九州军与纪州藩的战斗进入最后的阶段，九州军凭借着火器和人数上的优势，在虎伏山下击溃了由纪州藩领头组建的联军。四月三日，九州大军占领和歌山城，德川赖宣自杀殉国。在德川赖宣自杀前，他将自己的妻妾和子女全部杀死，他知道他们一旦落入九州军的手里会是生不如死的下场。
纪州藩是亲藩，御三家之一，藩主德川赖宣是德川家康第十子，是近畿实力最强的藩。德川赖宣战败，意味着整个近畿已经无人能抵挡九州的大军。
虽然和歌山城的抵抗非常激烈，但在九州军进入和歌山城之后，九州军并没有屠城，仅仅是针对德川赖宣一家采取了必要的手段。郑芝龙是不会留下任何一名德川家的人。
九州军在夺取纪州藩之后，继续挥师东进，近畿各藩藩主逃的逃，降的降。在四月中旬，九州军便夺取了整个近畿。
在击败纪州藩之后，郑芝龙和王赛儿一致同意迁都京都。五月二十八日，良仁在京都在登基。大明也派出了使者参加了此次登基仪式。在参加完登基仪式之后，兴子被送往了大明。
六月六日，九州王郑芝龙宣布将政事处置权交还给天皇，九州王以后只负责军事事务，在东瀛将实行完全的军政分离。九州王此举赢得东瀛上下赞许，同样也获得了朱由校的赞许。
王赛儿为了抵抗九州王的势力，加强与大明联系，她希望能与大明皇室结亲。而朱由校也同意王赛儿的要求，他几番筛选之后，将蜀王的女儿许配给了良仁，成为了良仁的皇后。至此，东瀛皇室与大明的皇室拉开了联姻的序幕。
被九州逼入绝境的幕府，在保科正之的主持下，第一次尝试与九州和谈。而郑芝龙也同意了幕府的和谈要求。
在良仁天皇的主持下，幕府与九州展开了和谈，但是和谈的双方提出条件差距极大，导致双方和谈毫无结果。
九州一方强硬地提出三点要求：第一，德川家纲需臣属九州王，并且要到京都觐见；第二，德川家纲的母亲阿乐夫人需到京都为人质；第三，德川家纲需离开江户改封领地。
这三点要求太过苛刻，德川家根本是不可能接受的，而且这三点要求和当时德川家康为了寻求与丰臣家开战提出的要求几乎一样，这也被德川家认为是对幕府的羞辱。双方的和谈破裂，幕府和九州开始积极备战。
幕府接连丢城失地，实力已经大不如前，现在只能防御。而九州刚刚获得近畿，需要一段时间来消化，尤其是京都骚乱，无疑大大延长了消化的时间。这使得双方虽都在积极备战，但却暂时处于和平状态。
而帝国虽然表面平静，但内部却是暗流涌动。朱由校已经准备从众皇子中挑选出三人作为储君的人选。
“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长，臣认为应该皇长子当仁不让的该储君人选。”内阁阁臣陈必谦首先站出来。陈必谦是东林党人，他被列为《东林点将录》地英星天目将，东林党人在国本之争之时从来都是冲在最前面的。
“臣附议。”陈必谦的话音刚落，就有人站出来支持。
“臣附议。”
……
很快，朝会上超过半数的大臣都支持陈必谦的意见。
朱慈炅其母任贵妃虽被打上了阉党的标签，但朱慈炅为了赢得国本之争，无论是阉党还是东林党他都走得很近，他也得到朝廷不少大臣的支持。
“对于皇长子朱慈炅成为储君候选人选可有反对意见？”朱由校问道。
现在整个帝国都巴不得朱由校早日确定储君，现在朱由校要挑选出三人作为储君备选，就算有反对的，此刻也不会出声。
“既然无人反对，那么皇长子朱慈炅就是三名候选人之一。”朱由校一锤定音道。
“现在还需要两名储君人选，众位爱卿心中可有合适的人选？”朱由校又接着问道。
“二皇子文成武德，臣认为二皇子也应该被列为储君的候选人之一。”洪承畴站出来道。
朱慈焾和军方的关系的极好，在朱由校当政期间，军方的地位得到了极大的提高，赏到了甜头的军方不希望在朱由校百年之后，军方被再次打回原形，又被文臣压得死死的，所以军方极力支持朱慈焾。
“既然陛下要选三名候选人，臣也认为二皇子应该被列为储君候选人之一。”孙传庭也站出来支持道。
相对于朱慈炅，支持朱慈焾的人大多都是武将，文臣支持朱慈焾的数量远远不如朱慈炅多，但在少量文臣中却有内阁首辅孙传庭这样重量级的人物。
“对于二皇子朱慈焾成为储君候选人可有反对意见？”朱由校又问道。
“臣反对。陛下，储君候选人制度有违祖制和礼制，臣认为应该直接册立皇长子为太子。”陈必谦突然发难道。
“陈爱卿，你当朕的话是放屁吗？朕刚说设立三名储君候选人之时无人反对，现在突然发难，你到底什么意思？”朱由校冷声道。
“陛下刚颁布储君候选人制度便立刻执行，臣一时没有反应过来，还望陛下恕罪！但国本岂是儿戏，陛下肆意更改祖制和礼制，势必会引起天下大乱。”陈必谦反驳道。
“儿戏？！”朱由校冷笑道，“朕不认为是儿戏，朕之所以设立三名储君候选人，是想择其中善者为太子。在朕的心中立贤才是重要的，其余的都是狗屁。”
“陛下……”陈必谦还想说什么，但却被朱由校给打断了，“二皇子朱慈焾将成为第二名储君人选。”
“陛下不可……”陈必谦大喊道。
“陈必谦公然咆哮朝堂，来人，将其架出去。”朱由校气愤地说。
听到朱由校的旨意，朝堂上的大汉将军毫不犹豫地将陈必谦给架了出去。
但就算如此，陈必谦口里还在不依不饶地大声喊道：“陛下不可，陛下此举势必会导致帝国大乱……”