就像三代火影曾经在大蛇丸年幼的时候看出大蛇丸的野心一样，自来也凭借着自己的细微的观察，同样也发现了宇智波祭和其他小孩子不同的地方。
简而言之，就是宇智波祭比其他的孩子太成熟了，而且，或许是受到宇智波一族基因的影响，在同伴身死后，宇智波祭“暗黑”面比其他任何人都要多，与开朗阳光的波风水门形成了鲜明的对比。
可以说，从那时起，自来也就断定了宇智波祭不适宜当火影。就像老谋深算、心性阴暗的志村团藏不适合当火影一样。因而，在三代火影第二次咨询自来也的意见时，自来也的意见就已经抛弃宇智波祭，完全倾向于波风水门了。
然而，命运弄人，随着波风水门身死、宇智波祭继任，自来也惊讶地发现，这一切剧情，就仿佛是设定好的一样，完美衔接，令自来也无力反驳。
当然，自来也唯一能够从中感到欣慰的，就是大蛤蟆仙人的新的预言了。在大蛤蟆仙人的预言里，宇智波祭将帮助大家渡过劫难。这或许是自来也决定支持宇智波祭的唯一的一个理由吧。
只不过，从大蛤蟆仙人的预言里，自来也隐隐约约看到了一点猫腻。要知道，大蛤蟆仙人不仅预言了宇智波祭将拯救忍界，还预测到宇智波祭将凭借自身强大的实力统一忍界。
五大忍村之中，木叶、云隐村、岩隐村的实力最为接近，相互之间的矛盾和历史恩怨也是最多的，木叶要想在战争中或战争结束后以和平或联盟的方式统一忍界，简直是天方夜谭。
而且，以宇智波祭的性格，是不屑于采用这种方法的。唯一的解释，或许就是宇智波祭用暴力血腥的方式，统一了忍界。
作为忍村机制建立后成长起来的忍者，自来也对统一的好处毫无认知，因此，对于宇智波祭即将要做的事情，自来也感到深深的恐惧和不解。
恐惧的是，忍界统一后的情况或许还不如现在，不解的是，宇智波祭为什么要冒着天下之大不韪去做这种不知道值不值得的事情。
“算了，既然预言是无法改变的，那么，我也就只能尽好自己的责任了。”自来也叹了口气，对自己无力改变现状的局面有些无奈。
自来也现在唯一能够做的事情，就只有辅佐并监督好宇智波祭的行为了。一旦宇智波祭有什么非分之想，自来也将利用自己的权势和地位，及时纠正宇智波祭的“错误”行为。
……
木叶村。
一座隐蔽的树洞前。
宇智波祭停下了步伐，左右观望了一会儿，确定没有人跟踪自己后，宇智波祭缓缓走进了这个黑暗的树洞。
“你是谁？”宇智波祭刚刚进入，就有一个头戴面具的“根”部忍者拦住了自己。
“宇智波祭。”宇智波祭冷漠地开口说道，“或者，你也可以叫我的代号，毕竟我也曾在这里工作过很多年……”
当年，宇智波祭还是“根”部分队长的时候，这个树洞，宇智波祭曾无数次路过。现在，十一年过去了，“根”部也已经换了无数代忍者了。而宇智波祭的记录，却一直都在“根”部成员的考核榜，一直没有人能够打破。
“宇智波祭？”这名忍者想了一会儿，似乎想起了这个早已尘封起来的名字。
“不管你是谁，没有团藏长老的命令，谁也没有权力进入……”忍者皱了皱眉头，严肃地说道。
“根”部基地，作为“根”部忍者和志村团藏的大本营，自然是不能进入外人的。即便是十几年前，宇智波祭想要进入，也要向守卫亮出自己的号牌。然而，十几年过去了，号牌早就被宇智波祭弄丢了。
“是吗？我要是想进去，你可拦不住我！”宇智波祭冷哼一声，随即开启了万花筒写轮眼。
嗖。
一眨眼的工夫，宇智波祭就瞬移到了“根”部基地的大厅里。
就在宇智波祭刚刚落脚之时，大厅里，几十名头戴面具、身披黑色披风的“根”部忍者突然闪现，并团团包围住了宇智波祭。
这几十名“根”部忍者全都抽出了佩剑，许多人的佩剑上，还残留着若隐若现的血迹。
“用不着这么多人欢迎我。”宇智波祭背着手，丝毫没有做出防御，“我来这里是通知你们一下的……你们的首领，团藏已经死了，现在，‘根’部已经交由我来统领了。”
如果说杀死宇智波富岳，是有着令人信服的理由（解除宇智波一族的叛乱）的话，那么，宇智波祭杀死志村团藏的行为，就显得有些没有道理了。
因此，在木叶高层那边，宇智波祭只字未提志村团藏的事情，等到木叶发现志村团藏的尸体，宇智波祭也可以将这口锅甩给佩恩。同样，在“根”部忍者的面前，宇智波祭刻意隐瞒了志村团藏的死因，而仅仅只是提到了他的死讯。
“首领死了？”在场所有“根”部忍者的内心，都微微震颤了一下。
为了防止“根”部忍者泄露对自己不利的消息，志村团藏曾给所有的“根”部忍者（除了宇智波祭）都种下了咒印。如果志村团藏真的死了，那么，这个咒印也就失去了效果。
另一方面，能够加入“根”部的忍者，全都被志村团藏洗过脑，这些人在行为和思想上全都无条件效忠于志村团藏，因此，如果得知宇智波祭是杀死志村团藏的真凶的话，大多数“根”部忍者，或许会一拥而上，抢着给志村团藏报仇雪恨。
“你们要是不信的话，可以互相看了看你们的舌头。团藏已经死了好几个小时了，你们舌头上的印记，应该也已经消失了吧？”宇智波祭环抱双手，放松地说道。
“首领死了，但你凭什么统领我们？”一名“根”部分队长死死地盯着宇智波祭，想要从宇智波祭的微表情中看出破绽。
“我以火影的名义，正式通知你们，从即日起，取消‘根’部编制，所有忍者，编入暗部火影护卫队编制。”宇智波祭大声说道。
……