洪荒时期，生存的环境还是极其危险的。变幻莫测的天气，毒虫猛兽，无一不在威胁着人族的生存。神农看着族人们不断的被病痛侵扰，看着族人们不断的用生命来判别各种动植物是否可以食用，是不是有毒，能不能加以利用。
生病的族人往往就意味着生命的消逝，每一种毒物，往往都要付出几条人命或者更多。神农为了自己的族人，开始继五谷之后，做出的第二件造福洪荒的大事，神农决定亲自尝百草，验百兽。
神农将部落之事安排好之后便出门向大山深处行去，一路之上但凡见到以前未曾见过的草木便用了真所给的神鞭赭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。一天神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，神农用赭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久，就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，连忙用功将毒性化解，一会神农起身擦了一下头上的汗说道：“幸好老师毒之法则领悟高深，不仅传我丹道还传我毒之法则，不然就会死在这里了，一定要将这种草记下来告诉族民，以免族民误食而丧命。这种草吃下去肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，就叫‘断肠草’吧”。
因为尝百草，神农时时刻刻把自己至于危险之中，《纲鉴易知录》曾有记载：“民有疾，未知药石，炎帝始草木之滋，察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，尝一口而遇七十毒，神而化之，遂作文书上以疗民疾而医道自此始矣。”可见神农当时的情形是多么的危险。经过数十年的辩尝发现甘草可以治疗咳嗽，大黄可以治疗便秘，黄莲可以消肿等等。
神农继续尝百草，将洪荒常见之物，不常见之物一一写进书中。神农写完药经后，开始研究药理为人族治病。人族中人何其之多，那些病症虽无后世那么多，可每日前来看病求医的也不少，神农一边为人族看病，一边研究治病之法写在药经之上。神农也将这药经传授给人族，让人们知道万物的药性与作用。一些人在神农那里学到不少医理，便开始学神农在人族四方走动，为人治病。这些就是最早的游方郎中。
神农在人族治病多年，研究无数尸体写下人体经脉穴道全图，在研究经脉穴位之时而且还把人体研究个透彻，也一并写在书上留于后人学习。本来这人体全图，现在还没人敢研究的，毕竟这是对死人不敬的。那神农身为人族共主，为了人族研究医理，人族自然感激还来不及，倒不会阻止神农此举，倒有不少人前来献身帮助神农研究。
神农在位研究医理花去百多年,终是写成一书，名为《神农百草经》，此书一成天地震动。当这本书写完的时候神农忽然感觉心中空灵一片，心想自己大道已成，所剩的便是传授这丹道之术以及找寻下一代人族共主接班人了。
却说这玉虚宫中的元始天尊，一早就在打人族的主意，上次让广成子去收神农为徒就是算出神农乃是天地人三皇中的地皇，结果黄花道人走了个先手，先一步收下神农，广成子只好退去，可元始心中可没放下啊，这次，他早早的，就让广成子下界在洪荒中找寻轩辕部落的下落。
在大地西北方的姬水河畔,有一个人族的中型部落，名叫有熊，依靠在姬水附近，君主名曰少典氏。他是伏羲帝直系的第十世孙，娶有硚氏之女附宝为妻。
有一天晚上，附宝见一道电光环绕着北斗枢星，天枢之处忽然白光闪耀，照得四野通明。附宝受到感应怀孕了，怀孕三年而生，在寿丘生下一个儿子，取名公孙轩辕。轩辕一生下来，就显得异常的神灵。生下没多久，便能说话，且力大无比，五岁便能猎熊，族人皆异之，少典见轩辕聪颖敏慧，骁勇神武，心中甚喜，便下令将有熊部落改名为轩辕部落。
这广成子得了元始天尊之令，下界来寻找下代人皇，元始曾言人皇将出生于轩辕部落当中，可广成子找了很久皆没有找到轩辕部落，这一日，广成子来到姬水河畔，见一部落中人皆欢喜无比，一问之下，正是有熊部落更名为轩辕部落，又得知部落首领少典之子，怀孕三年而生，取名公孙轩辕，聪慧异常，广成子心道此子定是下代人皇，遂赶往轩辕部落中。
少典听闻有修士到来，不敢怠慢，放下孩子，急急忙忙迎了出来。迎到部落的门口，少典看见一个道人，手持拂尘，面如白玉，颚下三黑髯，真是有道的神仙中人。少典不敢怠慢急忙施礼。这道人回礼道，“贫道乃是玉清圣人元始天尊门下，九宫山练气士广成子是也，今特来收令子为徒的。族长不必客气。”
少典一听是圣人门下收自己儿子为徒，当下欣然应允，又召集部落中人，为轩辕举行拜师之礼，这正合了广成子的虚荣心。
广成子便在轩辕部落住下，尽心尽力教导轩辕，只是他多居于山中修炼，对于修仙炼道或许还在行，但对于民事生产便不怎么清楚了。如今轩辕部落尚武之风盛行，广成子于武艺之道倒是颇知一二，无奈之下便在那煽风点火，对少典轩辕大言洪荒以武为尊，习武之好处。少典凡夫，如何懂得这些，那轩辕年纪尚幼，却是慢慢的被广成子所感化。
轩辕九岁那年，少典去世，轩辕继任轩辕部落首领，由于多年来跟着那不会人族民事的广成子，轩辕也没学到些关于如何治理部落的本领，此时少典逝去，自己无奈之下接手人族，却也对这处理政事方面颇为烦恼，不知如何下手。问及广成子吧，广成子只道自己只修道德仙法，不知此事，问的多了，广成子都不好意思再见轩辕了，便推说自己在闭关，连面儿都不见了。
广成子心想自己闭关不见轩辕终不是长久之计，可自己又不会什么民事，便出关欲去求见元始，希望可以从元始手中得到什么解决的办法。
没成想，广成子这一出来，一看，轩辕部落发展的繁荣欣茂，族人生活富裕，心下道轩辕终究是天定人皇，自然有才能将部落治理好，心下高兴，也不用去麻烦元始了。却说这神农正在找寻下一任人皇呢，听闻轩辕之名后，派人去请来轩辕，他要亲自跟轩辕谈谈。轩辕得知神农要见他，当下十分高兴，欣然而往。
神农见了轩辕，见他生的俊面丰朗，也是心中一喜，道：“闻轩辕部落出了一位大贤，吾心甚喜。特遣人请来一见，今日一见之下，果然如此。”轩辕亦道：“我久闻共主种五谷而饱天下，养六畜而兴天下，开流通而富天下，制丹药而医天下，那是洪荒继天皇伏羲之后的大贤，心中向往已久，今日和尝所愿，心下甚欢。”
神农与轩辕就此坐下，互称兄弟，两人都是天定三皇之一，自是聊得投机畅怀。神农问轩辕一些关于民生管理之事，轩辕也是对答如流，侃侃而谈。当下，神农对轩辕表示了退位让贤之意，轩辕也不推辞，便决定于三日后举行接位大典……