1492年，圣殿骑士和刺客组织兄弟会的战斗依然在继续。
这时候圣殿骑士已经得知，兄弟会把金苹果交给苏丹保管，所以他们决定采取行动来获得这颗金苹果。
教父中有一句话，“我准备向他提一个他不可能拒绝的条件”，圣殿骑士也准备这样做。
为了威胁苏丹交出金苹果，圣殿骑士派出士兵执行抓捕苏丹唯一儿子的任务，而兄弟会则是知道了这件事，包括卡勒姆祖先阿奎拉在内的刺客参与了这场解决苏丹儿子的战斗。
而卡勒姆通过Animus所同步的记忆，就是这一段战斗经历。
在进行实验的大厅中，叶千狐认真的看着投影仪器所展现出来的画面，通过神经链接，Animus不但让卡勒姆同步了基因记忆，同时也将这些记忆清楚地展示在现实中这些人的眼前。
真正站在这座大厅中，亲眼目睹Animus的运行，这种视觉效果给人造成的震撼果然不是隔着屏幕能够体会到的，只是这样的一幕，已经完全值得他冒险潜入康复中心。
此时，卡勒姆已经完全与阿奎拉的记忆同步，他在这座大厅里，在机械臂的帮助下丝毫不差的完成着基因记忆中阿奎拉曾经的举动。
这一段记忆的最后，阿奎拉为了救苏丹的儿子而坠入山崖，幸运的是一根绳子拯救了他，可是他和王子却也因此落入了圣殿骑士的手中。
在现实中，在卡勒姆模仿基因记忆中阿奎拉跳下山崖的那一刹那，索菲亚忽然命令停止同步，拉住卡勒姆，卡勒姆带着机械臂砸到了地上。
虽然卡勒姆睁着眼睛，但是显然他的意识已经陷入了停滞。
索菲亚走上前查看卡勒姆的情况，同时命令道：“开始恢复工作，进行系统检查并记录下他的状态。”
“你做的很好，卡尔。”
只不过，卡勒姆此时却听不到索菲亚的声音，在他的“目光中”，他的先祖阿奎拉正在向他走来，随着他的走动在身后带起一个个残影，但很快他彻底失去了意识陷入昏迷。
“医生，带他回去，检查他的身体，我要确保他没有问题！”索菲亚命令着其他人，目光在大厅中扫视了一周，却没有再看到叶千狐的身影，他不知道什么时候已经离开了这里。
离开实验大厅中，索菲亚甚至没有去跟进卡勒姆的后续检查工作，而是匆匆回到自己的办公室。
然后，在那里她看到了叶千狐。
叶千狐仍然穿着那身保安的黑色制服，此时正如同主人一般安然坐在索菲亚的位置，翻看着桌上这本明显历史悠久的古老书籍。
这里面记载了很多关于圣殿骑士和金苹果的秘闻，相信如果这本书籍中的内容被泄露出去，一定会引起非常大的反响。
叶千狐的左手把玩这一个金苹果的模型，它由水晶雕刻而成，就像是一个艺术品，原本它和其材料的金苹果模型一起摆放在电脑旁的架子上。
看到索菲亚走过来，叶千狐示意了一下手中的金苹果模型，道：“很精致的玩具。”
索菲亚站在那里看了叶千狐几秒钟，走进属于自己的办公室。或许是因为椅子被叶千狐占据了，她直接坐在了自己的办公桌上，低头看了眼叶叶千狐手中的东西，说道：“在主人没有允许的情况下，乱动别人东西的行为并不礼貌。”
“好吧，我道歉。”叶千狐很没诚意的说道。
叶千狐看向索菲亚粘贴在玻璃墙壁上的资料，道：“那些都是你的小白鼠？”
索菲转头看过去，那是几个人附带着照片的个人资料，索菲亚说道：“他们都是刺客，一群谋杀者。”
“所以，你就是准备用金苹果拯救这些谋杀者的灵魂？”
“人类的暴力来源于基因，就像是癌症一样，是一种疾病。不过就像是癌症一样，我们希望有一天能够治愈他。金苹果所蕴含的价值难以想象，它能够帮助我们彻底拜托暴力这种疾病。”
“那么，这位先生，你杀过人吗？”索菲亚俯视着叶千狐问道。
叶千狐道：“叶千狐。”
“好吧，叶千狐先生，你杀过人吗？”索菲亚继续问道。
“杀过”，叶千狐微笑着迎上索菲亚的目光，“杀过很多人，而且以后还会继续杀人。”
“所以说，我病了是吗？”叶千狐继续把玩着水晶球，道：“你准备用什么办法治疗我们这些病人呢，比如像是你说的一样，利用这个东西？”
索菲亚点点头，道：“伊甸苹果，圣经中告诉我们，他蕴含了人类第一次反抗的种子。而我们当中有些人则相信，上帝或者某个上古文明，想让我们了解人类为何具有暴力。”
可是，索菲亚看到了只是叶千狐不屑的冷笑，“看起来，你并不知道金苹果到底是什么。”
“索菲亚，相对于圣殿骑士这个身份，在你的身上还是科学家的角色更加明显，而且，还有些天真。”
索菲亚的意识中，金苹果中蕴藏着让她完全解开人类遗传密码的秘密，得到了金苹果，她就能够找到彻底根除人类暴力的办法。
可惜的是，她从一开始就被自己的父亲艾伦·瑞金欺骗了。
在索菲亚的这个世界，上一个文明中存在着一种被称作先驱者的生物，他们形态上有些类似于人类，但是比人类的体型更高达一些，也更聪明。
他们制造了人类，人类与他们而言不过是一种工具，就像是人类为了方便自己制造了机器人一样。
为了控制人类，先驱者制造了金苹果，它能够剥夺人类的自由意识，让人类真正的活成一种机器，没有任何自由可言的机器。
有一件事索菲亚倒是说对了，金苹果蕴含了人类第一次反抗的种子。
刺客的始祖，也就是圣经中的亚当和夏娃，他们是人类和先驱者的混血种，他们从先驱者那里偷走了金苹果，自此开始了人类反抗先驱者的战争。
战争的最后结果就是，先驱者最终灭绝，最多也只是留存于各种传说中，而人类获得了地球的控制权。
索菲亚的父亲艾伦·瑞金显然知道更多的东西，至少他清楚金苹果的作用并不是用来帮助人类根除暴力，而是剥夺所有人的自由意志，用以实现一种残酷的和平秩序。