代替颜思齐之后，郑芝龙不断从大陆向台湾输送移民，继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。
后来，他甚至直接武装登陆厦门，打败了明官军和投降了明朝的另一个海盗头目，他的宿敌许心素，占据了整个厦门地区。
郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。
明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他海盗，只好对郑芝龙施行绥抚。
崇祯元年，郑芝龙表示以“剪除夷寇、剿平诸盗”为己任，九月就抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任五虎游击将军。
此时，郑芝龙有部众3万余人，船只千余艘。在老家安平建置豪华府地，历时3年又2个月告峻。
从此，安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点和海上贸易基地。
郑芝龙受明朝招抚后，还是做了一些好事的，剿灭了不服从朝廷管理，四处袭扰的海盗，打败了荷兰人，迫使其与他合作，不敢再肆意进出中国海，把海上力量纳入地方官府体制，取得制海权，合法掌控东西洋贸易制度的运作，成为东方海洋世界的唯一强权。
崇祯十三年，明廷擢升郑芝龙为福建总兵官，署都督同知。
“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利。芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显。”
他在自己老家泉州安平镇大建豪宅，直通海口，做为航海和经商基地，打破官方的海禁，繁荣海市。
他的武装船队旗帜鲜明，戈甲坚利，航行于中国沿海、台湾、澳门和日本、菲律宾等东南亚各地之间，充分利用自己的权势和财力，扩大海上贸易，几乎垄断了中国与海外诸国的贸易。
“自就抚后，凡海舶不得郑氏令旗者，不能往来。每舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富可敌国。
自筑城于安平（今晋江安海），海舶可直通卧内，可泊船径达海，八闽以郑氏为长城。”
弘光帝继位之后，加封郑芝龙与其三弟郑鸿逵为安南伯及靖鲁伯。
弘光政权灭亡，郑芝龙、郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周等，拥立唐王称帝于福州，改元隆武。
郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；旋晋平国公（二弟郑芝虎前战死），三弟郑鸿逵（原名郑芝彪）为定西侯，旋进定国公，四弟郑芝豹（小字莽二）封澄济伯，侄儿郑彩亦封永胜伯，郑家官居极品。八月，隆武帝诏赐，晋平国公郑芝龙加太师。
由此可以看出，郑芝龙人不仅人聪明能干，而且实力非凡，加之其海上之利，物资、财富不缺，是足以和满清抗衡的。
郑芝龙要保的那位隆武帝朱聿键，可以说是朱家这些子孙里，唯一不贪图享乐，有大志气的好皇帝。
朱聿键为宗室唐王，是明太祖朱元璋九世孙。
朱聿键的爷爷老唐王嫌世子（朱聿键之父）嘴舌上长个大瘤子，生的难看，又爱小妾生的儿子，就暗中把朱聿键父子囚禁起来想活活饿死他们（当时朱聿键才十二岁）。
幸亏暗中有人帮忙送饭，父子在囚房中过了十六年。
眼看就要熬到头，朱聿键的父亲又被急切想袭唐王王位的弟弟毒死。老唐王不久病死，作为嫡孙，朱聿键终于在朝廷恩旨下袭封唐王。
此时正值崇祯末年，国家多难。朱聿键报国心切，竟不顾“藩王不掌兵”的国规，率兵从南阳北上，中途和贼兵交手，互有胜负。
明成祖朱棣是以藩王身份反叛得天下的，有此先例，明朝对藩王防备极严。
藩王尽可在王府内无法无天的淫**乱吃喝，醉生梦死，惟独不能兴兵拥将离开藩属。
也怪不得这些藩王一个比一个不长出息，明朝的制度就决定了他们不可能长出息。
即使朱聿键动机纯粹，聚兵掌旅，仍旧违反了皇帝家的祖制。
可翻过来说，国家都摇摇欲坠了，能有个帮着出力的就不错了，还管什么祖制啊？
脑子坏了的崇祯帝不这么想，他勃然大怒，派锦衣卫把这位唐王关进了凤阳皇室监狱。
直到弘光帝继位，可怜的朱聿键才被放出来，但已经又被关押八年多。
这位金枝玉叶真是倒霉，活到四十三岁的年纪，在囚牢里倒有二十四年之久。
也正是因为有了这些苦难经历，才使朱聿键不同于其他藩王，有了远大的志向。
弘光帝虽然放了他，却并未恢复他的王爵，责其往广西平乐府居住。
朱聿键刚刚走到杭州，短命的弘光朝已经玩完，朱明又一个王爷潞王在众人推戴下于杭州自称“监国”。
监了三天国，清军就杀过来了。一直被寄予厚望的潞王爷朱常芳真是痛快，与属下没做任何抵抗，直接向清军献城投降了。
就在此前一天，朱聿键才离开杭州。潞王被俘消息传来，黄道周等明臣上疏，劝朱聿键监国。
这时候，一向善于把握机会的郑芝龙又看到了机会，唐王奇货可居呀。他立刻北上，迎接唐王进了他的地盘。
在郑芝龙兄弟的拥护下，朱聿键在建宁（今福建建瓯）称监国，二十天后，他又在福州正式称帝，改元隆武。
由于身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善于抚慰群臣，乐于纳谏，甚至同意招纳大顺军余部，共同抵抗清军。
同时，针对明军杀害剃发的平民，他发诏阻止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民。”
这一谕旨使得一般百姓欢呼鼓舞，纷纷来投。
这时候，多铎因为过于残暴，放纵士卒抢掠，把个江南搞了个民不聊生。
多尔衮也看出来了，再让他这活宝弟弟这样闹下去，江南非给他折腾没人了不可！没人了大清还统治谁去？
这么着由着多铎作不成，他把多铎调回北京，换多罗贝勒博洛为征南大将军，洪承畴为江南经略，辅助博洛，安抚南京一带受难地方的同时，继续南征。
博洛年青，面对刚刚建立的隆武政权，面对一帮不畏生死的海盗大军，他还真没有什么好办法。
隆武政权有富可敌国，身经百战的郑氏兄弟辅佐，有这么一位施志中兴的英明皇帝，中兴该有希望了吧？
唉，可惜呀，满人虽没有办法对付隆武政权，可博洛身后还跟着个一肚子道道的汉奸洪承畴呢。