与自身修为相比，周敦颐生前的学术地位并不为世人所认同。当时，人们只知其政事精绝、宦业过人，尤有山林之志，胸怀洒脱。但对其理学思想知者甚少，只有南安通判程太中最为了解其造诣，将程颢、程颐两个儿子送至门下，后“二程”均成为著名理学家，为理学学派的弘扬做出了决定性的贡献。周敦颐死后，随着程颢、程颐对他的哲学的继承和发展，周的名声也日渐显扬。南宋时期，朱熹确立了理学学派的学术统治地位，周敦颐的地位被再次提升，许多地方开始为其建立祠堂，甚至将其推崇到与孔孟相当的地位。《宋史·道学传》中是这样夸赞周敦颐的学术贡献的，“两汉而下，儒学几至大坏。千有余载，至宋中叶，周敦颐出于舂陵，乃得圣贤不传之学，作《太极图说》、《通书》，推明阴阳五行之理，明于天而性于人者，了若指掌。”时至明万历年间，周敦颐与李宽、韩愈、李士真、朱熹、张栻、黄干同祀石鼓书院七贤祠，世称“石鼓七贤”。
就学术思想而言，周敦颐继承了《易传》的哲学理念，同时杂糅了部分道家和释家禅宗的思想，提出一个简单而又系统的宇宙构成论，即：无极而太极，太极一动一静，产生阴阳万物；万物生而变化无穷焉，惟人也得其秀而最灵。又模仿“太极”建立“人极”。“人极”即“诚”，“诚”是纯粹至善的“五常之木，百行之源”，是道德的最高境界。只有通过主静、无欲，才能达到这一境界。这一理论的创立对中国其后七百年的思想发展产生了广泛而有深远的影响，其所提出的哲学范畴，如无极、太极、阴阳、五行、动静、性命、善恶等，成为后世理学研究的经典课题。
中国古代道家哲学中讲，世界的本原在于太极，太极动而生阳，静而生阴，万物由阴阳二者共同构成，而阴阳的相互作用共同推动了事物的发展，由量变到质变，由发生到壮大，由壮大到消亡。北宋初年“太极图”的传出，以图入道，阐发了道体玄妙的真谛，图中阳阴往复，互为其根；相互间杂，彼此渗透。随后，周敦颐“太极图说”的著成，将这一思想用于解释世界的本源。程颢在此理论的基础上，提出了“道通天地有形外，思入风云变态中”的“格物致知”方法，使得《礼记?大学》中的空洞理论具有了可操作性，将儒家的人文理论提升到了哲学高度。飞刀认为：程颐的“格物致知”方法可以理解为：世界万物在静态时是很难看到其本质的，故而考虑问题、推究事理，应该顾及有形、无形两个方面，着重于对于事物变化的观察，才能够切中要害、体会实质，而动态变化的观察则应以太极理论为基础，以“由阴转阳”、“由阳转阴”、“阴中之阳”、“阳中之阴”四者最为关键，是一切观察入理的最佳切入点。