其实沙勿略也是有苦难言，他虽然是耶稣会创始人之一，但已经离开欧洲太久了。他最好的两个朋友……第一任会首罗耀拉已经去世十年，第二任会首莱内斯也于去年回归了天主的怀抱。现在掌权的第三任会首博瓦迪利亚，虽然同样对开拓东方领地野心勃勃，但更希望由自己的人来完成。好借此功劳，实现自己的教皇梦。
所以去年一上台，他便派了自己组织的传教团，前来代替沙勿略的工作。只是由于这些人到中国后，发现对这个庞大世界一无所知，暂时还离不开沙勿略的指引，所以才没有马上宣布会首的命令，而是向沙勿略套取相关的情报。
然后，他们通过沙勿略的几封书信，和对中国南方的一些认知，便自以为了解了大明的政治人情，认为取而代之的时机已经成熟。当他们借由沙勿略的努力，以进贡使团的身份进京后，就当仁不让的接过了主事权，命令沙勿略走皇帝路线，不要被沈默牵着鼻子走。
身为最自律的清教徒，沙勿略无法抗拒会首的命令，只能按照他们说的去做，结果捅了马蜂窝，险些把多年的努力付诸流水。在面临失败的巨大压力下，那些新来的神父不敢再狂妄专行，只得请沙勿略重新做主。
沙勿略重新掌权后，只做了一件事，就是不管付出多大代价，都要取得沈大人的谅解……沈默其实并不怪罪沙勿略，传教士不是白求恩，不可能毫不为己、专门利人，他们来大明的一切行为背后，根本目地就是传教。但沈默为他们大开方便之门，却不是为了让天主的光辉照耀中国，而是要借这些精通科学和哲学的外国人，来为大明的士大夫开启一扇认识世界的窗户。
所以他必须打消他们想走捷径的念头，把他们牢牢地固定在自己划定的轨迹上。在这片东方大地上，双方实力过于悬殊，沈默甚至不需要亲自出手，就能达到自己的目地。对于这位年轻大人的想法，饱览世情的沙勿略自然不会不知，起先他并不甘心被利用，但通过同伴进行试探，已经遭到了毫不留情的打击。
了解到对方的态度后，沙勿略明白了，要想在这里传教，就只能被对方利用，而且还得把差事做好。只有在这个前提下，才能获得传教的自由。但光自己明白没有用，还得让同伴也明白才行。好在没用多久，他的同伴们就发现，仅取得皇帝的信任是没用的，这位年轻的皇帝，并不像与他同龄的腓力二世，或者伊丽莎白女王那样强势。相反，他只在乎自己过得好不好，而把一切政务都交给他的大臣们。所以取得这些大臣的认可，才是最重要的。
让他们沮丧的是，那些京城的官员们虽然彬彬有礼，纷纷邀请他们去做客，但也只是对新奇事物的好奇，更多的是问海外的风土人情，打听自鸣钟、西洋琴的来历，以及能否代购之类。通过交谈，他们发现京城高官对世界的了解，远不如上海那些年轻而富有朝气的官员，其对整个西方世界的认知，都透着妄自尊大，显得支离破碎且不着边际……而这正是传教团遭遇困境的根源，因为《大明会典》里只记载有西洋琐里国，并无大西洋国，所以京城官员普遍认为他们‘其人可疑，其国也真伪不可知’也。
富有学问的明朝知识分子尚且如此，更不消提普通的民众了，在老百姓心里，这些西洋人形容丑陋、体毛浓密、且带着浓重的味道。只肯远远围观，绝不肯靠得太近，更不会接受他们的礼物，完全一副拒人千里之外的样子。
这种观念层次上的错位，使他们终于明白，自己的传教事业将会异常艰辛。便想拿出杀手锏，通过提供免费早餐、向贫民派发衣食，来吸引下层百姓入会，却遭到了沙勿略的严厉禁止，因为这是本土邪教的惯用手段，只能让天主教蒙上邪教的标签，害得大家都被抓起来砍头。
终于体会到当初沙勿略感觉，神父们彻底没了初来时的傲气，诚心诚意的请他教导如何去做。虽然生他们的气，但沙勿略以大局为重，还是把自己的心得和盘托出。他对其他人讲道：“首先，为了减少传教阻力，在传教初期，要坚持奉行上层路线。皈依普通民众自然容易，但我们不能像在印度那样，一上来就打他们的主意。因为这个国家的官员，像监视私产一样，紧盯着他们的百姓，我们得到太多百姓的信仰，会被视为引起社会不稳的邪教，而遭到严厉的打击。”
见众人一脸失望，他话锋一转道：“但这并不代表宗教不能流传，事实上，这个国家的人们，自由信仰着佛教、道教、儒教、伊斯兰教等数种信仰，关键是要得到上层社会的认可。假如有一批知识分子，如进士、举人、秀才以及官吏等皈依天主，自然可以铲除误会，得到认可，其他人也就更容易皈依了。”
“所以我认为，一位知识分子的皈依，较一般教友更有价值，影响力也大。所以至少在很长一段时间内，我们的努力对象，不是大批民众，而是大明的知识分子。”沙勿略心中暗叹一声，最终还是上了沈大人的贼船。
为了更方便与中国的官员士大夫的交往，赢得他们的信任，沙勿略让其他人像自己一样，先从穿衣打扮做起。首先学着梳理须发、头戴儒巾。不再披散着头发，更不能不戴帽子，因为在中国人看来，这是蛮夷的典型特点！并开始改穿儒服，放弃部分西式的生活方式，转而学习中国礼节、中式生活方式，以求融入大明社会。
此外，应多多利用西方的科技知识、人文思想，引起大明知识分子对于天主教的尊敬。沙勿略告诉他们：‘你们很快就会发现，中国人对‘实学’，比对天主教更有兴趣。为了引起更多中国人对我教的注意，我们最好以‘西儒’，也就是西方知识分子的身份出现，这就是我为何，让你们带三棱镜、自鸣钟、地球仪、世界地图、以及各种科学书籍来北京，就是要利用一切机会，向中国人介绍天文、地理、数学、物理等方面的知识……在这方面，中国人是很薄弱的，但他们热衷讨论研究，只要我们能引起争论，并赢得争论，自然可以声名鹊起，赢得他们的尊重。”顿一顿道：“中国人并不是一味的妄自尊大，只要能证明他们是错的，咱们是对的，他们自然会倾慕西方科学，虚心向咱们学习，而后便有机会，把他们皈依我教。”
见他终于指出一条明路，众神父不禁松口气，却听沙勿略加重语气道：“但我要提醒各位，这个国家虽然流行着各种宗教，但真正占统治地位的还是儒教。哪怕佛教、道教这样的本土宗教，也必须将与儒家抵触的学说去除，才能相安无事。我们新来乍到，更加不能与儒家文化的冲突，而是应该以一种‘补儒’、‘合儒’的配合姿态出现，这样才能使对方接受我们……”
“前途是光明的，道路是曲折的……”沙勿略盗用了沈默的一句名言道：“为此，需要诸位努力精通中文，刻苦钻研儒学。你们会认识到，我教和儒学存在诸多相通之处。比如两者都相信一神论，都主张‘仁爱’，都重视精神道德修养问题，而这正是双方彼此交流和理解的基础。但两教在信仰观、人性论以及生活方式等方面都存在很大差异。当双方不可避免地出现冲突时，不要针锋相对、恪守成规，而要暂时把我们的教义稍做些调整和变通，最大限度地把我教和儒家文化会通糅合，使之成为适合在中国生存的宗教。大家不要认为，这是对自己信仰的不坚定，相信我，待到将来，天主的光辉照耀这片大地时，就是我教实现‘超儒’的那一天！”
沙勿略的这些说法，不仅得到了其他神父的一致拥护，甚至还被总结为‘东方四条准则’，命所有进入大明的传教士和教徒遵守，为天主教在中国迅速站住脚，并兴旺起来，奠定了坚实的基础，当然这是后话……沈默对这些西方传教士，确实是寄予厚望的，在南京、在上海、在苏州、在杭州，其实已经有教堂出现，这都多亏了他网开一面。而沈默之所以肯帮助他们，是因为他需要这种的交流对话。
他认为，思想的变革是任何变革的前奏，思想不变，任何改革都是徒劳。中国的传统文化，固然历史辉煌，但亦因为历史太久，已经死水微澜，不再流动。这样的结果是，精华沉积在底，难见天日，糟粕漂浮在上，臭不可闻。只有让这湖死水流动起来，才能冲掉糟粕，让精华重见天日，实现华夏民族的思想复兴。
中国无法也不能重复西方文艺复兴的老路，但他山之石可以攻玉，他希望能借那一缕西风，吹皱这一池浑水。利用不同文化间乃至不同文明间的交流与对话，使大明的知识分子开阔眼界，认识到自身在科学、哲学等各方面的不足，继而补我所短，对传统儒家思想进行反思，希望最终能再现百花齐放的春秋胜景。
而西洋传教士，就是他放进鱼池的那条鲶鱼，至于效果如何，只能留待时间检验了。
有些事情可以留待将来，但也有些事情必须现在就处理，吕宋使者已经到了北京，向皇帝求援的国书，就摆在沈默礼部签押房的案头。但沈默的目光，却落在另一份东西上。
那是王直送来的南洋最新情报，自从得到沈默的允诺后，老船主便密切关注那里的风吹草动，并通过‘毛海峰——沈京’这条线，随时向沈默传递消息，以帮助他实现目标……通过各种情报分析，沈默已经可以对南洋发生的事情，有一个比较深刻的认识了……十年前，腓力二世成为西班牙国王，这个好大喜功的皇帝，想把殖民地从美洲扩展到亚洲，把‘南海’变成‘西班牙的内湖’。八年前，他写信给墨西哥总督，反复强调拓殖菲律宾群岛的重要性。他指令总督负责组织对菲律宾进行新的远征，四年前，经过细致的准备，远征军于墨西哥出发，由富于冒险精神的海军将领黎牙实比担任总指挥；另一个重要人物是神父乌达内塔，他具有丰富的航海和殖民经验，对太平洋航道十分熟悉，并擅长对土著居民进行拉拢分化。
此外，还有一批在征服南美过程中，积攒了丰富作战经验的军官，率领着先遣部队，先在吕宋群岛外围的萨马岛落脚，然后用十个月的时间，软硬兼施夺取了位于吕宋群岛中部的宿务岛，这里北上可抵吕宋、南下可达棉兰老岛，岛上有良好的港湾、充足的粮食、物产，是一个进可攻退可守的好地方。
建立中心殖民地的同时，西班牙人也找到了返回墨西哥的航线，并迫不及待展开对华贸易，这当然引起了葡萄牙人的强烈不满，他们认为这是对《萨拉戈萨新约》的公然挑衅，并以此为由，把西班牙人封锁在宿务岛上。
虽然难以和葡萄牙在此的势力抗衡，但在获得来自墨西哥源源不断的支援后，黎牙实比打破了葡萄牙人对宿务岛的封锁，并保证不会南下染指香料群岛，以此换得了双方关系的缓和。消除了大敌隐患后，西班牙人爆发出巨大的能量，不断在吕宋群岛扩大地盘，并最终逼近了吕宋王国首都马尼拉。也就是这时，吕宋国王拉贾苏莱曼，派人向宗主国大明求援。
后面的事情，恐怕连吕宋使者也不知道，但沈默觉着，他们不知道也好，否则只能徒增慌乱和恐惧……原来强敌压境之下，内部未战先乱，而导致敌人趁虚的桥段，又一次真实上演了。在战前，马尼拉统治者内部分为两派，主战派的拉贾苏莱曼主张避敌锋芒，退往北方，积聚力量准备再战。而主和派的拉贾马坦达，则认为抵抗只会增加伤亡，不如就此投降。双方争执之下、胡不想然，最后各走各的路，苏莱曼带部队离开了马尼拉，而马坦达真的撤除防御工事，让西班牙人毫发无损地进入马尼拉。
今年五月十九日，黎牙实比宣布占领马尼拉，开始西班牙的殖民统治。六月三日，苏莱曼联合其他十几个部落，向西班牙人发动了反攻，可惜失败了。苏莱曼继续坚持作战数月，结果被赶出陆地，最终再一次海战中，船毁人亡，以身殉国。
当然吕宋人民不会接受这个残酷的现实，他们仍以苏莱曼的名义，继续进行着反抗殖民者的战斗。更让沈默揪心的是，反抗主体已经从当地的部落，渐渐转移为在吕宋的华人。与逆来顺受、鼠目寸光的当地土著相比，华人们更能看清自己的命运——一旦西班牙人站稳脚跟，等待自己的，要么是屠杀、要么是奴役。所以他们义务反复的肩负起了抗击侵略者的重任，并向来往密切的海商们求援，希望能得到他们的帮助。
说实话，海商们是很愿意帮这个忙的，他们已经在多年的海上贸易中，明白了控制航线的重要性……每年经过吕宋岛运往墨西哥的商船队，都要被西班牙人白白抽去超过千万两的重税，还有高昂的补给费用，简直就是拦路抢劫。如果能把西班牙人赶出吕宋，或者至少不敢再胡乱收税，对海商们来说，简直就是天大的喜讯。
但南洋是五峰船主的势力范围，没有他发话，谁也不敢贸然相助，只能偷偷的卖给他们些武器药品……当然，这也跟西班牙人武器精良、战力强悍有关，大家都指望着，老船主能领个头，一起跟洋毛子决个高下。
可王直迟迟没有表态，因为他在等沈默的态度。他时常回想那次短暂的会面，那个当时还很年轻的大人，竟将几年后发生的事情，准确无误的预言出来——包括新兴的贸易航线，让王直赚得盆满钵满，再不用羡慕徐海那边。
如果换成是徐海，肯定早就招呼小弟去削西班牙人的脑壳了，但王直年纪大了，凡事求稳，他知道西班牙人有多强大，他们的舰队无敌于世界，他们的陆战队，也是无比的厉害。是不是要招惹这个强大的敌人，王直吃不准，他要先听听沈默的意思，还要看看朝廷如何反应，再决定如何行动……