魔都市人民医院，一名医生在手术台前忙碌着，他叫郭远，是这个医院的主治医生。27岁硕士毕业的他，有扎实的医学基础，来了这个医院5年，也算混的不错。
郭远6岁时父母离异各自重组家庭，他一直跟爷爷生活，在他18岁时爷爷因为心脏病去世，郭远自此决定成为一名救死扶伤的医生。为了这个目标郭远一直努力着，唯一的乐趣就是在闲暇之余看看动漫。郭远最喜欢的动漫就是《火影忍者》。
好不容易偷得浮生半日闲，郭远刚做完一台手术，准备看会《火影忍者》就接到主任的电话，说是一群富家公子飙车，数车相撞，主任让他赶紧来手术室抢救。
官大一级压死人，而且医者仁心，总不能见死不救吧，就这样郭远连忙赶到手术室，连续工作了7个小时，直到第二天凌晨5点。
“唉！好累啊！真不想干了！”悄悄抱怨几句后，郭远回到自己的办公室，趴在桌子上倒头就睡。恍惚间郭远感觉自己周围的一切都变了。郭远的眼前出现了一个巨大的光球，光球上浮现出一排字体:
穿越者:郭远。
穿越世界:《火影忍者》
危险系数:★★★★☆
危险系数达到三星以上穿越者拥有一次抽奖机会，请使用。
郭远看着眼前的一切，睡意全无，大脑一片空白，“这应该是做梦吧？”郭远用力掐了他的大腿一下，大腿上的刺痛告诉他这一切都是真的。
“危险系数达到三星以上穿越者有一次抽奖机会请使用。”光球的声音打断了郭远的思绪。
“那个你是什么东西？是系统吗？我为什么会穿越啊？抽奖能抽到什么？”看着眼前的光球郭远问道。
“我是“万界传送门”是连通十二万九千个平行世界的门户。并不是你说的系统，因为你的脑电波频率和我达成了共鸣，而且你对自己的生活并不满意，符合穿越条件！抽奖包罗万象，应有尽有，十二万九千平行世界的所有东西都有可能抽到，那么请开始抽奖吧！”
听完光球的解释郭远哭笑不得，他这算是中大奖了？好在他是孤身一人，父不疼母不爱，女朋友还不知道在哪个丈母娘肚子里。想到这郭远觉得去火影世界也不错，“我该怎么抽奖？”
光球金光一闪，变成了一个大转盘，转盘上有三个区域各占三分之一，分别是:科技类，元素类，生活技能类。“请拨动转盘！”郭远按照指示轻轻的拨动转盘。转盘最终停在了元素类的区域。
随后又是一道金光，转盘被分成了数十个区域，郭远仔细一看，原来所谓的元素类是各种自然元素的亲合，或者是能让人直接掌控这种元素的神奇物品。郭远用力的拨动转盘，然后闭上眼睛等待转盘的停止，大约2分钟以后，转盘停了下来。“穿越者获得冰元素亲合。抽奖完毕，穿越开始。”
光球的话音刚落，郭远的眼前一黑，然后失去了意识。
不知过了多久，郭远的意识才慢慢恢复，慢慢睁开眼睛，周围一片漆黑，不远处有一点亮光，郭远本能的朝着亮光靠拢，在一阵挣扎之后郭远出生了。
在郭远的配合下，女人很快就生下了他。女人的目光注视着郭远，这种满含关怀的眼神，温暖了郭远孤独心，原来这就是母爱。
不说母子俩的互动，郭远一出生没有哭可是吓坏了接生的护士，这孩子明明很健康为什么不哭呢？难道是哑巴？旁边的医生对着护士点了点头，护士朝着郭远的屁股用力一拧，郭远吃痛准备骂两句，可是他一张嘴发出的声音确是响亮的哭声，周围的医护人员松了口气，女人听见自己孩子嘹亮的哭声微微一笑，心满意足的睡着了。。
火影世界不知道是不是查克拉的原因刚出生的孩子都要比地球上健壮的多。出生仅仅2天郭远的母亲就抱着他回了家。
火影世界的语言基本就是前世的日语，郭远很庆幸他前世学过日语，没了语言障碍郭远能更容易的了解火影世界。几天以后郭远得知他的母亲叫山中菁子，是山中一族族长的堂妹，经常抱着他的这个男人就是山中一族的族长也就是他的舅舅，叫山中秋人。而此时山中亥一还是一个小屁孩。而他的名字也被他舅舅确定下来，叫山中远。（以后就叫山中远了。）
不知不觉山中远出生已经一个月了，一个月里通过周围人的谈话山中远知道了现在是木叶三十三年，三代火影猿飞日斩正直壮年，如日中天。在三代火影的带领下第二次忍界大战木叶以一敌四，丝毫不落下风。
此时的木叶外有自来也，纲手，大蛇丸三个三代火影的得力弟子，更有木叶白牙旗木朔茂，宇智波镜，猪鹿蝶为首的家族忍者，内有三代火影，日向一族安定木叶人心。所以不同于其他村子，木叶内部依旧是一片祥和安宁。
而他的舅舅山中秋人，是第十四代猪鹿蝶，猪鹿蝶自木叶成立以来就是火影一系的坚定支持者，从战国时期开始三族一直都是联手制敌，共同进退。为了维持三族特别的羁绊，三族的祖先共同定下规矩，三族在猿飞一族见证下，上一代的猪鹿蝶将耳环交给下一代的族人。而下一代的猪鹿蝶对耳环起誓，彼此亲如兄弟，这是三族代代相传的规矩。
猪鹿蝶三人一组的行动模式大大提升了战斗力和生存率，二代火影建立的忍者学校毕业以后要求组成三人小组，有很大一部分原因是借鉴了猪鹿蝶。
这样互为犄角的三族，单单一族不是宇智波或者日向的对手，但三族共同进退，木叶任何一个家族都不敢轻视，而且猪鹿蝶一族都有特殊的秘术，互相配合互相掩护战斗力也不容小觑。
因为山中远的出生，山中秋人放下前线的任务专门回到家里，可见对这个外甥有多喜爱。但是让山中远奇怪的是，以山中秋人对他的重视满月时居然仅仅在猪鹿蝶家族内部庆贺，村子里虽然知道山中远的存在，但是也并没有人来道贺，而且从出生开始山中远就没有见过他的父亲。想到这些山中远明白了，他的身世应该也不简单，山中秋人这么做应该是为了掩饰什么。