66号令，绝地武士团的末日。
在原剧情当中大约是在一年之后的19BBY，当时银河共和国在战争当中节节胜利，分离主义的末日已经来临，而议长希夫-帕尔帕廷对于权力的掌控也达到了新的高度。
因此绝地武士团对帕尔帕廷日益戒备，但帕尔帕廷这时候早已准备完成，他也不再掩盖自己的身份。在得知帕尔帕廷就是西斯尊主达斯-西迪厄斯之后，温杜大师率领基特-费斯托、萨斯-汀和阿金-科拉三位绝地委员会的大师前去逮捕达斯-西迪厄斯。
然而达斯-西迪厄斯此刻的力量超出了他们所有人的预料，三位委员会大师几乎瞬间被杀，只剩下温杜大师和他奋力战斗。
得到消息的安纳金-天行者迅速赶往议会大厦，却看到达斯-西迪厄斯正假装要被温杜大师杀死。安纳金之前就已经因为母亲的死，以及对绝地武士团的不信任而逐渐朝着黑暗面靠拢，现在他认为达斯-西迪厄斯能够帮助自己复活母亲，所以出手阻止。
但是安纳金在愤怒和恐惧之下失去了理智，一剑砍断了温杜大师的双手，随即温杜大师被达斯-西迪厄斯用原力闪电打下了议会大厦。
至此安纳金-天行者彻底堕入黑暗面，成为了达斯-西迪厄斯的弟子。而希夫-帕尔帕廷也因为终于抓住了绝地武士团的把柄，所以以绝地武士团试图谋杀议长作为借口，宣布绝地武士团叛国，并且启动了66号指令。
66号指令是预先植入克隆人士兵脑中生物芯片的150条紧急指令之一，这些指令包括了各种极端情况，比如67号指令就是议长叛国的处理方式。而66号指令，对应的就是绝地武士团叛国的处理。
这些指令都是正常士兵可能很难接受和难以下手的，所以通过生物芯片的方式强制他们执行。
其实这些指令以及生物芯片的存在，绝地武士团也是知道的，这并不是什么秘密。当时塞弗-迪亚斯大师签字同意克隆人士兵的项目，以及后来派驻卡米诺星球监督克隆人士兵生产的莎克-缇大师都知道生物芯片和这150条指令的事情。
但问题就在于，66号指令的执行逻辑上，有一个细微的文字游戏。这个文字游戏在报送样本给绝地武士团看的时候并不存在，只是在实际生产的时候存在，绝地武士团并不懂生物技术，看到真正形成代码的150条指令，也分辨不出来其中的区别。
这个文字游戏就是，其它的149条指令如果要执行，都必须要包括议长、绝地武士团、最高战略司令部、共和国情报部等部门的同意，或者是如果涉及到这些部门的指令，也需要其它部门共同签署才会执行。
而66号指令，议长自己就可以直接下令执行，接下来他只需要对其它部门进行告知就可以了！所以当时达斯-西迪厄斯只需要自己有一个理由支撑自己作出绝地武士团叛国的判断，那么他马上就可以执行66号指令。
根据这条指令，所有克隆人士兵都将对每一个绝地武士进行就地格杀！结果就是，那些正在前线奋战的绝地武士们，在毫无征兆的情况下就被和自己出生入死三年的战友从身后开枪杀死！
除了少部分极为出色的绝地武士逃过这一劫之外，总共一万多名绝地武士死在66号指令之下！
在清除了绝地武士团之后，达斯-西迪厄斯直接撕下最后的伪装，宣布银河共和国改组为银河帝国，自己，就任帝国皇帝！
当然，在达斯-马萨伊尔来到这里之后，他自然不可能让达斯-西迪厄斯这么舒舒服服的完成自己权力的整合，在一切准备完全之后执行66号指令消灭绝地武士团，登基称帝。
这样的结果，只能是接下来的银河帝国迅速整合完成国内的权力和利益分配，迅速重新走上战争和强权的道路。
但另一个角度，达斯-马萨伊尔也不希望绝地武士团在66号指令之下幸存。他和绝地武士团之间，绝对就是不死不休的关系，仅仅只是他的存在，就不可能被绝地武士团允许。所以，绝地武士团的覆灭，却也成了他和达斯-西迪厄斯之间唯一还有默契的事情。
所以，达斯-马萨伊尔就设计了这么一个计划——他在十多年前，被达斯-普雷格斯派去杀死可能造成纳布之战计划泄露的洛恩-帕万的时候，就留下了这么一个心眼，将洛恩-帕万得到的情报隐藏在他的机器人I-5YQ身上，并且让超莲花把这个情报隐藏得非常巧妙，让贾克斯-帕万没这么容易找出来。
这样一来，I-5YQ就成了达斯-西迪厄斯和绝地武士团两者的不定时炸弹！一旦其中的情报被贾克斯-帕万察觉，他肯定会上报给尤达大师，而绝地武士团也肯定会作出反应。同时……达斯-西迪厄斯，自然也会立刻着手对付绝地武士团。
于是这样的结果就是，达斯-西迪厄斯在准备不充分的情况下被迫对绝地武士团动手，而这时候他手中的权力还没有完成整合，自然将会付出巨大的代价。
而另一方面，因为66号指令的存在，绝地武士团也有很大的概率被达斯-西迪厄斯消灭，但是存活下来的绝地武士也肯定比原剧情的66号指令更多！
这样一来，他的目的就完全达到了。
现在，在得知科洛桑突然进入封锁状态的情报之后，达斯-马萨伊尔立刻就明白，这个不定时炸弹终于引爆了。现在的他只需要坐山观虎斗就好，但也不意味着什么都不做，他需要到科里班星球来，去完成他没有完成的黑暗仪式。
达斯-西迪厄斯一直盯着科里班，他知道让达斯-马萨伊尔完成仪式的危害，所以上一次达斯-马萨伊尔来到科里班的时候，他就迅速赶来，并且在马卡-拉格诺斯的帮助下击退了马萨伊尔。
达斯-马萨伊尔自从那次也知道，如果达斯-西迪厄斯一直盯着自己，自己是不可能达成目的的。
所以，必须等到他无暇他顾的时候，而这时候，就是现在！！