使徒军团的海上防御堡垒中并没有大厅一类的地方，可能是这里没有社交活动存在，或者进行军事议会必要的原因。
黑龙号最终到达的地方，原先是一处用来培育生化兽的大型克隆工厂，临时被玛丽安娜清空了出来交由李墨阳作为驻扎地。
核子黑龙号将在这里进行生命树阵图的布设工作，玛丽安娜在与李墨阳匆匆交谈几句之后，便回去接着指挥外面的战斗。
埃蒙•沙利曼对李墨阳突入海上防御堡垒的行为感到不解，虽然不知道具体原因，但却隐约察觉到一种危险的气息弥漫。
他决定全力进攻使徒军团，以免夜长梦多。哪怕多消耗点兵力也没关系，只要能完全掌握这个C级晶壁，就能利用虫族的特殊手段，将之改造成完全受深渊尸章一族控制的Vajra高级虫领。
《EVA》世界虽然不是正常的C级晶壁，但也能让深渊尸章一足的势力大大增加，也许仅仅需要十几年的发展时间，部族的人口总量就能翻上十倍。
晶壁意识指挥着使徒军团全线防守，依仗海上防御堡垒的火力与大型A.T.力场护罩，将虫族拒之门外。
李墨阳正按照预先制定的计划，有条不紊地进行着生命树阵图的布设工作。
丰饶之树的第四属性被彻底激活，大片包裹着浓烈金光的根须从主控室的固定空间门接口中出伸出，快速蔓延攀爬，将整艘黑龙号缠绕成一枚巨大的藤球。
以这枚悬浮在空中的巨大藤球为核心，丰饶之树将庞大的根系伸展过来。在数分钟内，就将整个大型克隆工厂的空间布满。
7架EVA机体与两名剑之使徒也从传送门中走出，按照预先安排的位置，被连接在庞大的根系之上。
这‘十大原质’的连接颇有讲究，并非是每一个原质之间都有相连的路径，总共只有固定的22条，成为‘二十二径’。
第六原质位于生命树阵图最核心的位置，与其他九大原质都有沟通，具有生命之力汇集之处、向整个宇宙传输生命力的意义。
第六原质的功能与卡巴拉生命树各部分器官中的‘树芯’功能颇为相似，也许就是因为丰饶之树融合了完整的卡巴拉树芯的原因，这一处原质竟然成为了第一个被点亮的原质，让李墨阳颇为意外。
而位于这一位置的机体则是EVA-七号机，由绫波丽担任驾驶员。
开启第三次冲击需要将四柄钥匙齐聚，而莉莉丝的空白灵魂现在的身份是绫波丽……这项激活便只能交给她进行——除非剥夺了她的自主意识，也就是杀掉她，才能更换开启者。
但这么做毫无意义，补全计划的控制权并不在于是谁开启了第三次冲击，而在于是谁立于生命树阵图的顶点，第一原质‘王冠’之上。
在第六原质这个生命树阵图的核心被点亮之后，紧接着是第十原质『凡人之路』，这是位于阵图最下位的原质，是基础中的基础，是『物质的王国』。
然后是第九原质『前存的灵力』，再接着是第八原质与第七原质同时被点亮。从这一步开始，生命树阵图便分为『伟大之父』与『至高之母』左右两条路径，分别象征着‘智慧的不可控性’与‘生命本身的恩赐’两条进化线路。
这两条路径各自包括三个原质，除了分支开始的第七、第八原质之外，还需要经过第五原质‘爱’与第四原质‘理性’的转化，才能连接到第二原质『伟大之父』与第三原质『至高之母』，进而最终触摸处于至高位置的‘王冠’。
李墨阳此刻所构建的生命树阵图，就是按照这个顺序激活的。父神当年创造生命的顺序刚好相反，却是从生命的顶点让‘王冠’崩碎，一步步衍生出物质性的‘凡人’。
李墨阳示意绫波丽可以开始了，将被镇压于丰饶之树根系中的白色七目巨人、和亚当的退化胚胎双双送出，同时将他从渚薰的身体中抽取的灵魂‘果冻’也送到了绫波丽所在的第六原质位置。
亚当胚胎与莉莉丝的肉体，和作为莉莉丝空白灵魂的绫波丽，再加上已经被抹消了个人意志的渚薰灵魂……四柄钥匙之间立刻生出强烈的感应，金色的A.T.力场闪闪发光，然后快速向血色的光芒进行转化。
在这一瞬间，大量的知识与记忆从冥冥中传递到绫波丽的脑中，这是莉莉丝与亚当的远古意志被召唤而来。
李墨阳急忙将这庞大的远古意志接入御阪网络之中，同时使用英灵殿的精神防护力量，将其中的感情碎片剔除。
自从将御阪10086签入英灵殿之后，接连不断一个个突破了10点最低界限与李墨阳签订契约的御阪妹妹慢慢增加到600多人。
由于这个原因，御阪网络似乎有融合成为英灵殿一项新属性的趋势。李墨阳此时能利用御阪网络处理这些源自亚当、莉莉丝的远古记忆，与600多名妹妹的签约有很大关系。
这些知识十分珍贵，但亚当与莉莉丝远古意志的降临却并非恩赐，而是晶壁意识布下的陷阱。
如果毫无防备的接受这些知识，虽然不会出现被夺舍之类的严重后果，但却很容易被迷惑了心智，将效忠父神、努力将父神拯救出来、听从玛丽安娜的命令、保护《EVA》晶壁的安全…等思想，作为自己的人生目标。
亚当与莉莉丝两名始祖的远古意志虽然强大，但16阶的爱之英灵殿与20001名脑域开发者组成的御阪网络还算给力，将其中的心智影响效果剔除，仅仅收下了两部‘黑历史’的知识与记忆。
其中关于第三纪元一些事情的记述对李墨阳来说很新鲜，也很有用。说不定以后他就会碰到一些这个时期的古老遗迹、宝藏、书籍之类的东西，这些知识相当有收集的价值。
‘父神’陨落事件的前因后果与李墨阳先前猜测的八九不离十，确实是原始之恶•撒旦下的黑手。诱惑的莉莉丝窃取智慧果实的也确实是撒旦的七大死亡天使化身之一，名曰‘萨麦尔’的剧毒天使。
绫波丽向李墨阳提醒时机已到，李墨阳便控制着丰饶之树，将其中23700点的A.T.力场能量全数灌注进那枚由四柄钥匙融合，之后慢慢显出一丝丝血红色的光团当中。
血红的光团本来处于即将爆炸的边缘，但在注入了这些A.T.力场能量之后，反而再次进入了威力积蓄状态。
玛丽安娜在这一处使徒克隆工厂里，一直安装有监视设备。
当黑龙号突然变作巨大藤球的时候，她就注意到事态的发展似乎并非自己想象的那么简单。起码这家伙所使用的‘朗基努斯圣枪’的威力比被他从剧情中夺走的那一件，强大了5倍以上。
晶壁意识所掌管的‘朗基努斯圣枪’是当年父神的意志逃回来的时侯，所携带的卡巴拉生命树灵宝残片之一。其完整度只占到卡巴拉生命树根系总量的1/6，而李墨阳在锁妖塔中解封获得的一部分丰饶之树根系，却直接多了一倍的量有1/3的量。
两者相加便凑齐了卡巴拉生命树所有根系的50%，再加上与丰饶之树融合之后的增幅，能达到玛丽安娜印象中原版‘朗基努斯圣枪’威力的5倍，是很正常的一件事情。
如果说李墨阳通过什么不知名的手法让‘朗基努斯圣枪’的威力大增，这还只是让玛丽安娜觉得好奇。那么当大量的A.T.力场能量以特殊的方式被注入血红色能量球中，第三次冲击重新进入威力蓄积状态，则让玛丽安娜心口一阵发凉。
原来不仅能自己在算计着他（等着亚当与莉莉的远古意志降临，影响对方的心智），这头可恶的破界天魔，竟然也一直在算计着将自己和虫族一网打尽！
玛丽安娜虽然不知道对方到底是如何布置出完整版的生命树阵图，并增幅反A.T.力场冲击的威力，但从正处于蓄积状态的光球上她却能准确估计出这枚光球爆发之后的威力……
除了位于十大原质位置的EVA机体，整个战场上，估计也只有力天使•赛鲁尔、葬歌天使•伊拉斯菲儿、超级王巢母舰以及23艘进阶王巢母舰（被黑龙号突入的时候干掉一艘）可以能幸免于难。
位于第三次冲击核心位置的海上防御堡垒，其A.T.力场强度虽然比天使级使徒还要强大，但由于反A.T.力场冲击源自体内的原因，估计要悲剧。
这座巨型生体防御堡垒的A.T.力场总量虽然巨大，但却没有进阶12阶天使级境界。
玛丽安娜此刻杀了李墨阳的心都有了，不过一时间却也没有办法干掉这头该死的破界天魔也是事实。
十几秒的酝酿之后，红色的光球轰然爆开，一座超巨大的血红色光质十字架耸立而起，其顶端已经突破了高层大气。
庞大的反A.T.力场冲击以此为中心，如同核爆的冲击波一般，汹涌地向全球各个方向冲击而去，几个呼吸间就覆盖了小半个地球，并且继续高速向远方传播。