且说北京皇宫里的崇祯皇帝，年前关了袁崇焕，究竟该如何处理也实在是头疼。从心里来讲，崇祯并不想真杀袁崇焕，所以想来想去，最后给了个说法——解任听勘。说白了，就是免职查看。没想到，揭发检举袁崇焕叛变、投敌等问题的奏折一时间铺天盖地。一个人说，可能是诬告，两个人说，可能是串通，几十人，几百人都这么说，崇祯终于相信了。
崇祯三年（1630）年八月十六日，崇祯在平台召开会议。参加会议的有内阁、六部、都察院、大理寺、通政司、五府、六科、锦衣卫，甚至翰林院也派人捧场来了。当众列数一大串罪名后，崇祯最后宣布：依律，凌迟。
凌迟即民间所说的“千刀万剐”，是指处死人时将人身上的肉一刀刀割去，使受刑人痛苦地慢慢死去。这种酷刑最早出现在五代时期，正式定为刑名是在辽，此后，金、元、明、清都规定为法定刑，是最残忍的一种死刑。在明朝时期，凌迟一般比较精细，大多数凌迟都超过千刀。
大限之日眨眼即到，从天牢到西市口的道上，挤满了看热闹的人。巳时整，天牢大门打开，袁崇焕被推进囚车，押赴刑场。
围观的老百姓指着囚车咒骂着，骂什么的都有，咒骂声此起彼伏。袁崇焕出生入死多年，见过血流成河，见过血肉横飞，尸首分离，只是没想到，自己死时竟然会是这个场面。圣上被皇太极蒙蔽情有可原，可是百姓们不应该啊？难道他们不记得宁远大捷了吗？不记得锦宁大捷了吗？不记得当时围城之时，我在广渠门痛打奴酋了吗？为什么老百姓也如此恨我？我真的做错了吗？想到这儿，袁崇焕仰天大吼：“老天爷！崇焕冤啊！”
一些本来不相信袁崇焕谋逆的人听到喊声后，忍不住落泪，悄悄地离去了，但仍有很多年轻士子和民众在起哄，藏在人群中的余明德等亲信咬着嘴唇，不敢哭出声来。
午时三刻，三声炮响过来，刽子手准备行刑。
袁崇焕仰天长叹，念出了自己的遗言：一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
从蛮荒之地的苦读书生，福建的县令，县城的小小主事，坚守孤城的宁远道，威震天下的蓟辽督师，有过失意，有过得意，被误解、被冤枉，即将被千刀万剐至死，袁崇焕也没有失望。或许他知道，总有一天，自己的冤屈才能被洗刷，自己的抱负才会被了解，或许这一天永远都不会来到，他注定要遗臭万年，注定是一个落寞的英雄。
行刑手很快就对袁崇焕处以刑罚，过程血腥残忍，围观的百姓却有一片叫好声，而人群中的余明德看了几眼便直接昏了过去。
从正午一直割到天黑，袁崇焕一共被割了三千多刀，现场血流成河，死状惨不忍睹。
袁崇焕被凌迟处死的消息传到沈阳，沈阳城一片欢呼。那些死于或伤于袁崇焕大炮下的士兵家人皆拍手称快。
皇太极亲率众贝勒焚香祭祖，将这一喜讯告知先汗之灵。
魏宝山和马伯通听到消息后，说不上是高兴还是难过，总觉得这样的结果并不应该发生在袁崇焕身上。杀人不过头点地，他犯得着凌迟活剐吗？爷俩坐在对面，喝着酒，想着事，这个喜讯似乎并没有想像中那样让人激动。没办法，各为其主，只能刀兵相向，不杀对方，反过来，自己这方就要遭殃，有些事注定难以两全。
皇太极率众贝勒告祭先汗完毕后，入帐议事。
早在七月中旬，皇太极声东击西，假装率大军离开沈阳，直奔蒙古，实则从旧辽河处径直南下，六万大军出其不意地围住了大陵河城。
范文程献计道：“汗王，祖大寿最尊崇袁崇焕，如今大凌河被围，城中的祖大寿必不知袁崇焕的死讯，如果我们以书信告之，必可动摇军心！”
皇太极点了点头：“文程先生所言极是，夫战，攻心为上。一切就由先生操办吧，劝祖大寿归降！”
当夜，一封书信射进了大凌河城。
祖大寿拆开一看，信中写道：“久闻祖帅忠肝义胆，文武兼备，学生范文程不胜仰慕。今去书特告知祖帅，袁督堂已于八月十六日被凌迟处死。剐三千余刀，每刀所剐仅拇指盖大小，剐见折骨，都堂怪叫不绝于耳，竟有士子民众争食其肉，惨不忍睹……”
祖大寿阅罢，气得脸色煞白，大骂道：“昏君！昏君！督堂大人赤胆忠心，支撑辽东数载，却反遭昏君毒手，天下之冤，莫过于此。有朝一日，我一定要率军入京，废了这个无道的昏君，另立明君，替督堂昭雪！”
辽军将士视袁崇焕为主心骨，知道袁督堂惨死，举城哀号，声闻于天。
一晃，围城围了两个多月，这其间，从锦州、松山等城来过几次援兵，都被皇太极给击退了。皇太极围而不打，就是要逼祖大寿投降。眼见时机差不多了，皇太极密令手下大将阿山率兵六千，扮成明朝的援军，从西向东而来，引诱祖大寿出城。同时又命多尔衮等人假装迎敌，一定要演得逼真，让祖大寿中计。
祖大寿在城头见东面烟尘滚滚，喊杀声震天，遥见大明军旗迎风飘扬，终于眉展眼舒地笑了，自己等了多日的援军终于等到了。赶紧跑下城，亲率精兵五千，打开东门，向西杀去，迎合“援军”。
皇太极一看祖大寿中计了，兴奋不已，赶紧对莽古尔泰下令：“五哥，你带你的正~蓝~旗赶紧从后面包抄，必可活捉祖大寿！”
没想到，莽古尔泰一反常态，没动地方，回答道：“汗王，我手下连日伤亡惨重，昨天又被阿山调去了一些，现在人不多了，只有五牛录了！”
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