在“科龙20年发展与中国企业改革路径”研讨会后，虽然顾雏军对会议的进行及其产生的影响非常满意，而且还发表了相关的感慨，但从事后的效果看，研讨会、报告书及软文广告却起到了负面的效应，不仅对顾雏军，对科龙也一样。格林柯尔是否在“国退民进”的盛宴中狂欢，已被他越描越黑。在公众印象中，他显然已经成了侵吞国有资产的符号化人物。就在研讨会召开的同时，国家审计署悄然进驻科龙，展开调查。11月，深圳证券交易所与香港联合交易所一起进驻科龙总部，对其财务问题进行集中核查。2005年1月，香港联合交易所以关联交易为名对他进行公开谴责，使科龙股价应声大跌。
在这段时间里，顾雏军一直在北京四处奔波，为科龙，也为自己。他知道自己的溃败已成定局，现在唯一可做的是将科龙尽快出售，以求全身而退。他先后向长虹、海信等业内同行抛出绣球，洽谈科龙的出售事宜，不过他又明确地对外表示不会把科龙卖给TCL和海尔，因为“他本人不看好这两家企业的发展”。从这个细节可以看出，即使身处绝境，他亦不改张扬无忌，好指点江山的本性。7月29日，他突然与所有的部下失去联系。第二天，正当他的部下们茫然不知所措的时候，他们被告知，“顾雏军被佛山市公安人员带走控制起来了”。但一切并没有尘埃落定。
声誉扫地的顾雏军显然已回天乏力。身陷囹圄的他，眼睁睁地目睹这些年来处心积虑得来的财产被众人瓜分。9月，他在看守所里与青岛海信的代表签署了股权转让协议。这家山东的彩电企业最终以6.8亿元的出价意外地成了科龙的新主人。收购合肥美菱电器是他继科龙之后最得意的手笔。10月，上海的《每日经济新闻》率先披露，老牌彩电企业四川长虹有可能收购格林柯尔手中的美菱电器的股权，而这项交易最终在2006年春季达成。被他收入囊中的亚星客车也和美菱电器一样，很快逃离了科龙这艘将沉的大船。扬州市政府迅速冻结了格林柯尔所持的亚星客车的股权。一年后，东南汽车成了亚星客车新的收购者。所有被他染指过的公司中，襄阳轴承也许是受伤最轻的一家。他被拘留的新闻一传出，襄阳政府就宣布解除与格林柯尔达成的襄阳轴承的股权转让协议。该协议一直没有得到中国证监会的正式批复，而此时却因祸得福。
10月26日，中国证监会对科龙的调查结果正式曝光。该报告称：“顾雏军等人及‘格林柯尔’系有关公司涉嫌侵占、挪用科龙财产累计发生额为34.85亿元。”2006年1月，毕马威会计师事务所对科龙的现金流走向进行调查，发现不正常的现金流量累计超过75亿元。8月，一拖再拖的科龙2005年的年报终于千呼万唤始出来，却又是一个个挑战股东心理极限的数字——高达36.93亿元的巨额亏损，一举刷新了当年度内地上市公司亏损纪录；牵涉93宗诉讼官司，其数目之多也创下近年来内地上市公司涉案之最；公司的净资产则为-10.9亿元。