魏忠贤和孙传庭一起退出，出了门口魏忠贤道：“孙钦差辛苦了，关于京营的事要怎么做，还要请钦差示下。”
孙传庭吓了一跳，以为自己得罪了他，但看他样子又不象呀？连忙行礼道：“厂督言重了，都是为陛下效劳，不敢道辛苦，倒是厂督既要提督东厂，又要照顾皇上，才是真的辛苦。”
魏忠贤笑得眉毛都跳了起来：“本督是皇上家奴，忠心皇上那是本分。请钦差和本督一起来详细说说吧。”心想，这人不错，以后可以好好交往。于是权阉和屠夫的第一次合作在谈笑风生中开始了。
五天后，各处退回京营兵卒共三万三千人。魏忠贤共抓了五个大太监，王涛以下共二十三个将领打入大牢，要他们将历年贪污的空饷全部交出来，公候倒是没有抓，但是他把张有功，张有德，张有业给阉了。孙传庭和鲁钦将所有兵将筛选一遍，不合格的老弱全部给清退出去，共得到青壮两万三千人，可见各处私用的大都是青壮兵卒。
二人将结果报告上去，朱由校问道：“为什么要将三个张家的人阉掉？”魏忠贤想，不是皇上自己说的要让他们变成张没有呀，难道自己理解错了？于是答道：“这三个人目无军纪，自由散漫之极，不如此严惩，不足以警示后面的人呀。”
“哦，那这次就算了，以后不准随便行腐刑。那清退的老弱每个给了多少钱呀？”
孙传庭回答：“宣皇上厚恩，每人二两银子。”
朱由校笑了：“二两银子还是厚恩？这些人辛苦多年，二两银子就打发了，不显得朕太薄情了吗！传朕旨意，从军官缴还的军饷中拿钱，每人二十两，要广为宣传，发到每一个军士手中，东厂给我监督，如果有人伸手，就断了他的手。”
“至于选出来的青壮两万三千人，就由鲁游击和周把总先领着，对了，鲁钦升为参将，周遇吉升为游击，先给朕淘汰掉一部分油滑的，身体素质不合要求的，然后再来练兵。”
“陛下，臣刚升为参将，只怕不能带如此多的兵将，请陛下另择贤能，微臣愿协助练兵。”
鲁钦才由游击升参将，要他带这么多兵，确实难以让人听命，那要找谁呢？又要有能力又要值得信任，这个人不好找，想了一想，却想起了两个人。
“传旨，驸马都尉之子杨光夔着升为京营提督，总理京营练兵事宜，杨光皋，鲁钦为京营协理，周遇吉为军法协理，共同协助提督练兵。”
将杨光夔兄弟俩传了进来，吩咐道：“你们只是练兵，按照《纪效新书》练兵是没有问题的，杨光皋你协助的是军纪方面，首先要让兵卒都能背会并理解军纪，然后还要让他们明白，他们是为什么而战。这些《纪效新书》中都有详细记载，先照着里面的做吧。鲁钦你协助的是军队战力方面，你们现在让士兵先都只练短枪，就是原来的神机营也只练短枪，朕已经让兵仗局准备好了，至于枪法朕有一个手下很精通，他会成为军营教官。如果他告诉你们兵卒短枪都练得差不多了，那就再练火铳，每个人都要练好两种武器。周遇吉你负责制定操典条例，每个人应该如何做，如何行军，如何操练，遇到问题如何应对，包括如何吃饭，上茅房，都要有操典可依，这事很重要，你一定要用心。朕会在一段时间后来检阅，希望你们不会让朕失望。”
四人一起拜倒，朱由校叫来晦明：“大师说过你的枪法只适合于战阵，朕任命大师为京营总教头，只需要教授枪中刺法，其它不用。并请大师去信少林寺中，邀请寺中精于技击的大师来京营同为教官。”
晦明合手行礼，回去修书召人。然后随杨提督一起来到了军营。
至于孙传庭的安排，《大明劫》里面的故事好象是发生在陕西，李自成他们好象也是在陕西举事的，这个地方需要好好注意下，朱由校又问了徐光启，知道陕西最穷的地方是延安府。于是皇帝下旨：孙传庭升任延安府知府。因为孙传庭当过钦差，且任过兵部员外郎，所以这个任命倒是没有任何问题。
孙传庭辞陛时，朱由校对他面授机宜：“孙卿，这次派你去陕西，主要任务是清理军屯，推广高产作物，你在三年之内如果能让延安府各地都种上红薯和马铃薯，那陕西各地的粮食问题就解决了，朕不管你用什么方法，总之要得到可用之兵，并能产出供应军队的粮食。朕会要司苑局给你配上一些老农，还有司苑局的栽种资料。一个人不可能什么都懂，所以你要用好这些人和东西，给他们便利条件，不要干涉他们的具体事务，朕期待一个富足的延安府，更期待一个富足的陕西，希望孙卿不会让朕失望。”
这话孙传庭当然听得懂，他跪在地上，向皇帝保证会在三年内将延安府变成陕西最富足的府治，以报皇上重恩。
朱由校让王体乾带孙传庭去司苑局挑选带去的技术人员。孙传庭仔细看了司苑局的规章条例和红薯马铃薯的具体产量后，让王体乾帮忙挑选了一些老农，还要求将制定规章的小太监也要挑几个，老农倒是没有问题，但太监的事王体乾不能作主，又回来请示皇帝。
朱由校听了笑道：“看来这个孙传庭倒是个做实事的人，这样朕就放心了，你就挑几个小太监，以监察的名义驻在延安府吧，要孙传庭另派人仔细学习好后再送回来。你派人去做吧，朕还有事找你。”
朱由校拿起桌上的奏章又叹了口气，这是徐光启的奏章，他倒是很有分寸，要他推荐人才，只推荐了李之藻和杨廷筠两个，而这两个人是全才，唯有不通军事。人才难得呀，特别是军事人才，总不能老是让文官带兵，这样自己想要改变文贵武贱的局面就不容易了。