在乾隆时期，乾隆下令编纂《贰臣传》，这本书主要介绍明末降清的官员，乾隆认为这些贰臣“遭际时艰，不能为其主临危授命”，实在是“大节有亏”，简单来说就是这些人就是汉奸，在国家遇到危难的时候，不能为国尽忠，有愧列祖列宗。
同时乾隆又下令编纂《钦定胜朝殉节诸臣录》，这本书主要介绍明惠帝建文靖难及晚明殉节的诸臣，暨以表彰这些为国尽忠的忠烈之士，并且为这些人建忠义祠奉祀。
而在历史上，卢象生抗清战死后三年多才被崇祯追赠太子太师、兵部尚书，到南明福王时才被追谥“忠烈”，建祠奉祀。到乾隆时期被追谥“忠肃”。朱由校觉得对卢象生有所亏欠，这次才特意重重赏赐了卢府。
离开宜兴县，朱由校决定再次隐藏自己的行程，甚至在路过溧阳之时都没有入城。失去了朱由校的踪迹，江南一地的官员又急了，成天都有人来问王礼乾朱由校的踪迹。
七天之后，朱由校抵达了南京城。此时的南京城是外送内紧，锦衣卫和东厂的密探遍布。朱由校决定先回宫，王礼乾已经快被这群官员逼疯了。
“陛下，明日是不是召见群臣？”王礼乾问道。
“明日也好，先处理完政事，再办理私事。”朱由校点头道。
“诺，那臣此刻去通知各位大臣。”王礼乾说道。
实际上，现在的政事主要都是内阁处理，而朱由校只是处理一些内阁无法决定的事情，还有就是军事上的事务。朱由校采取军政分离，军事上事务一律都由朱由校、大都督府、都督府来处理，朱由校是很看重对军权的掌握，参将及以上的职务任免必须经过朱由校，军队调动，对外开战等等都重大的军事决定都必须要有朱由校的旨意。
“陛下，今年三月份，林丹汗再次犯边抢掠，被姚元军提督率军击退。”魏国公徐文爵禀告道。
“损失如何？”朱由校问道。
“近百户百姓被劫掠，百姓死伤数百人，军队死伤三十六人，姚提督斩获首级一百一十五级，俘虏敌军五十二人。”徐文爵报告道。
“对于林丹汗，你们觉得应该如何处理？”朱由校问道。
“根据东厂密报，插汉部极度缺粮，甚至到了杀人易食的地步。东厂密探趁机成功策反巴达西寨桑等五个头目，这五个头目愿意归降大明。”王礼乾说道。
“臣以为既然东厂既已在插汉布置了内应，不如兵发青海一举歼灭林丹汗。”徐文爵提议道。
“陛下，林丹汗已经与与漠北外喀尔喀的却图汗、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟。”王礼乾接着说道。
“马世龙和姚元军如何说的？”朱由校问道。
“马世龙请求将边境百姓迁至鄂尔多斯，扩大防守范围，将原有五千骑兵扩建到两万，以增加大军的机动性，应对林丹汗的四面出击。”徐文爵说道。
“就按马世龙的意见办，现在不是出兵的最佳时机，我军并不适应在青海作战，去那里作战士兵连气都喘不过来，如何作战？如果用命去堆，这不是朕想要的战果。”朱由校说道。
“诺。”
“等等。”朱由校一想，又说道，“汉人从边境内迁二十里，其他的百姓一律迁往鄂尔多斯，如有不从者一律向西向北驱赶出帝国的领土，朕要坚壁清野。”
“诺。”
“告诉姚元军，边境之地，办事不可心慈手软，你够狠，他们才会怕你，才会听你的。”朱由校说道。
“诺。”
“原话告诉姚元军，不要改一个字，他会明白的。”朱由校强调道。
“诺。”
“陛下，吕宋总督信王爷请求从当地土著中招募军人，将吕宋的本地驻军扩充到十万。”徐文爵说道。
“不准，吕宋外无强敌，在内只不过是一群毫无战斗力的土著，五万驻军足以保护吕宋。”朱由校拒绝道。
“这封上疏还有谁的署名？”朱由校一想又问道。
“都督王梦熊，提督李自成。”徐文爵问道。
“李自成调任大都督府作战指挥部担任提督一职。”朱由校说道。
“诺。”
“陛下，李自成调任大都督府之后，由谁出任远征军提督一职？”徐文爵问道。
“大都督府这边可有好的建议？”朱由校问道。
“臣以为副提督熊安稳最合适，第一批新军的军人。”徐文爵回答道。
“那就熊安稳。”朱由校说道。
……
这次需要朱由校处理的军政事务并不多，朱由校一天便处理完了一大半。
回到后宫，王礼乾跟在朱由校身后轻声问道：“吕宋藩司的事情如何处置？”
“王梦熊，熊安稳都忠心可嘉，吕宋翻不出大风浪，反而这段时间信王做得还不错，吕宋发展速度超乎朕的预料，再过数年，吕宋必定会成为帝国赋税大省。”朱由校说道。
“诺。臣会加派在吕宋的人手。”王礼乾躬身说道。
“如此甚好。”朱由校说道。
“后金这块要加大人力物力的投入，后金目前才是帝国最大的敌人。”朱由校说道。
“根据探子回报，皇太极已经重新完全掌握了大权，并且在着手整编蒙八旗，帝国与后金之间偶尔会有冲突，但整体来说比以往平静了许多。”王礼乾汇报道。
“自沈阳一战，后金势力大损，等后金势力稍微恢复一点之后，就是帝国再次对后金用兵之时。”朱由校微笑着说道。
“以帝国目前的实力，陛下完全可以一次永绝后患。”王礼乾轻声说道。
“发动战争需要借口，需要整个帝国的支持，此时在帝国北方有一个更加强大的国家正在崛起，这个国家现在距离帝国还很遥远，但如果朕派兵远征这个国家，不但胜负难料，而且一旦失败可以想象朕面对的压力，但如果置之不理，只需要几十年的时间，这个国家将会帝国接壤。”朱由校说道。