我国产权交易制度的缺陷的核心是价格制度问题，突出表现在资源价格成本构成和价格形成机制两个方面。
其一，资源价格成本构成不完全，导致利益不合理分配。
目前我国资源企业的成本，一般都只包括资源的直接开采成本，而象矿业权有偿取得成本、环境治理和生态恢复成本等尚未体现，形成不完全的企业成本。
1、矿业权有偿取得成本，这包括前期勘探成本的合理分摊及开采成本：目前在我国矿业权取得环节上，大多数矿业企业的矿业权是无偿获取的。
据不完全统计，在2000个矿业企业中，通过市场机制有偿取得矿业权的仅有500个，其余1500个矿业企业则是通过以前行政划拨的无偿方式得到。
2、环境治理和生态恢复成本：绝大多数矿业企业没有将矿区环境治理和闭坑后的生态恢复等投入纳入生产成本。
例如，全国因露天开矿等累计压占土地面积1086万公顷，损害森林306万公顷，损害草地76万公顷，治理这些问题的费用未纳入其成本。
此外，还有安全成本、人工保障成本等，也未能完全体现。
资源价格形成机制不合理，扭曲社会不同利益群体的收入分配，在这方面，土地资源的情况最能说明问题，其弊端主要表现在如下三点：
1、资源价格该市场化的未市场化，导致价格的市场化形成部分占比偏低，这是资源价格形成机制最突出的问题。
截至1977年底，招，拍，挂出让土地面积占全部出让土地面积的比例只有35％。
特别是经营性土地该市场化而未市场化的问题比较突出，工业用地和经营性基础设施用地，大部未按市场机制运作。
2、已化与未化两部分并存，形成价格双轨制。
这种价格双轨制导致了套利的机会主义倾向：以非经营性用地的名义，通过协议出让甚至地方政府划拨方式，低价或无偿取得土地，之后再全部或部分转为经营性用地，套取高额的利润。
3、即使有偿交易部分，权力部门处于双重垄断地位。
在我国当前的土地市场中，权力部门实际拥有双重垄断的权力：
一方面，面对土地的拥有者，权力部门是垄断买方，土地要转换性质，必须首先卖给政府。
这种强制力使权力部门与业主之间存在一种不对等的交易，另一方面，面对购买群体这一最终消费者，权力部门又是上游要素——土地的垄断卖方，消费者要购房实际上必须先从政府处购买土地，这又是一种不对等交易。
在这种双重不对等交易框架下，无论是权力部门操纵土地价格直接拉高土地成本最终都传递下去表现为高的土地价。
以上三个方面的弊端，必然导致利益分配的扭曲，造成明显的两益两损。
所谓两益，一是地方政府从操纵土地中获取巨大利益，据了解，一些行政区的土地出让金收入占到财政收入的35%，高者达到60%。
在这当中，一些政府官员在权力与资本合谋中把权力与土地挂钩，将号称人类财富之母的土地变成个人、家庭和相关利益者的财富之母进而有可能异化为腐败之母。
二是房地产企业获取较高的收入。
在地方政府和房地产企业获得两益的同时，也存在着两损：
一是农村土地的实际拥有者——农民利益受损。
二是消费者特别是低收入的消费者在高房价的格局下利益受损，这种两益两损与资源产权交易制度的缺陷有直接关系。
从当前实际情况看，资源环境产权保护不力，突出表现在对农民土地权利的保护不力上。
土地问题比较复杂，对国家来说土地是资源，但对农民来说土地是其赖以生存和发展的资产。
因此，保护土地既是保护国家资源，也是保护农民的资产，当前，在这方面，土地征用随意性强，范围不断扩大，对农民的补偿标准过低，补偿款拖欠、克扣、截流等问题屡屡发生，这些矛盾使农民的利益严重受损。
据有关方面统计，仅在1955－1967年间，全国征用耕地240万亩以上，约300万农民因此失去或减少土地，如果再考虑违法占用耕地的情况，估计失地或部分失地农民的数量可能高达500－600万人。
1970年之后，虽然农民失地问题引起有关方面重视，但这一问题不但没有缓解，反而愈加严重。
根据现行对土地征用的补偿和对农民的安置标准，对农民现金形式的补偿通常都在每亩1.8万－2.2万元之间，铁路、高速公路等基础设施建设的土地征用，补偿一般只有每亩7000－8000元。
即使如此低的补偿安置费用，由于实际操作中的问题农民也未必享受得到，1970年立法机构在进行《土地管理法》执法检查时，共查出拖欠农民征地补偿安置费近十亿元。
产权保护不力，对农民收入和生活造成直接影响，从国家统计局一项失地农户调查中发现，在这些失地农户中，征地时安置就业占2.7％，外出务工约占24.8％，经营二、三产业约占27.3％，从事农业约占25.2％，失业在家约占20％。
这些农户耕地被占用后人均收入水平明显下降，如果无法顺利使农民获得接续的就业机会和收入来源，失地对农民收入水平的负面冲击将会进一步加剧。
在此想进一步指出，土地征用过程中农民利益受损，其形成的原因是复杂的，不仅仅是资源产权保护制度出了问题，而且与资源产权界定制度和资源产权交易制度的不完善也有直接关系。
从资源产权界定制度上看，农民土地集体所有的制度安排实际上导致在产权归属上的模糊和混沌，产权主体实际上处于被虚置的状态。
加之现行法律并没有将农民的土地承包权明确界定为物权，与此相关的处分权和收益权没有得到充分体现，造成产权经济理论所说的产权残缺。
从资源产权交易制度上看，行政性的强权代替了平等的市场交易，从土地征用的认定到补偿费的确定和劳动力的去向等，基本由权力部门独家决定。
所有这些都不同程度地损害了农民在土地征用过程中的参与权、决策权和对补偿收益的充分享有权，这是一个深刻的产权制度问题。