亚齐是印尼天然资源蕴藏量最丰富的省份之一，盛产石油、天然气、橡胶、金矿、银矿和木材。
亚齐是伊斯兰教输入印尼时最早到达的地区，也是印尼最笃信伊斯兰教的地区。
16世纪初，亚齐建立了伊斯兰教政权，并在17世纪初发展成为印尼群岛西部地区最强大的、最富饶的和文化最发达的苏丹王国。
在殖民主义者入侵以前，亚齐王国已经进入封建社会，形成了以乌略巴朗为代表的世俗力量和以乌里玛为代表的伊斯兰教势力共同管理亚齐事务的局面。
西方殖民者入侵印尼后，一直未能征服亚齐地区。
1871年荷兰与英国签订《苏门答腊条约》，荷兰加紧向苏门答腊扩张，开始向亚齐发动殖民战争。
从1873年到1903年，荷兰殖民者经过3次亚齐战争后，才在该地区建立了殖民统治。
在战争中，乌里玛领导穆斯林进行反对异教徒的圣战，使荷兰殖民者耗资巨大，统治艰难。
因此，荷兰在亚齐力图通过扶持乌略巴朗的传统世俗权力和推行世俗教育，以削弱伊斯兰教的影响。这激化了乌略巴朗和乌里玛之间的矛盾，也直接影响到战后亚齐社会结构的变化。
二战期间，随着荷兰殖民者撤离亚齐，乌略巴朗的统治地位受到了削弱。
在40年代乌略巴朗与乌里玛发生了尖锐的冲突，最终乌里玛取得了胜利，在亚齐树立了牢固的统治，伊斯兰教成为该地区单一的思想意识。
从亚齐与印尼其他地区的关系来看，在20世纪上半期的印尼民族解放运动中，亚齐积极参与并做出了重要的贡献。
但自从印尼共和国建立以来，亚齐地区与中央的关系长期处于不稳定状态。
50年代初期，亚齐参加了伊斯兰教国运动，是当时地方叛乱活动较为严重的地区之一。
进入苏哈托统治时期，亚齐地区的分离运动时断时续，并在以后进一步扩大化，成为影响印尼国内政治稳定和东南亚地区安全的重要问题之一，日益引起国际社会的关注。
苏卡诺总统从上台后，以军人力量为基础，实行中央集权统治，对外岛各地区的政治和经济采取严密的控制，实行一种倾斜性的经济政策，注重对中部和西部部分地区的发展，造成亚齐、廖内、伊里安查亚等外岛地区经济发展缓慢，长期停滞不前。
在这种背景下，哈桑－迪罗从美国返回亚齐，发表独立宣言，成立自由亚齐运动组织，宣布为捍卫亚齐的独立和自由而奋斗。
1956年，由于行动计划被泄露，自由亚齐运动被迫转入丛林，开始武装斗争。
这次分离运动只有不到200人直接参与，主要的活动形式是散发传单，并有零星的暴力活动，以致于当地人民把他们等同于有武装的土匪。
尽管如此，印尼政府还是迅速采取军事行动，开始镇压了自由亚齐运动，而哈桑－迪罗则流亡到瑞典。
虽然自由亚齐运动暂时被镇压下去，但是促使亚齐分离运动出现的社会、政治和经济条件并没有消失，随着印尼的经济建设，地区发展的差距不断扩大，亚齐与中央的矛盾日益尖锐。
经历了第一次失败后，自由亚齐运动的一些成员留在亚齐的丛林中活动，另一部分成员则在利比亚等国接受军事训练。
1957年的前半期，自由亚齐运动重新兴起，遍及大亚齐、中亚齐、北亚齐、东亚齐和比地亚，在后三个县城中尤其活跃。
据印尼军方称，自由亚齐运动的游击队成员的数目很难确定，似乎遍及亚齐的每个角落。
通过分析可以看到，自由亚齐运动主要以军事斗争为主，其组织力量相对薄弱，直接参加武装斗争的人数较少，斗争规模较小。
虽然一些成员在国外接受了军事训练，武装力量有所增强，并占据了亚齐地区的一些边远村庄。但总体上看，自由亚齐运动与印尼政府的军事力量对比悬殊。
其次，自由亚齐运动在亚齐社会产生了一定的影响，但总的来看，社会支持不足。
哈桑－迪罗试图得到国外援助，忽视当地的社会力量。
据说，哈桑－迪罗在回到印尼之初，会见了包括50年代亚齐地方叛乱首领达乌德－贝鲁在内的一些当地的乌里玛，试图获得他们的支持。
但是由于他把希望更多得寄托于西方国家的援助，担心明确表示建立伊斯兰教政权会引起西方的偏见，所以没有接受达乌德－贝鲁建立伊斯兰教政权的建议，致使后者拒绝动员广大群众参加自由亚齐运动。
随后，自由亚齐运动规模和影响日益发展，得到了社会各阶层不同程度的支持，如知识分子、失业工人和贫苦的农民。
这是一方面是由于其明确主张建立一个伊斯兰教政权，符合亚齐当地乌里玛的愿望，对民众有更大号召力。
另一方面，由于当地的经济、文化等方面落后，使亚齐社会对中央十分不满，为了本地区的发展，分离思想已经开始出现在当地官僚、公众领袖和民众中，因此自由亚齐运动的主张有一定的号召力。
尽管如此，这一时期独立主张并不符合亚齐社会各阶层的意愿，当地群众并没有统一的独立意愿，而是处于模棱两可的状态，他们既同情自由亚齐运动，但又不认为独立是解决问题的最终途径。
他们对中央政府抱有希望，试图通过斗争获得地方自主权。所以，在这个阶段，自由亚齐运动的力量得到了一定的发展，但其独立主张并没有被多数亚齐人认同，在当地的影响也是有限的。
而苏哈托政权对亚齐采取的政策始终是以政治和经济上的严密控制、军事上的镇压为主。
具体表现为：
一、对亚齐采取严密的控制措施。虽然苏加诺政府给予亚齐特别行政区地位，规定亚齐在政治、经济、文化宗教等事务上拥有相对自主的管理权，但到苏哈托政府时期这些规定却形同虚设。
苏哈托总统上台后，强调稳定与发展，在政治上，稳定表现为通过建立完全的军人统治，依靠武装部队控制国家，实行总统——执政的专业集团——军人三位一体式的统治体制。
在地方行政机构中，任命大批军官担任从省长、县长直到乡长的各级行政首长，剥夺地方的自主权。
在经济上，发展表现为，将大批的在职和退休的军官安插在重要的经济部门，控制地区的经济生产。
同时地方收入绝大部分上缴中央，中央在分配过程中对少数地区实行严重的政策倾斜。
后来，北亚齐地区发现大量的天然气，并于转年开始生产，然而这并没有给亚齐当地的经济与社会发展带来任何益处。
天然气的收益直接归为中央，而亚齐当地人民本来期望随着工业的发展会出现更多的就业机会，但这些职位大多被从爪哇的移民所占有。
繁荣的工业区与亚齐其他落后的农业地带、爪哇人的高收入与亚齐本地人民的贫困生活形成了鲜明的对比，地区对中央、民族间的不满情绪日益增加，社会各阶层提出不同的建议以促使当地的经济与社会发展。
而自由亚齐运动为代表的独立主张就是这种不满情绪的极端表现。
印尼中央政权对亚齐自由运动采取坚决的军事镇压，对于亚齐地区的分离主义运动，以军人为基础的苏哈托政权采取两手政策。
一方面在亚齐修建公路，从政治上抚慰多数亚齐人，但并没有从采取真正有效的措施发展亚齐当地的经济。
另一方面对自由亚齐运动采取坚决的军事镇压。
在政治和经济方面的政策失误是亚齐分离运动产生的根源，而军事方面的高压政策并没有消除亚齐地区的分离倾向，反而使该问题积重难返。
尤其是印尼军人在亚齐建立军事占领区，准备对亚齐进行长时间的军事统治。
据报道，这期间，军队滥用职权，从恐吓到绑架、从强奸到屠杀，严重践踏了人权，大约有2000多平民因为被怀疑与自由亚齐运动有联系而被杀，许多人被逮捕、审讯。
军事行动没有把自由亚齐运动彻底消灭，反而殃及无辜平民，使整个亚齐处于深重的民族灾难和仇恨中，中央与地方矛盾、尤其是民族矛盾被大大激化。
这对亚齐当地的分离倾向产生的推动力远远大于自由亚齐运动的号召力和影响力，可以说这是分离运动全民化的重要转折点。
在这种情况下，亚齐当地的媒体上陆续出现了揭露军人暴行的报道，而且一石激起千层浪，亚齐当地社会要求撤军、对军人暴行进行审判和对受害者的补偿的呼声日益高涨。
由于正值印尼处于南华联邦共和国的进攻时期，印尼中央政府无法迅速地做出回应，致使亚齐局势日益动荡。