朱由校首先只覆盖了北方的省份，这是考虑到北方省份缺少银子流通，纸钞是一个很好的替代品，而且用纸钞就可以完成以前只能用银子才完成的事情，例如缴税。
在后世，有历史学家认为，北方缺银，是引起陕西流民起义不可忽视的重要原因。朱由校的纸钞可以替代银子来缴税，这在北方是很受欢迎的事情，避免了百姓在兑换银子中被盘剥的风险。而且眼前又有山西成功的案例，这使得纸钞很快就在北方流通开来。现在在北方，纸钞和银元铜元等同时流通。
在十一月，成都都督府也完成了组建，秦良玉出任成都都督府都督，在成都都督府一共有正规军队三十万，分别是十万山地军，十万狼兵，十万天府军。孙传庭留下的两万乞活军被分别安排到三个军中担任军官。在孙传庭的帮助下，成都都督府也建立军事学校，用来培养军官和士兵。
成都都督府成立之后，在得到朱由校的许可之后，秦良玉亲率十万狼兵准备在明年三月出征贵州的安邦彦，她打算一举剿灭安邦彦，彻底平定贵州的叛乱。
同月，朱由校又将陕西分割成了陕西承宣布政使司和甘肃承宣布政使司两个省。
……
林丹汗的使者脑毛大带着庆王和韩王也已经抵达了京师。
“传旨，擢左光斗为大理寺卿，负责审理三王叛乱案。”朱由校下旨道。明代的大理寺只负责审判的复审复核，在三法司中大理寺的职权和品位都低于刑部和督察院。
“陛下，三王叛乱案事关重大，应由刑部，大理寺，督察院三司会审。”董可威建议道。
“可以由刑部和大理寺共同会审，但大理寺为主审，而督察院以后不再参与案件审理和判决，如果大理寺的刑事裁决或裁定确有错误，督察院可以提起抗诉。”朱由校说道。
在朱由校的新政中十条有一条就是司法改革，而且这条和朝廷六部的改革并没有放在一起，而是分成了两条。这两条新政虽不是急需执行的新政，但是牵扯到整个帝国的行政机构，一直以来反对声音极大，朱由校也并没有急着推行这两条新政。
“陛下，臣以为司法改革已经是势在必行了。”周应秋见状马上说道。
“陛下，削藩和摊丁入亩刚刚才开始执行，而前两条新政也不过才执行一两年而已，光是消化这四条新政就需要数年乃至十数年的时间，现在整个帝国都在忙于这四条新政，根本无暇顾忌其他，如果操之过急只会适得其反，最后不但达到陛下的期望，甚至还会留下许多的隐患。”郭允厚躬身说道。
“臣附议，臣也以为新政之事绝不能操之过急，不能将好事变成了坏事。”薛三省也说道。
“今日不讨论新政之事，只讨论三王叛乱案和林丹汗朝贡之事。”朱由校见状说道。
“三王叛乱案极其复杂，在没有结案之前，臣以为不适宜过多的讨论。”来宗道说道。从目前得到消息的来看，三王叛乱案牵扯到了不少的朝中大臣。
“那朕就三王叛乱案定个调子，第一，此案必须一查到底；第二，朕绝不杀牵扯到此案中任何一人；第三，凡牵扯到此案的藩王，除了肃王、庆王、韩王、福王四人之外，其他藩王朕一律不再追究；第四，凡牵扯到此案中的官员，情节轻的，朕允许其辞官归隐，情节重的，一律流放；第五，流放地朕选在冷洲。”朱由校说道。
“陛下，此去冷洲，如果从京师出发的话，快则一年半，慢则需要两年，甚至更久，臣以为流放地放在琼州便好。”韩爌建议道。
“此次流放冷洲，反而会非常安全，朕已经令王梦熊招募一万远征军，携带战船数十艘一起前去冷洲。此次去冷洲的军士，朕允许其携带家属，每一人可在冷洲分得田地五十亩。而且此次被流放的官员和藩王，一样可分得一百亩地，朕还会委派官员，在冷洲正式开州立府，愿意去的官员一样可分得地一百亩。”朱由校解释道。
“冷洲太过遥远，就算是开州立府，帝国也难以管理的，对于冷洲，帝国只能是鞭长莫及。”董可威说道。
“就算鞭长莫及，朕也要在冷洲开州立府，以后帝国所有的罪犯只流放冷洲一地。”朱由校说道。
“陛下，被流放到冷洲的人将来回不回来都无关紧要，但远征军和朝廷官员他们肯定要回来的，这该如何处置？”韩爌问道。
“远征军在冷洲服役五年以上者，朕允许其退役，享受正常的退役士兵安置费，退役之后，不愿意回来的就不说了，但如果要回来的，帝国会出钱购买分给他们的土地，当然他们也可以自行出售给其他人，而且帝国会负责将他们接回来。但如果是朝廷官员在冷洲任期满五年者，一律官升三级，其获得的土地处理方式同远征军士兵一样。”朱由校解释道。
看到朱由校说得一套一套的，在场的大臣就知道这件事情朱由校已经是思考了许久的，反对似乎是行不通的了，众位大臣也都眼观鼻，鼻观心，默不作声。何况朱由校说的这些，里面是有许多漏洞可以钻的，例如官升三级，在大明官职可是有散官的，有品阶但无实权。
“陛下，林丹汗朝贡之事该当如何处置？”韩爌换个问题问道。
“原西土默特部的地盘必须给朕，朕不但要库库和屯城，朕还要重建东胜卫，云川卫，玉林卫，镇虏卫。原鄂尔多斯及以西的地盘全部归林丹汗。”朱由校说道。
“陛下，这恐怕林丹汗不会答应吧。”韩爌说道。