黄得功与袁继咸部的二十余万大军除部分补充进近卫军第一军、第二军、第三军外，还有部分按其自愿原则裁撤掉，而裁撤掉的官兵则由兵部统一转业到地方担任江南、江北等地担任基层里正到县令等官。
而近卫军第一军、第二军、第三军的部分官兵则调任第四军充任军官，第四军翁正春、李时春等将领和一批中下层军官则调回南京做大明陆军中央军校的学员，接受近代化军事训练与热兵器战争指挥训练。
朱由检将以前的淮安讲武堂重新变革成了大明陆军中央军校，且也设在了南京。
而与此同时，周遇吉、刘芳亮、何新甚至是刘肇基、刘希尧、秦邦屏乃至顾炎武、郑成功、阎应元等军官都按照朱由检的旨意，根据历次利用火器与火炮作战的经验开始编练火器与火炮战阵的作战指挥课程以及改进建议。
与此同时，刘肇基、刘希尧、刘迁、陈子龙、焦琏等近卫军第一二三军的部分副总兵到指挥使武官则充任教官，亲自教授翁正淳、李时春等将领。
由御马监掌印太监兼近卫军第二军总兵官何新担任大明陆军中央军校祭酒{校长}一职。
御马监掌印太监乃内廷里除司礼监掌印与秉笔太监外的第三号人物，也是内廷中军界最高的官员，搁在外朝就相当于兵部尚书，因而由何新担任祭酒，也不怕这些学员与教官不服。
教官们都是如今大明新崛起的将星，且刚立下战胜鞑子的大功，其中更有陈子龙的大才子和刘肇基这样的百战老将。
即便翁正春和李时春等人既是黄得功与袁继咸的心腹又立下过大功，倒也不敢对教官不服。
一年的时间里将近卫军第四军整训与整编完毕自然是绰绰有余，等到年底之时，近卫军第四军的基层军官大部分已由近卫军第一二三军的官兵充任，而昔日近卫军第四军的武官则在大明陆军中央军校接受训练后则调任到近卫军第一二三军担任军官。
这样一来，黄得功与袁继咸的近卫军第四军已全部脱胎为朱由检的大元帅府可直接控制的朝廷兵马，而不再是黄得功与袁继咸的私兵。
在崇祯十九年年初，没有被朱由检直接控制的军队则只有黄得功与袁继咸的近卫军第四军以及灭虏军和高杰的近卫军第五军。
朱由检没有打算一开始将这三支兵马全部进行整编，这样容易一下子激起大变，高杰与灭虏军的各部将领可以接受招抚，接受整编而导致失去军权自然是不愿意的。
因而崇祯朱由检只先对黄得功与袁继咸的近卫军第四军进行了整编。
黄得功与袁继咸都是从大明的元老级官员，对于朱由检控制军权没有意见，也没有失去军权的后顾之忧，更何况他们也知道如今作为皇帝的朱由检自己手握有大明战斗力最强的陆军，他们自然也不敢再违背圣意。
再加上两人也不是有野心的人。
整编近卫军第四军的进程毕竟顺利，等到崇祯十九年底，崇祯朱由检的大元帅府便控制有六个具备近代陆军规格的集团军。
这六个集团军共计六十余万人，控扼着五个战区，是未来抵抗建奴再次南下的绝对主力。
这六个军已全部装备崇祯十四式燧发枪，每个炮兵营的火炮已装备三斤炮、六斤炮、十二斤炮不等三种火炮达千门，足以组成强大的炮火打击。
再加上轴承系统的出现，炮车也不再像以前那么难以转向，整个火炮的运输也便宜得多，在南方的山地也足以方便前行。
虽然大明海军现在还赶不上郑氏集团的海军实力，但已有硬制帆船六十余艘，其中大型福船达二十余艘，软帆战船三十余艘，小型战船不计其数，已足以可以控制东海与南海局面。
不过海军强弱自然不能只看战船的多寡，还有火炮以及海军官兵的战斗力。
现在的大明船政局第一期学员在崇祯十九年已完成课堂训练，如今已开始进行实战训练，被安排入大明海军和郑氏集团的海军充任海军士兵。
自从海军大部分调任地方卫所兵或者直接裁撤为庶民后，现在的大明海军除有大型战舰百余艘外，海军官兵两万千余人。
每艘战船皆配备大明新型海军火炮，一种由佛郎机改进来的海军新型火炮，加强了子铳与母管的气密性，使得火炮射程与发射成功率大大提高。
每名海军战士则都装备了崇祯十四式火枪。
而且在崇祯十九年，崇祯十五式燧发枪也开始研发，击发装置与枪管材料将进一步改进，甚至会尝试拉制膛线，增强发射射程与精度。
当然负责武器研发的则是工部，工部此时也不仅仅在开始大规模研发武器，也开始大规模进行水利工程建设。
朱由检从崇祯十七年起利用军权对江南士绅进行了严厉的打击，使得整个江南的士绅力量大幅度缩水，再加上战争的影响，使得大量自耕农出现，而农业的水利建设则交到了朝廷手中。
朝廷也担负起了对天下水利建设的主要责任。
在这个干旱与洪涝不停发生的自然灾害高频发时代，因为水利建设的及时跟进，使得崇祯十九年的农业生产比起崇祯十七年与崇祯十八年已有了明显提升。
当然这也跟战争告一段落与朱由检对农税减免政策有关。
礼部的国民教育也开始进入了历程，各地开始陆续兴办与重建社学，大批生员与童生，特别是举业失败的生员与童生为获得功名，开始主动转任教职。
不过这个年代的劳动力缺乏，很多普通百姓是不愿意把自己家的孩子送到社学读书的，宁愿让他们帮忙家里干农活，毕竟这个年代的小孩也都是一份劳动力。
但地方官府为完成礼部下达的指标只能强制性要求地方百姓将自己家的孩子送到私塾，甚至不少让女童进入学堂充数。