却说神农在接任伏羲成为人皇之后，便开始在整个人族推广耕作之术，神农氏教民种五谷后，并不单单靠天而收，还教民打井汲水，对农作物进行灌溉。同时，他还发明了陶器，解决了人类的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。
农业的出现，人类的劳动果实已有剩余，这时，神农氏设立集市，让大家把吃不完，用不了的食物和东西，每天中午拿到集市上去交换，从而出现了原始的商品交易。还治麻为布，使民着衣裳。更削木为弓，以威天下。
神农管理部落，治理天下很有方法。他不望其报，不贪天下之财，而天下共富之。智贵于人，天下共尊之。他以德以义，不赏而民勤，不罚而邪正，不忿争而财足，无制令而民从，威厉而不杀，法省而不烦，人民无不敬戴。
此时人们不知山林中的植物并不是所有的都能吃，而有些是有毒的，人民常有被毒死的，神农不忍便聊走遍天下，尝遍百草」人们知道什么能吃，什么不能吃，那些吃了有害，而那些吃了有益，神农熄决心后便离开部落在洪荒各地游荡，以图尝遍百草。
如此数年时间神农找出了许多可以食用的植物，也多次中毒，最多的时候曾一日中了七十次毒，虽然每次都靠着自己强健的身体和丰富的药草知识挺了过去，但是毒物已然将他的身体弄跨，而且毒素也潜伏在了他的身体里面，已经无法在经受毒药的侵袭。
神农知道这样下去不行，倒不是他怕死，而是他的事情没完成，于是神农想来想去恐怕只有伏羲口中说的那个神通广大的人祖道玄才能帮自己，想到道玄后神农决定前往了蓬莱岛。
却说神农到了蓬莱岛之后道玄问：“人皇来我这岛上所谓何事啊？”
神农道：“山林中的植物并不是所有的都能吃，而有些是有毒的，不少百姓常吃到有毒食物被毒死，我不忍便看此惨枢次发生，因此聊走遍天下，尝遍百草」人们知道什么能吃，什么不能吃，那些吃了有害，而那些吃了有益，可是我才走了数年就带了一身毒素，命不久矣，我倒是不怕死，可惜我的事情还没完成，还望老祖慈悲，就弟子一命，好让弟子完成未完之事。”
道玄道：“我这倒是有些丹药，也能解你的毒，可是你这样不断的适药，不断的中毒，总有一日会碰上解救不及的毒啊！我能救你一次却不能永远都救得了你，可是你有如此大志我却不能阻你，却是有些难办。”
正在这时一个声音道：“这个好办，交给我吧！”然后从后面走出一人，却是云中子。
云中子正好在道玄这里做客，主要是他感觉最近炼制法宝缺乏灵感，于是来拜访道玄，希望道玄的奇思妙想能对自己有所帮助。道玄也不愧云中子看重的人，构思时一个接一个，云中子这些日子却是在道玄的岛上炼法宝忙得不可开交，今日又炼成一宝，拿来给道玄看，刚好听到道玄跟神农的谈话，于是忍不住跳了出来。
道玄知道云中子的脑袋有些古怪，而且研究出了不少秘法，或许真有办法也说不定于是就问：“你有什么办法？”
云中子道：“前些日子我得了些先天水晶之精，这水晶却是最能隔离毒素，我只要用这水晶将他的肚子给改造了，他以后却是不畏惧任何毒素了，而且还能辨别毒素的强弱，我还能将他的肚子分两半，让他一半放无毒的，一半放有毒的，以后回去也方面交受他人认识这些植物。”
道玄看云中子不狼改造狂人，后世改造了雷震子这么个怪物出来，仙子却是一开口就是要将神农给改造了，觉得这样改造了神农却是不好，正要阻止，神农却道：“好办法，有劳仙长了。”
云中子看到有人送上门来让自己试验，二话不说就免费并倒贴先天水晶之精华帮神农改造身体了。不一会神农就挺着个水晶肚出来。然后两人拿毒物来适应，发现毒物果然不能侵，正高兴，道玄却道：“你有这么个肚子，虽然能辨别毒素的强弱，可是有些毒物有没有毒却也分不出来了。”
神农和云中子才发觉这个问题，可云中子这时候却反应特快，拿出一根木头道：“罢了，这乙木之英我一直舍不得用，今日跟这人皇有缘，就用他来炼制一神鞭助人皇吧。”说完就开始炼制。
四十九日后，云中子将练好之神鞭交给神农道：“此乃我用乙木之英所炼成的宝物，可辨识万千草木，只要用此鞭打过便可知这种植物有毒无毒，却是方便你辨别百草，但是此物只可辨别草木有毒无毒，却无法辨别出毒性之强烈，你要想知道毒性还得自己试验，你有我给你安的肚子却是不怕，两样相合你之志必成。
神农道：“我若能做成这件事，天下百姓不受病痛之苦，全是仙长功劳。”云中子却豪不在意，他不知道，却因为这番作为他分了神农的部分功德，气云高涨，成了一福德之仙，后来封神阐教十二金仙之中就他一人无损。
神农离开蓬莱岛，到了洪荒大陆后就向大山深处行去，一路之上但凡见到以前未曾见过的草木便用广成子所炼制的神鞭赭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐」之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。一天神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，神农用赭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久，就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，连忙用功将毒性化解，一会神农起身擦了一下头上的汗说道：“幸好有那仙长为我改造过肚子，虽然痛苦依旧存在，但是却是能以免族民误食而丧命。这种草吃下去肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，就叫”断肠草“吧。经过数十年的辩尝发现甘草可以治疗咳嗽，大黄可以治疗便秘，黄莲可以消肿等等。经过数十年的辩尝，神农终于几乎将所有的草木都尝遍了，还写下了一本书《神农本草经》，《神农本草经》阐述了药物的三品分类及其性能意义，药物的君臣佐使及在方剂配伍中的地位和作用，药物的阴阳配合、七情合和、四气（寒热温凉）五味（辛甘酸苦咸）、有毒无毒，药物的采造，药物的煎煮法，药物与病证的关系等等。当这本书写完的时候天上降下功德落于神农身上，同时也有一团功德降下落于云中子身上。