，发动了对魏忠贤的攻击。
他们奋三朝之余烈，发扬移宫精神，倾力一搏。
结局我们前面己经说过，杨涟等人付出生命代价，东林党也遭到毁灭性打击。
东林党人对“三案”做出的结论，也必将推倒重来。
天启五年之后，反对东林党的官员开始重新定义“三案”，掀起了一股翻案风。
天启五年二月，御史杨维垣首先上疏为梃击案翻案，他认为张差是真的疯癫，攻击王之寀在此案中“不但无功，而且有罪”，认为他的脑袋都不足以赎回他的罪过。时任刑部侍郎的王之寀应疏落马，被革职为民。
四月八日，给事中霍维华上疏系统评论“三案”。
对于梃击案，霍维华认为万历虽然在册立太子这个问题上有些迟缓，但是对泰昌始终关爱，如果想废太子的话，可以在深宫中采用多种密秘手段，用不着使用疯癫的张差。
对于红丸案，霍维华认为孙慎行借题发挥，编造泰昌被毒死，诬告方从哲弑逆，实属罪大恶极。
对于移宫案，霍维华认为移宫本不难，而王安和杨涟等人故意把这件事搞得很难，之所以这么做，目的就是加重李选侍的过错，以放大自己拥戴皇帝的功劳。
天启看了霍维华的奏疏，给予四个字的评价：“一字不差”。
经过一段时间的酝酿，天启六年正月，天启颁旨命史臣编辑《三朝要典》，对三案进行翻案。六月分正式完成定稿，全书共二十四卷，首辅顾秉谦代天启帝撰写了序言，以表明此书为皇上“钦定”。
《三朝要典》对三案的盖棺定论为：
关于梃击案，定性为“王之寀开衅骨肉，为诬皇祖（指万历），负先帝（指泰昌）。”
关于红丸案，定性为“孙慎行创不尝药之说，妄疑先帝不得正其终，更附不讨贼之论，轻诋皇上（指天启）不得正其始，为罔上不道”。
关于移宫案，定性为“杨涟内结王安，故重选侍之罪，以张翊戴之功。”
《三朝要典》颁布以后，又对《光宗实录》进行修改，凡是关于三案的内容，都按照《三朝要典》的结论进行改正。
十年河东，十年河西。三案当事人的命运也都发生了戏剧性的变化。
天启五年（1625年）四月，因进献红丸被发配充军的李可灼免戍。
天启七年（1627年）正月，掌管御药的太监崔文昇被任命提督漕运、河道。
王之寀被革职后，又被人弹劾下狱，于天启七年（1627年）四月死于狱中。
孙慎行也被人弹劾，被判到宁夏充军，不过他命还算好，还没来得及出发，就赶上天启死去，崇祯上台，他因此得以赦免，逃过一劫。
至此，关于“三案”的若干历史问题似乎可以划上句号了，但事情并非如此，用不了多久，一切都将“试看天翻地覆”。