大帆船贸易由西班牙王室独占经营，随着双方的贸易逆差逐步加大，西班牙王室正计划对大帆船的船数、吨位、货物运载量和贸易总值等均加限制，以防价廉物美的大明和亚洲其他国家的商品在拉丁美洲市场上排挤西班牙商品，并防止大量银元流入明朝。
西班牙人对大明的富庶垂涎欲滴，企图像征服印加帝国般轻易而举征服大明。随莱加斯皮征服菲律宾的西班牙传教士马丁·德·拉达在1569年给当时的新西班牙总督写信，阐述其征服明朝计划。
马丁·德·拉达在给新西班牙总督的信中提出：“大明庞大、富裕、有高度文明，城市比欧洲大得多，有城墙加以保卫，如同堡垒一般，大明人一点也不好战，……他们完全依赖于人多和城墙来防御，如果堡垒被攻下，他们就完了，……，上帝会帮助我们，只需很少的力量，他们就可以被征服。”
狂热殖民者雷克尔于1574年1月11日向菲利普二世上报表示：“如果国王乐意调度，只要不到60名优秀的西班牙士兵，就能够征服和镇压他们（指明朝）。”
菲利普二世认为雷克尔这家伙就是个疯子，吹牛皮吹上天了，根本不予理睬。
1576年6月2日，新西班牙总督辖区菲律宾第三任总督弗朗西斯科·桑德在给菲利普二世的汇报中说:“这项远征需要4000到6000人，配备矛、枪、船、炮和所需要的弹药，有2000到3000人，便足以占领所要占领的省份，用那里的港口和舰队，组成海上最大的强国，这是十分容易的，征服一省之后，便足以征服全国。”
1586年4月，马尼拉殖民当局总督、教会显要、高级军官及其他人士在马尼拉召开会议，讨论如何征服大明。与会者一致赞同武力征服大明，草拟了《论征服明国备忘录》，包含十一款九十七条内容。
菲律宾第六任总督圣地亚哥·德维拉和主教领衔，纠集51个显贵联名签署上报西班牙国王。备忘录开头宣称：“大明幅员辽阔广大，粮食与果品之丰富繁多和大明市场的繁荣昌盛，……凭着上帝的意志，这就是我们进入这个国家的充分理由。”
1587年，菲利普二世接到来自澳门的殖民主义者修士阿隆索·桑切斯的书信，阿隆索·桑切斯在书信中说：“大明人非常聪明，皮肤白皙，样貌美丽，属于高贵人种，大明非常富裕，与印第安人不同，除却信仰与勇力，其余都胜过西班牙人。
只需派出一万或一万二千西班牙士兵，再雇佣五六千日本人和数量相等的菲律宾士兵，就能轻松征服大明，届时王将把世界上最大的一个民族置于自己的统治之下。”
菲利普二世对该计划书信大加赞赏，并积极准备采取行动。
菲利普二世完全接受马尼拉当局上报《论征服明国备忘录》建议，还于1588年在马德里设立特别委员会，进一步从政策、战略、战术、行动方针、后勤动员和舆论宣传等方面审查和制订了进攻明朝的详细计划。
菲利普二世亲自批准征服明朝计划书全文十一章七十九节，包括附属图表共有数千幅。主要分六大点，分别是：作战目的、作战方针、兵力组织、联合勤务、心里作战、作战指导。
随着明朝与西班牙之间的贸易逆差越来越大，加上明朝的富庶使得以侵略殖民强国的西班牙王国国王菲利普二世对明朝的财富、人口、经济市场垂涎欲滴。
但菲利普二世并没有将征服明朝放在西班牙殖民帝国首要军事任务中，英格兰王国的资本主义正处于萌芽状态，正在寻找海外商业市场，大力发展航海，英格兰王国正成为西班牙王国的潜在对手。
1568年9月，一支由英格兰海盗约翰·霍金斯与弗朗西斯·德雷克率领的奴隶买卖远征舰队遭到西班牙海军突击，造成数艘舰船于墨西哥韦拉克鲁斯沉船，即圣胡安战役。
圣胡安战役使西英二国关系迅速恶化，翌年英格兰王国扣押了数艘西班牙王国派遣至荷兰支援军队的宝藏舰队。德雷克与霍金斯则加强私掠以突破西班牙在大西洋贸易的垄断。
菲利普二世自然不允许英格兰人染指其海外殖民地利益，英格兰海盗在海上抢劫以及对美洲的掠夺严重地威胁到西班牙对海外殖民地的垄断地位，引起菲利普二世的仇视。
菲利普二世起先不想诉诸武力，决定从内部着手颠覆英格兰伊丽莎白女王政权，菲利普二世暗中勾结英格兰天主教势力，企图把信奉天主教的苏格兰女王玛丽扶上英国王位。
当西班牙国王菲利普二世正怂恿天主教徒谋刺伊丽莎白另立玛丽之时，伊丽莎白女王乘机处死于1568年因苏格兰政变而逃到英国被所囚禁的玛丽女王。腓力二世谋杀不成，遂决心用武力征服英格兰王国。
英格兰海军实力并不强大，难以与西班牙无敌舰队相匹敌，只能依靠海盗头子约翰·霍金斯、弗朗西斯·德雷克和沃尔特·雷利等人组织的海盗集团在海上袭击、拦劫西班牙运载金银的船只，进行海盗活动。
并迫使无敌舰队向北航行，在苏格兰附近海域，遭到了使无敌舰队和人员受到严重损害的暴风雨天气。西班牙无敌舰队只有65艘船返回了西班牙，西班牙国力从此一蹶不振，已经没有力量同尼德兰尼德兰联省共和国作战。
1589年，英格兰也组织了大规模的科伦纳·里斯本远征，但却没有成功，反而给英格兰经济造成严重损失和人员及舰船的惨重损失。
虚雄心勃勃的菲利普二世并不甘心第一次无敌舰队远征失败，于1591年再次发起远征，阿隆索·德·巴桑率领55艘无敌舰队军舰在弗洛雷斯与英格兰托马斯·霍华德率领的22艘军舰和发生战斗。