军规制定后，军纪暂时整肃后，剩下的就是训练。
在训练时，李定国遇到了一个相当大的问题，战士的身体素质很差。
当然这个身体素质差不是跟二十一世纪那些亚健康的白领如李定国穿越前相比，也不是跟那些经常被长官克扣粮饷导致面黄肌瘦一脸菜色的官兵相比，而是要跟以后最大的敌人女真骑兵比，那这样一比，差距可不是一般地大，差不多就是绵羊与饿狼之比。
但李定国不能抱怨遗传，也不能抱怨环境，他能做的就是要在有限的条件下快速地提高战士们的身体素质。
没有足够的体力耐力，没有足够的臂力腕力，怎么能做一个好战士？要知道长枪手、弓弩手、骑手都是需要很强的臂力，鏖战或者长时间多频率交战时更需要体力。
做为长枪兵,强劲的臂力是必须的。日后面对女真铁骑，如果没有足够的臂力，不要说阻挡，甚至可能会被撞飞。当然，应对女真铁骑冲杀时，李定国会安排的战术是火炮伺候，弩箭再伺候，弓箭再伺候，继而轻骑包抄夹击，随后长枪兵来迎接敌人铁骑业已凌乱的冲击，但即便在这种情况下敌人飞马过来的冲量，对长枪兵的臂力还是有很高的要求。何况战场上瞬息万变，一般很难有很理想的战斗进程，在匆忙收受到敌人铁骑袭击的时候，尤其要求长枪兵的臂力强悍能顶住。
做为弓弩兵，臂力更加重要，不然拉不开硬功强弩。拉弓射箭说的轻巧，但古来今往的猛将，左右开弓的屈指可数，能拉上一定石数的弓，简直肯定要大写特写，比如这个时代的左良玉、吴三桂都是以弓马娴熟著称的。
骑手需要的臂力更大，尤其是和对方地骑兵对冲的时候，两者马速的叠加产生的冲量是相当大的，有时候没有足够的臂力很容易就被对方给掀下马。虽然平时骑兵作战要避免蛮力对冲，但有时候情形不是自己能控制的，很多时候技巧完全不够用，一力降十会，谁的臂力强悍些谁就能赢。历来马上猛将都是臂力强悍的怪物，像三国关羽、张飞之类，一刀一矛下去，寻常臂力的人很难接着，一刀就将臂力孱弱的人劈成两半。而在这明末时期，官军中猛将甚多，如曹文昭、曹变蛟这大小曹叔侄俩，如文武双全的“卢阎王”卢象升，如左良玉、吴三桂等人，虽说不上什么万人敌，但至少都是百人敌，寻常将领碰到他们就是一个死。
当然除了臂力外，全身其他地方的力量，或统称之为体能，对于确保战士的生存，有时甚至比武艺还要重要。按照李定国的理解，武艺实质上是一种对肌体爆发力的运用，而体能是耐力，爆发力有限时就要靠耐力去拼。
而体能的增加，要靠两个，一是充足的营养，二是充分的锻炼。
在明末时期，到处灾荒，而且是长达多年的旱灾蝗灾，这个时候有口吃的就不错了，还能奢谈什么营养，所以增加士兵战斗力的要点只能是锻炼。而且锻炼也是在士兵们吃饱喝足、军粮无忧的时候才能开展，不然饿的连刀都拿不动，逃跑都费力，谁会肯花力气去训练。
很显然，义军内部并不晓得增加体能的意义，他们只是模糊地知道战阵厮杀时武艺相差不大时最后拼的是体力，但他们缺乏行之有效的增强体能的方法。这个时候李定国过来了，他敏感地发觉到这一点，在训练中也着重加强了体能方面的训练。
李定国给他的战士们制定了一系列非战时训练课程，其中一个重点就是锻炼体能。
每天早上，绕着大营跑，一开始只跑五里地，李定国带头跑，规定后一百个跑到的没有早饭吃。有将军带头跑，战士们不甘示弱，也不想吃不到早饭，都争先恐后跑了起来，包括健妇队。当然会根据岁数做出一些调整，十一岁的小娃娃不一定要跑得过十七八岁的，只要不落在同龄人的后二十名就好了。等众人的体能都训练到可以轻身轻松跑完全程后，便要求身着盔甲跑，再然后就要求负重跑，当负重达到五十斤还能坚持下来，就将跑步历程多增加一里，然后每个月加上一里，直到二十里为止。
每天跑步完毕后，就开始练习军体拳，虽然李定国是在大学时期跟军训教官学得的军体拳，算是军体拳萎缩版，但聊胜于无，除了擒拿格斗外，干脆就把这个当做一个健身操。再后来义军招揽到一个真正的武术大师，在这人的改良下，军体拳变成了真正可以在肉搏战中克敌制胜的拳术，不过这自然是后话。
打完拳后，开始吃早饭。早饭完毕，便召开宣讲会，一方面也是让大家饭后消化一下。一方面进行思想灌输。宣讲的东西都是李定国亲自撰写的，目的是加强麾下战士对张献忠以及自己的效忠，加强汉民族意识，加深对时局的了解，加强对朱明朝廷和女真蛮族的仇恨。当然李定国现在能够讲的东西不多，因为他这个孩儿营在流动作战时紧靠张献忠的中军老营，“不敢高声语，恐惊天上人”，就只能让每个战士将他苦大仇深的人生讲述一番，增强大家的阶级仇恨，增强义军的向心力，当然更多更重要的洗脑活动要等到李定国能独当一面独带一支大军时候才能开始。
一刻钟的宣讲会完毕后，就开始进行耐力和肌力训练。先来伏地挺身,就是俗称的俯卧撑，李定国带头做，先以二十个为一组，头一个月五组，然后每个月加一组，李定国自己是带着全副盔甲做的。当然李定国事先将锻炼臂力的目的告诉了大家，不然大家定然对这个怪模怪样的运动心生抗拒。随后是权作休息的仰卧起坐，同样一天五组，二十个一组，每隔一个月加上一组。
随后还有引体向上、负重深蹲、十指支撑、障碍跑、团队配合等训练。
这些训练要下面各级将领做的同时盯着自己的战士去做，如果有一个人没做，那士兵的直接将领要加罚一倍。有了这个制约，这两千士卒都基本完全地做了下来，包括那些年纪幼小的娃娃兵。当然，对大部份士兵只需做到适量，因为他们还要肩负起主力作战任务，还要四处辗转和打粮草，体能训练适可而止。
而对自己的亲兵队，李定国想把他们培养成特种兵，便将所有的训练任务都加倍，甚至在条件容许下，让这些亲兵训练到筋疲力尽，身上留下的汗能形成一个人形，才会停止，这些亲兵毫无怨言，因为李定国也在陪着他们练。
除了基本作战任务外，李定国白天训练士兵体能，晚上就秉烛看《纪效新书》，他要尽快把这本书吃透看会，然后用于实践之中，而在这段学习时期，就用体能锻炼来做基础性的练兵，等到他学成看会了，再全面效仿戚少保练兵。