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而可汗也在机缘巧合下知晓，装载自己七十二个族人的光子鱼雷就在企业号星舰上，在大展神威消灭了克林贡人的巡逻队后，可汗干脆利落的向柯克投降了。在可汗眼中，他的族人最重要，既然他们没死落到了企业号星舰上，那他就要尽最大努力拯救他们。
在可汗的提示下，柯克一点点发现了阴谋的存在。当然，柯克发现的这个阴谋只是可汗想让他看到的样子，可汗在其中完全是受害者的形象。于是，柯克就在可汗的引导下，一步步的从一个阴谋走向了另一个阴谋。
柯克联系上了因为与他的意见相左而退出星舰的轮机长斯科特，让身在地球的斯科特前往一个位于太阳系的坐标（23.17.46.11）查看，这个坐标是可汗给柯克的，那里有着可以证明可汗所说一切的证据。同时，企业号星舰上的柯克等人，也在可汗的指引下发现了藏在光子鱼雷内的七十二个基因改造人。
轮机长斯科特虽然当时和柯克吵翻了，直接从企业号上辞职，但他们仍然是战友。虽然斯科特因此气得去酒吧买醉，但在接到柯克的消息后，+斯科特还是立即行动了起来。
驾驶着一艘小型飞船，斯科特按照坐标来到了木星左近。木星是一个巨大的液态氢星体，它的质量为太阳的千分之一。体积则是地球的1316倍，为太阳系中其它七大行星质量总和的2.5倍。这样的液态氢星体自然是无法进行星际建设的。但木星有着数十颗的天然卫星，其中便有固态星体。按照坐标。斯科特最终来到了一颗木星的固态卫星附近。在这里，斯科特见到了一个无比巨大的封闭式太空港。
斯科特悄悄驾驶着飞船潜伏到了太空港上空，趁着一支飞船组成的分队进入太空港时，混入其中进入了太空港。太空港内的景象令斯科特大吃一惊，因为那艘停泊在船位上的星舰是如此庞大，仅仅是目测，就约有一千米长，比星际舰队现役的最大星舰企业号还要大一倍不止。吨位这么大的星舰，斯科特不仅没见过连听都没听到过。
“老天……”斯科特正要用吐槽来表达自己的惊讶。就感到飞船后面传来一阵强烈的蓝白光芒。本就做贼心虚的斯科特驾驶着飞船猛地转弯，躲避着预想中的攻击。然而，调转了方向的斯科特没有看到攻击，只看到一个直径数千米的蓝白光环出现在太空港门口，无数的人形机器人和飞船从光环之中的孔洞中蜂拥而出。
相对来说，星际联邦的科技还是十分发达的。比如，星际舰队中统一使用的通话器，即便柯克舰长在离地球数万光年之外的克林贡帝国，仍然可以和自己的轮机长斯科特进行实时通话。而不会发生延迟；在与外星物种对话时，有着万能翻译器可以翻译所有语言，不会出现语言无法沟通的困难；星舰上有着可以在在短时间里就能完成对一颗星球的扫描探测，准确发现生命迹象的生命探测器。虽然这种生命探测器有着这样那样的缺陷，但不失为一种强大的侦查仪器；可以称得上娱乐休闲第一神器全息甲板，只要你能想到的。没有全息甲板模拟不出来的；囚禁犯人的监管室所用的力场发生器，足以起到屏障作用；除了活体生命无法复制外。其他如日用品、工具和食物，皆可复制的通用复制机。
更有星舰的反物质反应堆为太空航行提供充足的能源；星舰上的航行偏导仪和远程传感器。两者结合可以将航线上的太空漂浮物清除，避免对飞船造成撞击伤害；星舰表面的能量护盾，可以减免攻击造成的伤害；星舰普遍装备的相位武器“相位能量整流器”，即是光炮，威力可观；星舰在低于光速航行时使用的脉冲引擎，可以让星舰以接近四分之一光速的速度飞行；星舰上都有的传送机，可以将人或装备以原子的形式，从一个地方传送到另一个地方有些甚至可以进行星际传送，这种传送还可以在曲速飞行的星舰上使用；最重要的当然是星舰所使用的曲速航行技术，这是一种通过在压缩时空中航行的技术，其原理就是在运动物体周围利用反物质驱动的曲速引擎制造一个人工的曲力场（arpfd），从而使物体能在这个扭曲的时空泡（arpbbb）中以若干倍于光速的速度移动。
联邦的曲速技术非常先进，已经可以应用在体积较小的光子鱼雷上，光子鱼雷可以搭载常规战术弹头、反物质弹头，亦可改装成探测器、微型载人飞船，并可作曲速飞行。不过，相比《星球大战》里面的超空间引擎有些差距。汉·索罗的老破船千年隼号，配备了自称是全银河系最快的0.5级超空间引擎，可以在几分钟内带他穿过整个银河系，简直是开挂般的存在。
不过，刘柯更看重《星际迷航：暗黑无界》而不是《星球大战》，因为刘柯此刻入侵的是31区的一个星舰制造基地。这里有着完整的制造体系，包括星舰船体制造，曲速引擎制造，脉冲引擎制造，光炮制造，量子鱼雷制造等。对于这些星际时代的科技技术，刘柯完全不用通过实物来进行逆向推演获得技术，而是拿过来就能用，立刻就能进行生产改进。
当然，星际联邦的科技也不是没有短处。比如他们的单兵装备就十分简陋，武器除了相位枪还是相位枪。至于防御，士兵则只是穿着常服，很少穿盔甲等装备。而且他们的盔甲防御力是有那么一些，但只有一种保护功能，完全没有飞行等能力，与从钢铁侠战衣发展来的多功能机动装甲相比，完全就是一个在地，一个在天，完全败在机动装甲之下。
虽然这些突然闯入的家伙以前从没见过，但以斯科特企业号星舰轮机长的眼光来看，这些飞船的造型似乎有些落后，仅是外形就不太适应星际航行。但飞船上面狰狞林立的炮管，却说明这些飞船落后归落后，却是实打实的战舰。而那些灵活的机器人，除了表面挂载的武器，还拥有着大量的内置式武器舱，完全就是一个个移动火力点，火力凶猛至极。
最坚固的堡垒从来到都是从内部被攻破的，更何况这座太空港的防御力实在称不上堡垒。于是，在倾巢而出的十三万克隆人士兵、十万台各式机动装甲、一万五千个塞伯坦人的狂攻下，整座太空港飞速陷落。而贾维斯则开始入侵太空港内的电脑系统，虽然遇到了一些阻碍，但在黑哥出手后，整座太空港便落进了贾维斯的控制中。没有一艘飞船逃脱，所有人员皆被一网打尽，不是被击杀便是被俘。
一个肩章上挂着五颗将星的老者被克隆人士兵押到了刘柯面前，看着眼前的刘柯，老者问道：“你是谁？你的进攻是在对星际联邦的宣战！”
看着性格狠辣强硬的马库斯上将，刘柯不由生出了一些恶趣味，“马库斯上将，你面前的是皓月帝国的皇帝·埃尔。正如你所说，皓月帝国正式向联邦宣战。”
“为此，我决定放你回地球，让你帮我传达双方开战的信息。贾维斯，给马库斯上将准备一艘逃生船，记得把曲速飞行、传送机和通讯系统都拆掉，脉冲引擎的速度也调低点。”
刘柯如此安排，虽然是放了马库斯一条生路让他回去报信，但这种飞行速度，马库斯回到地球怎么也要几年的时光。但马库斯来不及生气，能够逃出生天已经万幸了。虽然暗中已是欣喜万分，但马库斯还是板着脸跟随着克隆人士兵向着逃生船走去。
然而，刘柯最后几句话却令马库斯的心再次沉入谷底，“马库斯上将，据我得到的消息，企业号星舰即将返回地球，柯克舰长没有用光子鱼雷轰杀可汗，反而是亲自带队前往克罗诺斯星逮捕了他。你带领31区所做的事情马上就要曝光了，你还想回地球吗？”马库斯一直期盼的战争到来了，但不是跟克林贡帝国，而是跟一个谁都没听过的皓月帝国开战。战争虽然即将到来，但马库斯却感觉到自己要被排斥出战争之外，这让马库斯怨毒无比的瞪视着刘柯。
对于马库斯的仇视，刘柯没有理会，反而开始检视自己的战利品。“贾维斯，检查太空港中的星舰船坞，搜集建造星舰的技术资料，清点各条生产线，清点剩余物资。”
扫了一眼被克隆人士兵押解的31区工作人员，刘柯又说道：“找到太空港的工作人员名册，这种生产要地的工作人员可定会详细记载在案。我们需要找出其中的熟练工人和技术人员，让他们为我效力。”
贾维斯连接着每一个克隆人士兵、机动装甲和塞伯坦人身上的镜头，这是为了方便他收集战场即时情报，掌控全局制定出合理的战术策略。此时，利用这些镜头，贾维斯很快完成被俘人员的识别。
“先生，我已经完成了人员识别，太空港中只有一个俘虏并不是此地的工作人员，也不是驻军。我在31区的资料库中找到此人的资料，他是蒙哥马利·斯科特。”
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