当夜吹雪当着止水离开后的第七天，一个重大的消息震惊了整个忍者界，木叶的豪门宇智波一族，消失在了忍者界中。无数的消失不胫而走，整个忍者界几乎同一时间知道了这个消息，而灭掉宇智波一族的罪魁祸首，那个叫做宇智波鼬的人，也成为木叶的S级叛忍，他的名号传遍了整个忍者界。
没有人知道当天到底发生了什么，除了少数人而已。夜吹雪知道，那天鼬带着木叶的暗部，还有“根”部，甚至“根”部中有几个“晓”的人，来到了宇智波一族的住址中，那是一场惨烈的战斗，无数的木叶忍者死去，无数的宇智波一族忍者，妇女，孩童也在那一战中死去。
鼬在自己家中，用自己手中的太刀插进自己父亲和母亲的胸口时，他看到了母亲的笑脸，也看到了自己父亲最后释怀的笑脸，那是从苦笑转化成的笑脸。直到最后一刻，宇智波富岳才知道自己当初所做的事情是多么幼稚，有么的天真。
其实陪伴在他身边的只有自己的妻子，孩子，仅仅只有这些而已。族长的名号让他失去了自我，失去了当初宇智波一族天才的称号，失去了宇智波一族，失去了一族。但是让他死的那一刻，他知道，自己还有他的妻子，宇智波美琴，还有两个天才儿子，宇智波鼬和宇智波佐助。
他并不恨鼬，当知道了所有事情的一切之后，他甚至感觉自己的儿子的做法或许才是对的。所以他是笑着死去的，当两人死去的时候，虽然鼬没有真正的要了两人的性命，但是还是打开了万花筒写轮眼，就算是假死，但是那用自己的太刀穿过自己父亲母亲身体的痛苦，让鼬打开了宇智波一族传说中的眼睛，万花筒写轮眼。
三个黑色的勾玉连在了一起，变成了三角大风车，而在这个时候，一名穿着暗部服饰的人也来到了鼬的身边，淡淡的对鼬说道“鼬啊，看来父母对你真的很重要，真没想到你也打开了那双眼睛，吹雪现在估计会忙死了，一个止水就令他够担心了，现在又多了你。”
“大蛇丸大人？”听到这熟悉的声音，鼬的声音中露出了许些欣喜，“大蛇丸大人，是老师让您来的么，那么你是在带走我的父母的吧？”
“呵呵呵，没有错。”虽然带着面具，但是大蛇丸那特殊的声音还是那么的沙哑，那么的具有磁性，“今天我是来要宇智波一族的尸体的，所以“晓”的人也没有阻拦什么，而是让我随意前来了。不过他们却让我交上一定量的三勾玉写轮眼，这倒是我没想到的。”
“听吹雪说，“晓”中有个隐藏的首领，也有一只写轮眼，想来就是他要那些写轮眼吧，虽然不知道要干些什么。不过你的父母的尸体，恰好就由我来弄，这样就可以神不知鬼不觉的把你父母弄走了，所以你不用担心。”
“大蛇丸大人，我的父母，会在什么地方生活？”鼬小心翼翼的问道。
“放心吧，鼬。”大蛇丸缓缓的说道，同时拿出了一个卷轴，“你的父母会在音忍村中生活，就算没有了宇智波一族，不过看他们此时脸上的笑脸，估计也会生活的十分开心的！”
说完，大蛇丸就开始了自己的行动，先是把宇智波富岳和宇智波美琴的“尸体”收掉，随后开始收集宇智波一族的写轮眼，当然了，宇智波一族的尸体大部分还是要交给木叶来处理的，而大蛇丸只是在其中做一些手脚，尽量把宇智波一族的三勾玉写轮眼都弄走。
对于木叶在击杀全部宇智波一族的人之后会调查这件事，大蛇丸当然也有自己的办法瞒过去，其中的手段就不用多说了，大蛇丸自然有自己的手段，更何况这次和大蛇丸一起来到还有“蝎”。
在夜吹雪废了团藏的修为之后，“根”部也完全交给了三代火影，所以这次宇智波一族的灭族案件，和三代火影也有脱不开的关系了。他答应了鼬，不会伤害他的弟弟，所以这一天，宇智波一族的人在三代的眼中，只剩下那个逃离木叶，为了木叶和平而牺牲自己的宇智波鼬，还有宇智波鼬的弟弟，现在忍者学校的天才忍者，宇智波佐助了。
一夜过的是那么快，鼬成为了叛忍，让自己的弟弟仇恨自己，希望他变强留在了木叶，而宇智波一族也消失在了众人眼中，日向家成为了木叶的第一豪门，但是日足却一点都高兴不起来，因为这其中的内幕，他从日差那里得知了一点。不过让他庆幸的是，团藏那种激进派在木叶的地位远不如前了，当然脱不了团藏看似在医院疗伤，其实被软禁起来的事实。
没有了激进派，日向一族基本是没有了什么后顾之忧，但是日足也知道，不要让日向家变得像宇智波一族一样有野心，那样的话，就算木叶失去了宇智波一族，也会不惜再次断掉自己一条手臂，把日向家也全灭掉。
止水此时已经在音忍村之中了，当看到夜吹雪的势力之后，止水也忍不住惊讶。在宇智波一族被灭的第二天，止水也沉痛的默哀了很久，不过当看到宇智波富岳和宇智波美琴的“尸体”之后，却开心了许久。止水就这样在音忍村之中了，而纲手和玖辛奈，大蛇丸还有蝎的研究又多了一项，那就是如何让万花筒写轮眼永远拥有光明。
夜吹雪就算在赶路的时候，都尽量不让自己睡觉，因为他此时可没有时间让自己和千叶幽鬼好好的一战，所以都会尽量减少睡眠的时间。不过睡觉有的时候还是难以避免的，夜吹雪还是需要和老对手一战，直到完全消灭的他。
当解决完一切之后，夜吹雪再次回到了妙木山之中，仙人模式的修炼，还有完全吞噬千叶幽鬼这些事，都需要在妙木山之中完成。而在几个月之后，宇智波一族的灭族事件，也淡淡的消失在了所有人的眼球之中，成为的过去式。