在开始的时候有人预测过这次会是大战，却没想到，这次大战竟能持续这么长的时间。
木叶第二十六年十二月，猿飞日斩与三代雷影决战于火之国北方的幻樱林，木叶小胜，云隐村后撤。
木叶第二十七年三月，志村团藏率暗部亲赴云隐村，于他们村中获取珍贵情报。
木叶第二十七年四月，凭借获得情报，木叶在云隐战场掌握先机，大胜三代雷影，云隐村无奈只得退出火之国境内。猿飞日斩率大部队追击，双方继续在汤之国混战。
木叶第二十八年二月，这年的春季来的格外的早，一直表现的不温不火的砂隐村突然发力，大批精锐部队涌入火之国境内，措不及防之下，宇智波防线被冲破。
木叶第二十八年三月，砂隐村势如破竹，在火之国境内散开，由二代风影带领连破木叶三次正面交锋，掠夺大量物资。
木叶第二十八年五月，木叶村暴怒，漩涡水玲亲自带领日向族长、宇智波族长前往砂隐战场。七月，砂隐村大军被漩涡水玲击破，退回风之国境内。
木叶第二十九年七月，二代土影亲自出现战场，尘遁威力之下，雾隐溃败。同月，木叶向雾隐村发出消息，二代水影亲自出马，与土影对峙。木叶第二十九年十月，木叶村稳定砂隐战场，漩涡水玲回村，随后，奈良老族长设计拉泷隐村下水，许诺他们好处，让他们对岩隐村发动进攻。这就像开启了忍战的新序幕，除五大村外，各个小国开
始陆续加入战场。因为他们发现，经过长时间的战争，五大村的实力并不如最开始的时候强大，战争正式进入白热化时期。木叶第三十年一月，七十四岁的第一代火之国大名终究未能熬过这个严冬，新的大名继位，战场之上的猿飞日斩表示祝贺，甚至让志村团藏率领一个使团前去恭贺。自然，时间是极短的，匆匆见了一
面新大名表达三代火影的重视后，团藏就急匆匆的赶赴战场。
木叶第三十年五月，云隐村后勤首次出现供给不足，五年的长期作战让他们耗尽了村内的战争储备。抓住机会，猿飞日斩直接发动总攻，云隐村败退，连月之国都无法多呆，直接退回雷之国本土。木叶第三十年八月，面对木叶的强大压力，云隐村率先派出使者求和，因为木叶方面没有攻破云隐村的力量，又因为村内后勤也陷入紧张，无法再支持长时间作战，三代火影与三代雷影签署停战协议
。木叶第三十年九月，因为云隐村退出占据，能够空出手来的猿飞日斩直扑岩隐战场，随后与雾隐村联手大败岩隐。二代土影见势不妙借道草之国回到土之国。木叶与雾隐并未深入追击，实际上他们也
缺乏追击的实力。
因为这次雾隐村横插一脚，二代土影对水影怀恨在心，认为是他们坏了自己的好事，如果没有他们，说不定木叶早已被攻破。木叶第三十年十月，见到其他两处战场先后退回本土，本就在风之国境内的砂隐也返回村子，他们这次更多的趁火打劫，此时抢了不少好东西，自然是心满意足，没必要再和木叶死磕。如果认真算起
来，他们反倒是这次战争中得利最多的村子。
木叶第三十年十二月，各种小国先后停战，雾隐早已回村，第二次忍界大战结束。也就是在结束的当月，奈良老族长因操劳过度一病不起。
木叶三十一年一月，卧病一月的奈良老族长病逝，回归村子的猿飞日斩表示悲痛，并亲自举办葬礼。
之后的一切事情可谓告一段落，猿飞日斩在此次大战中闯出偌大的名声，五年多的战场生涯让他的实力突飞猛进，又因为忍术的多样，隐约中有“忍者博士”的名号传出，三代火影的位置终于座稳。
除他之外，木叶村中还有志村团藏、水户门炎、转寝小春、宇智波镜、以及新一代猪鹿蝶等等高手扬名。不过总体来说，第二次忍界大战是一场木叶村在被动的情况下打的一场大战，虽说最后获得了战胜国的名声，可实际上实力损失惨重，与云隐、岩隐、砂隐也只是停战，甚至因为此战还支援了大量的
物资给雾隐村。
战后只能勉强保持住五大村第一的位置，当年力压四村联手的盛况一去不返，五村的实力趋于平衡。
随后三代火影开始了他真正的执政生涯，开始处理内政休养生息。回到村子后，猿飞日斩也有了空闲的时间，自然记起了自己的两位弟子，之前的二战中，已有人实验过，三名忍者组成的小队最具有全面性，猿飞有新推广，便又在本届毕业生中挑选了一位名为自来
也的少年成为弟子。
说起来自来也与大蛇丸一届，但他并没有大蛇丸的天赋，在这个天才六岁毕业时，他还在忍者学校挨老师的训诫，一直到接近十二岁的今年才毕业，却没想到会成为三代火影的弟子。
于是，战争重新离去，五大村开始重新休养生息，所有人又恢复到了熟悉的和平之中。
在这种气氛下，木叶的新一代再次降世。然而在五大村并不知晓的情况下，趁着战乱，有相当一部分的力量混入了他们村子内部。那些事晓组织的成员，也就是俗称的间谍。....