碇唯“复活”并没有在NERV造成多大的影响，事实上除去冬月副司令和律子这样的核心成员外，NERV几乎没人知道碇唯。
日子一天天过去，NERV的重建十分顺利。与此同时，政府也开始对NERV进行了大刀阔斧式的改革。
出于对EVA强大力量的恐惧，联合国在一番讨论之后出台了《EVANGELION禁止法案》，决定禁止一切关于EVA的使用和研发，现存的四台EVA、莉莉丝和郎基努斯之枪将全部沉入太平洋洋底，永久的封印起来。NERV也不再作为绝密的特务机关存在，而是改革重组成为一个全新的科研机构，依旧附属于联合国，继续研究生命进化学。
碇源堂虽然依旧掌握着NERV，但是这时候已经不能再他叫“司令”了，而应称他为“NERV研究院院长”。冬月则拒绝了“副院长”的头衔，他说既然一切都已经结束了，他想回到校园做回自己的老本行，也就是老师，当然，这不代表他离开了NERV，他在NERV还挂着个“顾问”的头衔。
冬月拒绝了任聘后，这个副院长的职位就自然而然的落在了美里的头上，美里算是又升了一级，可喜可贺。律子依旧是NERV的首席科学家。加持则离开了NERV，开始真正为内务府工作，据说他也升官了。青叶茂、日向诚、伊吹玛雅自然还留在了NERV。
至于真嗣、明日香和丽，没有了EVA，现在他们只是普通的十四岁小孩子了，他们的生活重新归于平静，平静的甚至有些无聊，但是真嗣和丽却觉得这种无聊的日子十分幸福，只有明日香偶尔会发一声牢骚“好无聊啊——”
在NERV重建的差不多后，政府开启了重建第三新东京市的项目，或许，现在应该叫第四新东京市了。重建的第四新东京市就坐落在地底世界的战场上，NERV“金字塔”的旁边，政府似乎是打算把第四新东京市打造成一个国际科研都市，在政府和联合国的大力支持下，第四新东京市日新月异，一栋栋高楼在“金字塔”旁拔地而起。
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一晃半年时间过去了，这一天，天刚刚亮李晓就早早的起床了。他先是冲了个澡，然后站在镜子前，将头发梳成大人模样，再穿上一套帅气西装，看着镜子里英姿勃发的自己，李晓满意的点了点头。
为什么今天李晓刻意打扮了一番，而且还穿的这么正式呢？那是因为今天是一个特殊的日子，今天，美里和加持要结婚了！
一个月前，美里突然宣布她和加持要结婚了。经过一个月的精心准备，这一天终于来了。
两人结婚的地点就选在NERV本部，一是因为第四新东京市还没有建造好，二是因为这里承载了美里和加持太多的回忆，而且经过一番重新装修后，NERV的内部结构已经完全变了，现在的NERV是一所纯粹的科研机构，这里不再对外保密，甚至允许研究人员将自己的家属接进来一起住，已经俨然是一座埋在地下的小型都市了，而适合作为结婚场地的大型礼堂自然也是有的。
李晓来到礼堂的时候已经是人山人海，他在人群中随意的转了一圈，忽然意外的发现在角落里的一张餐桌上，明日香和渚薰正坐在那里。渚薰同样是一身得体的黑西装，明日香则穿着一件热情似火的红色短裙礼服，这两人的组合虽然十分稀奇，但是不得不说俊男美女坐在一起还是相当养眼的。
另外顺便一提，渚薰还活着这件事碇司令已经知道了，现在使徒已经灭绝，EVA也封印了，所以碇司令也没说什么，算是默认了渚薰的存在。自从碇唯回来后，碇司令整个人就好像变了一样，虽然依然总是板着个脸，但比之前可要有人情味多了。
李晓走过去，对明日香和渚薰打招呼：“你们俩够早的啊。”
明日香在桌子上拄着下巴：“是你太晚了。”
“晓，你今天可真是帅气啊。”渚薰微微一笑，还是那么优雅。
李晓坐下来，得意的嘿嘿笑道：“彼此彼此。”
三个人闲聊了两句之后，真嗣也到了，一起到的还有碇司令、碇唯和丽，现在他们四个人俨然就是一家人了。李晓看见真嗣很开心的在和碇司令交谈着什么，这是以前不敢想象的画面，看来他们父子俩终于和解了。丽的脸上也带着高兴的表情，她穿着一件黑色礼服，碇唯在旁边挽着她的手，两人一起走过来就好像真正的母女一样。
他们一家四口来到李晓这边，与李晓三人打过招呼后，碇司令和碇唯就离开了，真嗣和丽留了下来，毕竟大人有大人的世界，小孩子有小孩子的世界。
李晓、真嗣、明日香、丽、渚薰，五个人坐在一起闲着无聊就开始闲扯。又过了一段时间之后，礼堂里忽然响起了婚礼进行曲，五个人立马不约而同的抻着脖子向礼堂的大门口看去，只见大门缓缓打开，一身西装笔挺的加持挽着一身洁白婚纱的美里缓缓走了进来，婚礼正式开始了。
婚礼进行的很顺利，李晓由衷的为美里和加持感到高兴，他之所以又在EVA世界留了这么久，其实就是在等最后这场婚礼，现在李晓终于没有任何牵挂了。
吃饭的时候，话题不知道怎么就聊到了未来的理想，而让李晓有些意外的是，真嗣他们竟然都已经考虑过未来要做什么了。
明日香说：“我暂时不打算回德国了，我想要留在NERV，我的妈妈是科学家，我将来也想做一名科学家。”
丽：“我将来想要开一家花店。”
真嗣：“我有点想做老师。”
渚薰：“我打算先去上学，等毕业了留在NERV，既然我现在已经是人类了，自然要体验人类的生活。”
四个人依次说完之后，四双眼睛立刻齐刷刷的看向李晓，等待李晓发言。
感受到他们期待的目光，李晓的心里顿时十分难过，因为他在EVA的世界没有未来，他已经完成了他“HAPPYEND”的目标，这场婚礼是他在EVA世界的最后一天，他打算离开了。
虽然李晓心中清楚，这个世界中的一切都只是动漫APP一系列计算产生的结果，但是现在，李晓坐在婚礼的现场，真嗣、明日香、丽、渚薰，他们坐在李晓的面前，李晓看见的不是一堆数据，而是一条条鲜活的生命，一张张温暖的笑脸。
李晓无可奈何，他决定撒最后一个谎，他笑了笑，说：“未来那么遥远的事情，我还没想好呢。”
之后，加持和美里也来与李晓他们打了招呼，加持难得收起轻浮的气质，正经了一回，美里则幸福的满脸笑容。
婚礼结束后，李晓独自一人回到他在NERV的房间，他躺在床上，呆呆的看着头顶上的白色天花板，沉默了好一会儿。离别总是伤感的，但是离别又避免不了。
这时候，佩琪似乎是察觉到了李晓的心思，她从手机里冒出来，坐在李晓的胸口上，安慰道：“以后你还可以随时进入EVA世界嘛，存档都在，又不是再也来不了了，伤感什么？”
李晓长舒一口气，颇为感慨的说：“我也知道，但是在这个世界经历了这么多之后，总归是有些不舍得。”
佩琪微微一皱眉，担心的说：“我可提醒你，别忘了这个世界只是虚拟的，现实世界中，你现在还倒在床上睡大觉呢。”
“我明白。”说着，李晓慢慢闭上双眼。“佩琪，送我回去吧。”
晚安，EVA世界。