尽管盟军方面已经意识到了事情的严重性，但是为时已晚，在他们得知日军开始准备从海外殖民地撤兵的消息时，第一批近40万日军已经抵达了日本沿海的各个港口。
日军大本营对于此次撤兵行动极为重视，毕竟这关乎着整个日本列岛的安全，关乎着大和民族的生死存亡。因此在撤兵开始的时候就是采用的双向同时开动的战术，在日本本土的船队出发赶往殖民地的时候，驻扎在海外殖民地的日军则是利用征集到的船只返回日本，两边同时开动。
盟军知道必须要在日军船队返回日本前将其拦截在日本外海，因此，在尼米兹上将和陈绍宽上将的指挥下，盟军六百余艘大小战舰纷纷从菲律宾、南洋领以及夏威夷赶往日本列岛。
然而这次日本海军也拼了命，尽管剩余的日本战舰并不多，尤其是可供作战的大型航母只有三艘，其余大型战舰也不是很多，最多的则是以前老式的巡洋舰和小型的驱逐舰，尽管双方实力相差悬殊，但是日军还是没有后退，主力勇敢的迎向盟军舰队。
日本方面也知道双方是在赶时间，那个如果在时间上取胜，那么此次战略撤兵就等于哪一方取得了战争的主动权。
不得不说日军在这次撤兵行动中的表现令人惊艳，事先保密情报做得非常到位，不但美国和苏联的情报机关没有收到半点风声，就连号称世界上最强大的情报机关的中国国安局也没有任何察觉。
而在整个行动中，日军不但行动迅速，同时分工明确，什么人负责什么活计，撤的时候井然有序，仅仅付出了不到40万人的损失，就在短短半个月的时间将250余万部队撤回了日本本土。与之相比，英国所谓的“发电机”计划简直弱爆了。
不过盟军也不是一无所获，最起码菲律宾群岛上的三十余万日军算是完了。没有援兵没有后勤保障，与数倍于己的盟军作战，即便是号称“马来之虎”的山下奉文也无能为力。4月4日盟军终于攻占了马尼拉，山下奉文率领数万日军残兵转入菲律宾西北部山区继续与盟军周旋，但是包括山下奉文自己也知道这不过是尽人事听天命，日军不过是秋后的蚂蚱。
1941年4月中旬，盟军重新占领了南太平洋地区，具体局势是中美澳三国共同占领了菲律宾，英军占领了马来西亚，中国占领了朝鲜、缅甸、泰国、宝岛、港岛以及整个法属印度支那。美英两国占领了荷属东印度。而南洋领的一支分舰队则是攻占了新加坡。至于之前在南太平洋地区有很重要的话语权的法国和荷兰则是什么也没捞到。
盟军在太平洋战场取得空前大捷的事情，迅速传遍了整个世界，全世界反法西斯国家的民众都似乎看到了胜利的曙光。
与之相反，德日两国的高层和民众则是另一番景象。惶惶不可终日，似乎世界末日已经到了，国内的气氛十分的紧张，尤其是日本。
日本与德国不一样，德国虽然在苏德战场和北非战场找到了重创，苏联红军已经收复了绝大多数的国土，同时已经将部队推进了东欧。但是德国现在还控制着整个西欧和南欧，包括法国、比利时、卢森堡、荷兰、葡萄牙、丹麦、挪威在内的十几个国家还在德国人的控制之下，所以德国还没有到山穷水尽的地步。
但是日本却不一样。在失去了朝鲜和中国东北这两块重要的资源基地以及荷属东印度这个能源基地之后，日本的主要战略物资基本上失去了补充，而且日本国内的钢铁和石油等战略物资的储备十分稀少，根本就支撑不了多长时间。
再加上这次撤兵的时候日军损失了80%的重武器以及30%的轻武器，同时损失了50%的军工生产能力。可以说现在的日本除了还有七千万人口之外，已经没有什么和盟军战斗下去的资本了，说是山穷水尽一点都不夸张。
正因为如此，日本高层对于怎样阻击盟军登陆日本本土想法不一，以大本营为首的作战部队指挥官，对敌军登陆部队立即在海岸发动攻势予以消灭，还缺乏信心。加上在之前菲律宾作战中，日军对盟军的舰炮射击和轰炸以及火焰坦克的威力的深刻体验，很多人认为在海岸与盟军决战是不明智的，很大一部分高级军官认为纵深攻击防御方式更适合日本，甚至有的指挥官还提出“在不得已时允许敌军登陆部队获得桥头堡”。
有的指挥官则是过份考虑敌军炮击和轰炸造成的损失，主张由海岸后退，在高地构筑洞窟阵地。例如，日本关东的第12方面军的作战设想就是对从九十九里滨或相模湾方面登陆的盟军，将预定投入决战的兵团保持在利根川上游地区，待断定敌军主力的主攻方向之后，再向该方面求得决战。
昭和19年（1944年）4月18日，当盟军攻占硫磺岛，兵锋逼近琉球群岛的时候，大本营和新设总军司令部的首脑认为在布置本土决战之前必须要统一国内民众的思想，如果没有一个统一的思想，想要抵挡中美英苏四国的登陆作战根本就不可能。
因此大本营严厉要求改变这种消极倾向，贯彻本土决战的基本思想，并且提出了“一亿玉碎”的作战口号。
4月22日，参谋总长指示本土的全部陆军：“本土作战采取进攻战，决战地区需选在沿岸、尤其是在海滨地区。其作战指导，须在登陆敌军尚未建立桥头堡之前，以纵深部署猛攻登陆未完的敌军弱点。”
25日，大本营陆军部颁发了《国土决战战法手册》，强调国土决战是进攻的歼灭战，不可依赖防御和阵地工事，沿岸防御也应按决战方式进行。阵地的构筑应选在敌军必攻之地，要重视平地的作战工事。要重视确保机场，作战工事、训练和战斗均应以反坦克战为主，要注重突击肉搏战法。
同一天，大本营陆军部发布了“国民抗战必携”，要求国民以参加决战的决心，即以一亿人奋起特攻的精神为保卫国土而战斗；并组成国民义勇战斗队，进行战斗训练和构筑阵地；各自保卫乡土，以突击肉搏战法，协助军队作战。
在日本政府的宣传中，本土决战是日军最后的决战，日本陆军把建军八十年来的光荣传统赌以这次最后一战，在本土决战中只能也必须取得最后胜利。然而认为，胜利的关键在于登陆敌军的战线未稳时，倾注全军力量，拼死猛击敌军；除此之外，别无他法。
而且，沿岸地区不仅是住有众多国民的政治、经济、交通要地，而且由于本土的地势关系，许多重要的航空基地都设置在这些地区。加之，从菲律宾和硫磺岛等战役的教训来看，一旦将这些地区交给敌人手里、使敌军巩固了桥头堡，再想以皇军的火力和突击装备拔掉它，极为困难，对大日本皇军作战十分不利。
此外，日军大本营还向各部队下达了作战方法的最高指示——《迎击决战的一般要领》，根据《要领》指示，日军的进攻，首先以海军航空兵的精锐部队和潜艇攻击为第一批次。在此前后，从敌军登陆部队的船队接近本土海岸三百公里左右时起，以陆、海军的全部航空部队和配备在这些海域的中、小型潜艇对该运输船队猛然发动特攻作战。
与这一进攻相呼应，集中埋伏在沿岸的特攻舟艇也在敌军运输船队驶进停泊地前后，以主力展开进攻。隐蔽在沿岸洞窟阵地的长射程炮也对停泊地的盟军运输船队进行炮击。
对盟军运输船队的进攻，在其驶进停泊地前后达到最高潮。在进攻期间，以航空部队和部分潜艇对盟军机动部队和担任支援炮击的舰艇以及担任补给的运输船队发动进攻；并让特攻舟艇中的部分“蛟龙”和“肉雷”参加此种作战。
当盟军登陆部队到达海岸开始进攻时，即将大日本皇军全部武器的火力集中于登陆点。部署在沿岸陆地的各部队应顽强地、神出鬼没地反复进行反击，阻止美军建立桥头堡，并将敌我战线引入交错混战状态，使美军难以进行轰炸和舰炮射击。
另外，当决战兵团认准敌军的登陆方面时，应立即利用几条准备好的道路，迅速向预定的主要决战方面前进和集中，并在主攻正面的攻击阵地展开兵力。
鉴于在之前的战斗中，中国陆军的装甲力量超出了大日本帝国的预计，并且给大日本皇军造成了难以想象的损失，所以在《要领》中特别强调了反坦克的战术方法。原本对付坦克最好的战术就是同样的坦克对攻，但是由于日本的坦克无论在数量、装甲方面，还是在火力、装备方面，都远不及中国坦克。
不仅如此，日军的反坦克炮在数量和装甲穿透力方面都很差，急待增产的自动炮也因遭受空袭，根本满足不了要求。因此日军大本营认为补救这种反坦克现代装备劣势的方法，只有采取特攻战法?，即同以一架飞机摧毁一艘军舰的航空特攻一样，以一兵击毁一辆坦克的肉搏进攻战法。
列如步兵手持火焰瓶，逼近敌军坦克，投入坦克机舱，以使起火。或者是将小包炸药装入坐垫式的袋中，并装上缓燃的雷管。逼近敌军坦克，扔在坦克正面或突起部上，使之爆炸。过去在南方各战场上，日军曾以此种战法，屡建奇功。