祖海最初也是辽东祖家军的成员之一，跟祖宽、祖克勇等人一样曾是祖大寿的部下，关宁铁骑的骨干将领之一，最初他们都离属于袁崇焕。
袁崇焕被凌迟处死之后，祖海投靠了权倾朝野的马士英父子，成为锦衣卫都指挥使马銮的死党，马士英在朝内有锦衣卫给他撑腰，在朝外江北四镇总兵均受他节制，因此马家父子成为当时最有实权的党派之一，又拉拢阮大铖，连东林党也惹不起他，严重威胁到朱由崧的皇权，加又以拥立之功自居的马士英常常以兵威殿面君。咄咄逼人的态势令那个朱由崧得看着马家父子的脸色说话。
正这个时候，朱由崧穿越过来了。
朱由崧刚刚穿越过来的时候，首先的目标是清洗厂卫，首先收拾的是位高威胁到皇权的马士英和马銮父子。
朱由崧急诏郑鸿逵，并让他在锦衣卫任要职，仅次于锦衣卫都指挥使马銮，祖海先是郑鸿逵的部下，却仗着马銮的势力处处压制郑鸿逵，直到郑鸿逵忍无可忍，因为一个大礼寺卿李沾，两个人大打出手。
朱由崧深夜及时赶到，以初步的武力制住了祖海，祖海认为这次必然大祸临头，不说祸灭九族，至少脑袋保不住了，但是没想到朱由崧赦免了他，仍然委以重任。
祖海感念皇恩，从那以后，祖海死心塌地的保了朱由崧，帮助朱由崧设计除掉了马銮和马士英，立下了汗马功劳。
朱由崧牢牢地把锦衣卫抓在手，这支枪杆子成为他穿越过来的第一桶金。
也是因为有了这一支枪杆子，才使他稳定京师，剿灭奸党，外出收拾四镇军阀成为可能。
朱由崧恩威并用，也没亏待这位时任锦衣卫都指俭事的祖海，擢升郑鸿逵为锦衣卫的都指挥使，升祖海为锦衣卫的都指挥同知，郑鸿逵不在锦衣卫任职之后，朱由崧又擢升祖海为锦衣卫的一把手——锦衣卫都指挥使，掌管着整个锦衣卫，连位高权重的李全也屈居在他之下。
祖海更加感念龙恩浩荡，对朱由崧忠心耿耿，特别是朱由崧御驾亲征这一年多的时间里，他在京师一天也没有懈怠，指挥着锦衣卫对武百官时刻监视，使得朱由崧长期不在京师，但京师秩序仍然井然，下至黎民百姓，至武百官，没有一个敢妄议朝政，对朱由崧不利的。
朱由崧收拾完了四镇军阀，又将满清鞑子驱赶到了关外，又把京师从南京迁到了北京，重新登基坐殿，北京的局势刚刚稳定，祖海作为朱由崧的第一禁军的一把手，对朱由崧更加赤胆忠心，他和李全配合默契，武百官，黎民百姓，三教九流，五行八作，无不在厂卫的监视之下。
郑芝龙造反的消息传到北京，祖海首先替他的陛下想到了郑家在京城的势力，不只是郑鸿逵，郑成功和郑彩，还有这个自己的得力助手、锦衣卫的二把手、东厂的掌刑千户李全。
祖海怀疑李全没有半点私人恩怨，主要是李全曾是郑鸿逵的心腹爱将，郑鸿逵奉旨镇守镇江的时候，李全是他的亲兵卫队长，如果再往前追溯，李全的老家在福建，也是郑家军的将领之一，跟郑芝龙郑鸿逵等人一道出身海盗。
现在郑芝龙造反了，对朝廷威胁最大的显然不是郑芝龙和唐王朱聿键在福建和广东的势力，而是京师以郑鸿逵为首的几个姓郑的，当然包括这个李全，郑鸿逵，郑成功，郑彩，李全，这四人组合实力太大了，手握重兵，权倾朝野，一旦他们四个策动手下发动哗变，京师必然有一场血战，后果不堪设想。
祖海曾被这李全暗向朱由崧建议，先夺了这四个人的兵权，把他们控制起来，但朱由崧同样是付之一笑，不置可否。
没有皇爷的指令，祖海当然不敢擅自行动，但是在锦衣卫干了这么长时间的祖海，当然有经验，那是派出心腹的锦衣卫时刻监视这四个人的一举一动。
郑彩进了郑鸿逵和郑成功的府宅，祖海立即得到了报告，后来郑彩出了郑鸿逵的府，郑鸿逵和郑成功又带着几千兵马出动了，这一切都没逃过祖海的眼睛。
祖海认为郑鸿逵、郑成功和郑彩蓄谋好了，开始行动了。他做好一切准备的情况下必须得第一时间奏报朱由崧，得到旨意之后，该抓的抓，该杀的杀。
李全此时要走，祖海认为是李全的脱身之计，因此这才命令手下对李全出手。
很快李全儿被自己的手下绑了。
“大人，你竟然怀疑属下对陛下不忠？”李全显然没有想到。
“知人知面不知心，画龙画虎难画骨，阁下曾经是郑芝龙和郑鸿逵的心腹爱将，现在他们郑家扯旗造反了，干我们这一行的，你应该知道，本指挥使怀疑你绝非多余。”
“但是大人，属下冤枉。”李全点头，认为祖海说的有理，但是仍然喊冤。
李全不但自己喊冤，他还替它的旧主人郑鸿逵喊冤，郑成功和郑彩他不敢保证，但是他说郑鸿逵绝对不会背叛陛下，他愿意拿他的项人头担保。
祖海勃然大怒，“你们冤不冤将来对陛下说去，本指挥使只对陛下负责，带下去严加看管，没有本指挥使的命令，任何人不得靠近，否则格杀勿论！”
手下人答应一声，把李全儿关进了一间屋子，祖海的心腹爱将带着一支锦衣卫昼夜守候。
然后祖海急匆匆来见朱由崧，奏报了软禁李全之事，并要求陛下立即降旨封锁京师，捉拿郑鸿、郑成功和郑彩。
提督东厂的大太监卢九德，御马监掌印太监李国辅，兵部尚书刘肇基以及张环、马万年、李柱石，赵甫，方东旭等御营的几个指挥使都在，他们跟锦衣卫几乎是同时得到了消息，跟祖海一样，也是来要求朱由崧下旨拿人的。
此时的朱由崧正在皇宫里，像没事人一样，欣赏着邢畹芳唱歌跳舞，如痴如醉，面对一桌丰盛的御宴琼浆，更有金皇后，马金花，贺宣娇，婵儿和小柳是都在陪着他。
看着这几张为国事急得汗都下来的朝堂大员的脸，朱由崧一挥手，命令歌舞停下，认真的听完祖海的奏报，朱由崧淡然一笑，对祖海道:“好你个祖海，胆子不小，竟敢没有朕的旨意擅自把李全给软禁起来了，你可知罪？”
祖海吓的扑通一声跪下了，不知道自己哪儿错了，两个大太监和其余的众将皆一脸的愕然之色。