伴随间谍一起行动的还有一批来自中华帝国的传统激进分子，他们便是帝国传统思想的奠基势力——儒教传教士。
自中华帝国成立以来，儒教依然霸占着帝国的国教地位，虽然有些思想家如李贽是前朝明后期的一位“异端”激进思想家，他指责儒家经典并非“万世之至论”，揭露道学某些规矩的虚伪，反对歧视妇女和压抑商人。可以说他成了中国反封建的思想先驱，他的思想在一定程度反映了资本主义萌芽时代的要求，带有部分民主性色彩。
不过，即便这样，依然无法触动儒教的主导地位。中华帝国成立后，广泛的民主自由缔造了无数思想家的崛起，在中华帝国形成了百家争鸣、百花齐放的春秋时代的先进思想格局。
帝国政府取缔了华人族群中的士农工商的等级划分，但森严的等级制度依然存在，只不过被压迫者变成了附属国和殖民地的人群。矛盾转移了，士农工阶层不在欺负国内的商人，将欺负对象转为除华裔之外的次等族群。这使得很多激进思想家将目标从国内转移国外，在主流儒教不可动摇的前提下，开始形成对外思想侵略模式。
帝国政府允许国民言论自由，当然是要付出代价的。在帝国建国之初，帝国政府承受了相当大的思想压力。
这其中就包括很多前朝明的死硬分子，如黄宗羲，他在明亡后，隐居著述，对封建君主专制制度进行激烈的批判，提倡“法治”反对“人治”，反对重农抑商，他的思想震动了当时的学术界，对中华帝国政府有一定的影响。因为当时帝国政府正在推行对农民的休养生息政策，对士工商阶层进行适当征税，让黄宗羲误解了帝国政府的苦衷。
再如顾炎武，从前朝明末期开始，他就强调“经世致用”的实际学问。主张把学术研究与解决社会问题结合起来，力图扭转明末不切实际的学风。著《天下郡国利病书》，他提倡“实学”的目的在于批判理学，反对君主专制政治，顾炎武的学风对中华帝国建国初期的一部分学者影响很大。
再就是王夫之，他是一位杰出的唯物主义思想家，他认为“气”是物质实体，“理”是客观规律。提出“气者，理之依也”和“天下惟器”的唯物主义观点。强烈批判朱熹的理学和王阳明的心学，他还提出“静即含动，动不舍静”，否定理学家主静的形而上学思想。在中华帝国建国之初，王夫之希望他的观点能够警示中华帝国政府，他用发展观点来看待历史，认为历史发展是有规律的，他提出在政治上要“趋时更新”，提醒中华帝国政府不要走前人老路。
这三人的思想影响了超过半数的学者，给刚刚建国的中华帝国带来了强烈的思想冲击，令帝国政府在建国最初的几年时间里，任何政策和法律法规都十分小心谨慎，如坐针毡。
起初，帝国政府官员们上奏，要求严惩这些激进分子。神武大帝邓浩楠开始也对自己推行国民言论自由而感到怀疑，但最终邓浩楠的理智告诉他，防民之口甚于防川，只有顺势利导才能将这股巨大的思想武器化为己用。
邓浩楠挺住了，凭借着自己在国民心目中的强大个人崇拜力量，顶住了来自这些激进思想家们的巨大的压力。
随着帝国政府推行休养生息政策取得了显著效果，皇帝在皇宫外立碑“永不加赋”的誓言博得了帝国国民们的拥护，也改变了黄宗羲对国朝的看法。
接着，邓浩楠在政治改革上推行内阁轮换制，建立上议院（皇室参议院、贵族众议院）和下议院（国民议院），将权力大部分下放帝国公民，允许公民参与国家大事。同时，作为监督国家公职人员的都察院、廉政公署、法院等机关的建立，使得帝国政治清明，官员廉洁奉公，这些举措令原本抨击君主专制的黄宗羲、顾炎武等激进分子改变了看法，转而拥护帝国政府。而全新面貌的中华帝国更是令王夫之等生怕帝国走前朝老路的思想家们拍手称快。
虽然前几年饱受他们的抨击，但是先苦后甜。邓浩楠带领他的政府，用实际行动改变了这些激进思想家们的态度和看法。
随着帝国殖民时代的开始，森严的等级制度将被压迫者转移到了非华裔的外族和殖民地次等人（奴隶）身上，帝国的思想家们也隧着帝国政府的步伐，将尖锐的矛头转移对外。
从神武十年开始，以黄宗羲、顾炎武和王夫之为首的激进分子开始论证新的思想理论，他们以儒教为基础，修改成国内和国外两种思想。国内为华族平等型，华裔士农工商一律平等，天子犯法与庶民同罪，这一点已经实现。国外为华族至上型，针对次等民族实行严格的士农工商等级制度。将儒教学说传播出去，期望打造大中华共荣圈。
神武十二年，帝国本土儒教学者同这些激进派思想家们联合起来，成立中华帝国儒教教派，对内推行改良后的儒家思想，对外推行加强版的儒教思想。
九月，由黄宗羲亲自率领的第一支儒教队伍，共计七十五人，开始在吕宋殖民地传教。他们在马尼拉将原本的西班牙人天主大教堂改为了儒教大教堂，并成立了孔子学院，借助吕宋殖民总督府的力量，强制、半强制的推行儒教思想。
紧随其后，中华帝国政府认为在军事侵略和经济侵略之后，如果加上思想文化侵略将会稳固殖民地统治。同时，中华帝国的儒教传教士也会把东方的理念传播到西方世界，增强中华帝国在欧洲国家当中的影响力。
于是，中华帝国政府成立儒教基金会，由帝国政府专项拨款，用于支持帝国的传教士们到全世界传播儒教学术，弘扬中华帝国的威名。
有了国家资金的帮助，帝国的儒教传教士队伍迅速膨胀，先挤兑欧洲在华的传教士，然后再走出国门，开始大规模的向西方思想界入侵。
事实上，中国古代文化对于世界文明的贡献，不是只有“四大发明”，以“四书”、“五经”为代表的政治文化，对于人类近代文明也有过积极的贡献。
早在前朝明，欧洲的耶稣会士历经千辛，沟通中西文化，把明朝当时的主体文化——儒学——程朱理学，用轮船运往欧洲，在那里曾经形成过100年的中国文化热，儒家思想与意大利文艺复兴以来所形成的欧洲新思想相结合，成为欧洲近代历史发展的主导精神——启蒙思想的一个重要思想渊源。
法国启蒙运动的领袖伏尔泰是中国儒学在欧洲最有力的鼓吹者，他和他的“百科全书派”把中国儒学，作为反对神权统治下欧洲君主政治的思想武器。程朱理学——新儒学，成为德国哲学家莱布尼茨，创立古典哲学的依据，并用以反对罗马教廷的启示神学。被称为“欧洲孔子”的魁奈，以儒学为依据，开创了近代欧洲政治经济学的新纪元，为英国古典政治经济学的形成与发展，奠定了理论基础。
100年来，西方列强用“西方中心论”的文化霸权主义，在中国人当中培植起一种殖民地的文化心理，对于自己民族的文化和历史，看不起也不愿看的“妄自菲薄”。它已经成为中国人心灵上一付沉重的精神枷锁，在世界文明之林中，一直挺不直自己民族文化的脊梁。
邓浩楠深知，现在不仅仅是战争决定东西方的谁来主导世界，没有硝烟的思想文化战争同样重要。如果中华帝国在思想战争上也胜利了，那么一切将会改变。欧洲人会鄙视他们自己的民族文化，狂热的崇拜中国文化。
邓浩楠希望这一切变成事实，他既然来到了这个世界，有机会改变这个世界，改变中国人的命运，那么就要改的彻底些。
神武十三年，邓浩楠批准了内阁提交的关于在欧洲各国建立孔子学院的计划。
此时，第一次世界大战刚刚结束没多久，欧洲各国都急于恢复本国经济。而中华帝国的强大是毋庸置疑的，他们需要得到来自中华帝国的经济援助和低息贷款来振兴本国经济，因此各国政府都欢迎中华帝国的教育者们（传教士）到他们国家建立孔子学院，进行学术交流。
第一座欧洲孔子学院在法国巴黎市中心塞纳河中心圣路易岛上，规模庞大，气势恢宏。
建于1180年的巴黎大学是法国最早的大学，欧洲的学校建筑是非常高的，像一排排倒立的铅笔排列在一起。
而孔子学院代表的是东方文化，因此按照中华帝国的传统四合院雕镂建筑。但欧洲的大学府比较高，给人以气势。为了让巴黎孔子学院打响名气，弘扬东方圣学，中华帝国政府斥资三百万银元，将孔子学院的四合院建筑加高到了五层，仿佛一座四方城堡一样。
学院占了圣路易岛三分之一的面积，是岛上最大的建筑，从塞纳河左右两岸远远的就可以看到孔子学院。
圣路易岛和旁边的斯德岛是法国巴黎市中心唯一的两座大型河心岛，岛上的建筑都十分奢华，全部都是法国皇室和王公贵族们的居住地。法国国王路易十三特别批准孔子学院建立在圣路易岛上，可见其对中华帝国的高度重视。
法国媒体也大篇幅头条报道了此事，宣称是中法两国进一步加深战略同盟关系的标志。
事实上，法国首相黎塞留并不赞成，但是面对来自中华帝国的低息贷款，以及希望得到中华帝国先进的军事装备，他不得不顺着国王的意思。
孔子学院立时一年才建成，按照规格，此时的孔子学院还不具备综合大学的水平，因为里面的教师（传教士）讲的都是中国文化知识。但是在法国国王路易十三的追捧下，他把年仅五岁的儿子（路易十四）直接送进了孔子学院学习，以此来讨好中华帝国，博得政治筹码。
国王的儿子进入孔子学院上学，使得法国政府不得不从巴黎大学抽调精干教师送入孔子学院学习，学成后便留在孔子学院，将来教习国王的儿子。而其他贵族们自然跟风了，加上学院就在家门口，于是纷纷将子女送入孔子学院学习。这样一来，法国政府直接规定，孔子学院成为和巴黎大学同等地位的法国最高学府，一时间轰动了法国，乃至整个欧洲，慕名前来入学的人不计其数，提高了孔子学院的影响力。
然而，好事不长，法国国王路易十三刚刚同中华帝国驻法国大使馆签署了第三批战后重建借款合同，得到了中华帝国欧洲银行的三千万银元的低息贷款。
nbsp;这位国王相当的高兴，突然兴起来到孔子学院视察儿子的学习情况。接着父子俩骑马在学院外的广场上遛弯，不料一名法国新教徒突然开枪射中了路易十三的坐骑。坐骑受惊，顿时狂奔，一下子冲进了塞纳河里。
法国卫队急忙救起了国王，并击毙了那名新教徒。路易十三没被淹死，但是塞纳河的脏水冲进了他的肺子里，法国宫廷医师未能全部清除脏水，导致路易十三肺部发炎，并与七天后驾崩。
法国大丧，年仅五岁的儿子继位，号路易十四。继位后的路易十四年幼，大权归母亲安娜和首相黎塞留把持，而他则继续在孔子学院学习。
年幼的路易十四深得中华帝国政府重视，孔子学院的教师们煞费苦心的教授他知识，用中华文化时刻影响着路易十四的身心。至于等到路易十四长大亲政后，会给法兰西王国带来什么影响，法国人一点警惕都没有，或许他们根本就没有意识到中华帝国在欧洲开设孔子学院的背后目的。
继法国巴黎孔子学院建立后，一股中国热迅速在欧洲传播开来。
此前欧洲各国对中华帝国的了解仅限于当年的马可波罗日记，以及最近的十年来中华帝国的对外殖民扩张。
事实上，中华文化在欧洲的传播还得感谢一个外国传教士，这就是利玛窦。
利玛窦于1601年，应明万历皇帝之诏住进了北京，直至1610年在北京逝世，他在中国传教历经艰辛，前后长达28年。利玛窦在华期间，用了很大的精力潜心研读儒家经典，李贽说利玛窦“凡我国书籍无不读，清明于四书性理者解其大义，又清明于六经疏义者通其解说，今尽能言我此间之言，作此间之文字，行此间之礼仪。”是一个“中极玲珑，外极朴实，”的“极标致”之人。
早先，利玛窦企图从这些经典中寻找“儒耶对话”的切入点，探讨用儒家思想论证基督教教义的可能性。利玛窦认为：“中国哲学家中最有名的是孔子。这位博学的伟大人物，诞生于基督纪元前551年，享年70余岁。他既以著作和授徒，又以自己的身教来激励他的人民追求道德。他的自制力和有节制的生活方式，使他的同胞断言他远比世界各国过去所有被认为是德高望重的人更为神圣”，“孔子是中国的圣哲之师”，因此，“中国有学问的人非常之尊敬他”。
利玛窦认为，《四书》、《五经》是为着国家未来的美好和发展而集道德教诫之大成，《四书》“是着眼于个人、家庭、及整个国家的道德行为，而在人类理性的光芒下对正当的道德活动加以指导”，《四书》“是所有想要成为学者的人必须背熟的书”。基于这种认识，他于1598年与人合作，完成了用拉丁文注释《四书》的工作，以帮助在华的传教士学习中文和了解中国文化。是他在16世纪的中叶，最早把儒家经典《四书》》译为西文。他把西方的近代科学技术思想传到中国，使中国人打开了眼界。同时他又把中国的主流文化——儒家思想传给了欧洲。
《利玛窦日记》第一次向欧洲全面介绍了中国的道德和宗教思想，欧洲人也是第一次从此书中知道中国圣人——孔子和中国文化的精粹——儒家经典。利玛窦是欧洲汉学家当之无愧的始祖，他对于欧洲的汉学研究作出了划时代的贡献。
由于有了这些的基础，中华帝国的儒教传教士们在欧洲没有碰墙，而是顺理成章的以传授学术的名义融入了欧洲世界里。
继巴黎孔子学院建成后，中华帝国的传教士们又在英国伦敦、荷兰海牙、意大利博洛尼亚、神圣罗马帝国海德堡、瑞典哥德堡，挪威摩尔根，以及俄罗斯帝国的圣彼得堡等地开设了孔子学院，向欧洲各个主要强国传授来自东方的思想。
同样，中华帝国在殖民地也积极推行儒教，到处建立孔子学院。孔子学院的校址大多数都是从之前的西班牙人教堂夺来的，形成孔子学院霸占驱逐天主教的态势。
与此同时，中华帝国儒教教派作为主导教派出征国门后，帝国国内的道教教派、佛教教派也安奈不住，纷纷上书朝廷，请求国家基金支持他们出国拉拢教徒。
对此，帝国政府自然是得意乐见，随后便成立了帝国专项基金会，扩大支持范围，将佛教、道教等一系列宗教教派划入帝国的思想侵略军，投入全世界。
除了支持正统佛教和道教外，帝国国民还有不少信奉其他教派的。有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义、仪轨颇多歧异，信奉的神极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤，还有最受崇奉的是弥勒佛等等。
最有意思的是，帝国境内还有相当一部分本来没有宗教信仰的人群，他们开始信奉神武大帝，尊神武大帝邓浩楠为神，创立神武教，也跑到帝国基金会申请资金。
对此，帝国皇帝的批复是，尊重国民意愿，宗教自由。
基金会上下官员只好无奈的苦笑一番，但在资金供给上，神武教却是领到了仅次于佛教和道教的发展资金。
当然，还有曾经被邓浩楠镇压下去的白莲教残余。这些教徒们已经无法在帝国立足，夺取皇帝江山的计划早就泡汤了，因此他们把目光瞄向了海外。
这些白莲教余孽，混入其他宗教当中，或者自己改个名字，从帝国政府那里领取相应的基金，到海外宣扬中国的宗教信仰。
帝国政府将所有申请自己的宗教势力进行统一管理，前面是帝国的殖民军队开路，然后便是这些宗教势力对殖民地奴隶进行宗教宣扬，做的好的教派，帝国政府将会继续拨付资金给他们，让他们帮助帝国进行殖民统治。做的不好的则减少资金，到最后停止发放资金。
一切都是以帝国利益为基准的，所有宗教自己扩大信徒的同时，必须服从帝国政府，否则便无法生存。
有意思的是，帝国的道教思想理念确实能够跟美洲印第安人的宗教信仰相互吸引。在所有派往美洲的教派当中，中国的道教令印第安人部落所接受。这样一来，帝国政府对美洲殖民地的统治和扩张不但减少了阻力，反而能够得到印第安人的帮助，势力范围显著扩大。
不过，随着帝国的这些传教士们深入美洲大陆，当抵达墨西哥殖民地大西洋沿岸时，不可避免的跟欧洲国家在大西洋沿岸的教派发生了冲突。双方思想的不同，导致中华帝国墨西哥殖民地东北部地区同欧洲国家的殖民地移民者不断进行摩擦，这给中华帝国政府同欧洲国家的关系蒙上了一层阴影。