郑芝莞夜以继日地在海上搜寻幕府的海军，一直到八月份，郑芝莞才终于在濑户内海偶遇了幕府的海军。在这之前，郑芝莞曾经有几次抓住幕府海军的机会，但都非常不幸地错过了。在搜寻数月毫无结果的情况下，郑芝莞将舰队分成了三部分，在海上继续搜寻幕府的海军。
而郑芝莞将海军分成三部分之后，幕府的海军觉得机会来，经过这段时间的发展，幕府的海军实力成长极快，而郑芝龙由于刘香等人的出走，实力大为削弱，双方的实力此消彼长。现在郑芝莞又将海军分成三部分，这就使得幕府的海军认为他们并不弱于三部中的任何一部，但实际上他们有一个致命的弱点。
“传令，此战获胜，每人赏银元二两，烧毁贼兵一艘船只赏银元两百两。”郑芝莞下令道。
“万胜，万胜！”九州海军高呼道。
这次幕府的海军并没有退让，而是主动向九州海军靠拢。
“立刻抢占上风。”看到幕府的海军在靠拢，郑芝莞下令道。
郑芝龙的海军几乎都是海盗出身，他们长年在海上纵横，已经形成了一套固定的战法，在历史上他们曾经使用这套战法在料罗湾海战中击败了荷兰海军，控制了整个台湾海峡。而东瀛人不同，长期的闭关锁国使得东瀛的海军极其缺少实战经验，作战全凭着一股勇气。
看到郑芝莞要抢占上风口，松浦久信立刻也发动海军跟郑芝莞争夺上风口。松浦久信原本是平户藩的大名，但在颜思齐统一九州岛的时候，他逃到了江户，成为了幕府海军的统帅。平户藩以水军闻名东瀛，松浦久信应该算是东瀛最熟悉水战的将领之一，但是松浦久信实际只是个六万五千石的大名，可见松浦久信统领的水军也就是只有近海作战的能力。
“开炮！”郑芝莞下令道。
九州海军一开炮，幕府的海军立刻展开了还击，双方一边炮击一边抢占上风口。但明显松浦久信的位置更好，他首先抢到了上风口。
东瀛海军虽然购买了荷兰的战船，但是在战法上依然没有太大的改变，松浦久信抢占上风口的目的就是为了迅速靠近九州的海军采用跳荡的作战方法近战。
看到松浦久信的战法，郑芝莞也是楞了一下，他立刻下令道：“放火船！”郑芝莞抢占上风口的目的就是为了放火船。
九州的海军的战法也很简单，在九州海军中，大炮的作用就是为了掩护火船的，利用火船击溃敌军。在历史上，郑芝龙跟荷兰人交战基本上有一招是必用的，那就是放火烧敌军的战船，而且这一招，他是屡试不爽，荷兰人在郑芝龙这一招吃尽了苦头，后来荷兰人也学了这招对付西班牙人和英国人。
但实际上这一招有很大的弊端，在历史上，郑芝龙和荷兰交手无数次，胜率极低，但是郑芝龙赢了两场最关键的海战，尤其是料罗湾海战，郑芝龙与明军配合，一次性放了一百艘火船，铺天盖地的火船，烧得荷兰人摸不著北。
现在松浦久信居然向九州海军靠拢，郑芝莞立刻放出了十几条火船。松浦久信也知道九州海军有放火船的习惯，但他并不知道郑芝莞会一次性会放出十多条火船，显然郑芝莞的船只近一半都是火船。
“快，瞄准敌军火船开火。”松浦久信大声喊道。他知道绝不能让火船靠拢，一旦让火船黏上的话，那绝对是甩不脱的。
幕府的水师并不像明军和荷兰人的炮兵一样接受过专业的训练，他们炮击的水平可想而知，而九州海军的炮兵稍微比幕府的炮兵好一点，但也好不太多。
这次九州王虽然从大明再次招募了五万大军，其中不乏有大量的炮兵，但火炮的操作技并没有在九州普及开来，更主要的是在九州没有炮兵学院，这使得技术扩散得很慢，而且九州海军的作战方式制约了他的火炮操作技能的提高。
但九州海军的纵火战术对于幕府的海军还是绰绰有余的，十几条火船虽被击沉了三成，但还有七成却贴了上去，火船一贴上去，操作火船的士兵立刻搭钩纵火。幕府海军前后一共从荷兰人购买三艘战船，而此时一条已经被点着了。
几艘船只一着火，幕府的海军就有点慌了手脚，尤其是这其中还包括两艘大型战舰。此时，两军的位置发生了改变，郑芝莞终于抢到了上风口。
“再放一批火船！”郑芝莞下令道。
郑芝莞的第二批火船借着风势迅速地冲向幕府的海军，这次情况比上一次还要理想，这次十多条火船，居然只被幕府海军击沉了两艘，而幕府这次被点着的大型战船翻了一倍，达到了四艘。
这下就彻底摧毁了幕府海军的士气，松浦久信此刻已经心生退意。而郑芝莞越打越顺手，九州海军士气越打越盛，郑芝莞此刻的战术已经发生了改变，他一边炮击一边准备让水军跳荡到敌军的船只上抢夺船只了。
“杀！”郑芝莞再次靠近了幕府的海军，郑芝莞一声令下，九州海军的跳荡兵已经冲上敌军的船只。
幕府的水军虽然士气低落，但却是骁勇善战，面对九州的海军一时之间也并不落于下风。而幕府水军接连被烧毁数条主力战舰之后，在炮火上已经完全处于了劣势，很快幕府的战船就有数条被击成重伤，其中还有一条还被击沉。这个时代的并不像后世有鱼雷有导弹等武器，要击沉一艘船比后世可要难。
松浦久信看败局已定，终于下定决心撤退，九州海军大获全胜。
此战结束，幕府的海军损失了近一半的战力，尤其几艘大型战船的损失，让幕府彻底失去了与九州在海上决战的能力。德川家光决定执行更为彻底的闭关锁国的政策，他甚至决定将战船上重炮拆下来装备到城池上，以防备来自九州的入侵。