在整个中山舰事件过程中，起着关键性作用的也可以说是事件的总策划者是西山会议派以及孙文主义学会分子。事后他们表现得幸灾乐祸，坐收渔利。
从中山舰调动过程来看，右派分子所做的手脚有：欧阳钟、黄埔军校、管理科学通股股长率随员二人到李之龙家中，声称“奉蒋校长命令，有紧急之事，饬派能战斗两舰开赴黄埔，听候蒋校长调遣”。而此前他接到的信息是因一艘商轮遭劫，奉教育长之渝，调巡洋舰一两艘，以备巡查之用。很显然，由巡洋舰变成了战舰，由教育长变成了校长（事实上，最初只是办公厅主任孔庆浚下的第一道命令，后来传达中出现了误传，但为了突出右派分子的行为目的，仅以最近的口令传达为始）。
欧阳钟明明去了李之龙家里，却在事后隐匿有关情节，他在海军局和李之龙夫人面前声称：“奉蒋校长命令”调舰，而在给作为校长办公厅秘书的季方的电话里，却如实陈述：在给海军局的公函里，他清楚地写着要求“迅速派兵舰两艘！”而在事后所写的报告和供词中，谎称只是请其速派巡洋舰一、二艘，有意含糊其辞，偷梁换柱。欧阳钟何许人也？他是孙文主义学会骨干、海军军官当标、副标长欧阳格的侄子。
这里面又牵涉了欧阳格，他是蒋介石发动中山舰兵变的主要策划者之一。欧阳格为夺得中山舰舰长这一肥差，捞取油水，造成私家势力，不惜采取任何手段对舰长欧阳琳（格之堂兄）打击、造谣、排斥、恐吓，最后将其堂兄逼至香港。为抓捕李之龙，欧阳格充分准备，玩弄手腕，假借苏联顾问之名，将李之龙诓至学校，再假借有事拖延李之龙提早返回。后又假借搭车回家探得李之龙住所，实为卑鄙小人。
中山舰开火试验汽笛，以确保出行安全，被欧阳格歪曲为未令开火，蓄意兵变，并转知于蒋介石。中山舰驶至黄埔时，右派分子又制造谣言，说是要劫蒋介石到中山舰上，强迫蒋去海参崴，等到中山舰返回省河，晚上开灯装载煤油以备远行时，又胡编乱造说中山舰要阴谋暴动，图谋不轨，趁李之龙半夜熟睡之际，派人破门而入，五花大绑押至审问处。
在整个案件中，右派势力都是以制造兵变为口诛兵伐的理由，似乎那是不易怀疑的。因为这些人蓄谋已久，处心积虑，精心制作，所以整个事件设计得非常巧妙，漏洞不多，以至于真相置于烟雾缭绕之中，扑朔迷离，踪迹难辨。社会群众各持怀疑，说法不一，连——事情的受害者也被蒙蔽，以为李之龙在中山舰事件发生后已叛党逆道，将其开除出党，导致了李之龙对党的误解，使得损失了一些骨干力量。
2．中山舰事件处理结果
事件发生后，引起了国内各派势力的震惊和关注。面对着各方面的指责、退让、妥协和恭维，蒋介石也因人而异地采取各种各样的应对措施。
国民党内部，汪精卫对整个事件的发生从始至终都被蒙在鼓里，作为国民党党、政、军最高领导人，发生这么重大的事件，竟然对此一无所知，备感气愤。更糟糕的是，紧接着蒋介石派军包围了汪精卫住宅，弄得汪丈二和尚摸不着头，随后大发雷霆。谭延闿、朱培德也被弄得莫名其妙。周恩来也回忆说：“这时，谭延闿、程潜、李济深都对蒋不满”，“各军都想同蒋介石干一下”。
3月20日当天，广东区委负责人陈延年以及、周恩来等人也曾到苏联顾问住地，提议对蒋介石采取强硬态度。提出，动员所有在广东的国民党中央执监委员，秘密到肇庆集中，依靠驻防当地的叶挺独立团的力量，争取第二、第三、第四、第五、第六各军的力量，通电讨蒋，指责他违反党纪国法，必须严办，削其兵权，开除党籍。至此，汪精卫企图组织的“反蒋联盟”轮廓基本形成。“反蒋联盟”是蒋介石已经动作的情况下，为“应付局势”，企图联络第二、第三、第四等军的力量进行反击的一个组织。
然而，“反蒋联盟”很快就胎死腹中。谭延闿尽管专车已经备就，却突然中止了韶关之行。到了23日，汪精卫就变成了泄了气的皮球，“迁地就医”，不知所去。这些情况之所以发生，就在于苏方认为汪精卫的“反蒋联盟”及其措施“不适当”，主张实行妥协、退让。尽管季山嘉支持汪精卫，但是，他对于用兵和与蒋介石破裂都还有顾虑，而且，当时还有比季山嘉地位更高的联共中央委员、红军政治部主任、苏联考察团团长布勃诺夫在广州。
3月24日，在布勃诺夫主持召开的苏联顾问团会议上，做出了对蒋介石实行全面妥协的决定。第一，“让季山嘉、罗加觉夫、拉兹贡等顾问离任，让布留赫尔留任。”其原因是这些重要的军事顾问在国民革命军中拥有很大的权力，他们时常自居于首要地位，直接管理事务，特别在北伐问题上，他们极力反对蒋介石，招致了蒋介石等人的强烈不满。第二，放弃缓期北伐的主张。“会议认为，无论时问早晚，北伐总不可避免。”第三，限制苏联顾问的权力。布勃诺夫认为，中山舰事件是由于苏联顾问在军事工作和总的政治领导方面的错误引起的。
至于“处处迎合其意”，协助蒋取得“更为伟大之权力与实力”等做法，乃是一种愚蠢的权术。4月16日，在国民党中央党部和国民政府联席会上，蒋介石被选为军事委员会主席，随即采取行动反对右派：17日，与孙文主义学会干部谈话，要求取消学会。23日，与张静江、谭延间、李济深、宋子文及斯切潘诺夫等密议，决定免去吴铁城的广州公安局局长职务。次日，命左派李章达带兵就任公安局长。蒋介石的这些做法使苏联顾问们感到，他们“利用蒋介石”的策略是正确的。
在上海，以陈独秀为代表的中央在中山舰事件发生后，不敢妄下论断和轻举妄动，他们在静候着来自苏联方面的指示。但是，莫斯科方面迟迟没有消息。3月末，布勃诺夫等归国途经上海，中央才从布勃诺夫处得知详细情况。
4月3日，陈独秀谨遵“圣命”发表文章，认为由于帝国主义和军阀的强大，中国的革命势力必须统一起来，文章宣称：“蒋介石是中国民族运动中的一块柱石”，人决不**谋去推翻他。这篇文章是中山舰事件后一个有权威性的表态，它实际上给应该做出的反应定了格。随后，中央随即决定，“维持汪蒋合作的局面，继续对蒋采取友好的态度，并纠正广州同志们的一些拖延未解决的左倾错误”。同时，决定派张国焘赶赴广州，查明事实真相，执行这一妥协政策。
张国焘到广州后，立即召开广东区委紧急会议，传达中央的妥协政策，要求一致遵行，他完全同意苏联顾问对蒋介石思想性格的分析以及“利用蒋介石”的策略。然而，在张国焘离开上海之后，中央于4月中旬收到陈延年的报告，决定改变妥协、退让政策，采取一项新的政策，其要点为：
尽力团结国民党左派，以便对抗并孤立蒋介石；在物质上和人力上加强国民革命军二、六两军及其他左派队伍，以便于必要时打击蒋介石；尽可能扩充叶挺的部队、省港罢工委员会指挥下的纠察队和各地的农民武装，使其成为革命的基本队伍，并决定在广州成立特别委员会，彭述之为书记。4月末，彭述之受命前往广州，和鲍罗廷面商上述计划。彭述之到达广州后，即成立特委机关，召开会议，传达中央的新政策，结果，遭到刚刚回到广州的鲍罗廷的强烈反对。当时中国完全作为共产国际的一个支部存在和活动的，几乎没有决策自由。无奈之下，只得按旨办事。
陈、彭二人由于意见被否定，便转而主张退出国民党，改取党外合作。可以看出，中山舰事件之后，在制订和执行对蒋妥协、退让政策的过程中，起重大作用的是共产国际和苏联方面，以陈独秀为代表的中央不应该是主要的责任者。
3．蒋介石一箭三雕
通过中山舰事件，蒋介石一箭三雕，玩了个“帽子戏法”。既打击了，抑制了苏联顾问，又逼走了汪精卫，但令人奇怪的是，蒋介石在得手之后，却偃旗息鼓，究其原因，应该包括以下几个因素：
一是广州中国人的“强硬”立场和坚决斗争。事件发生后，3月20日早晨，广东区委负责人陈延年以及张太雷、、周恩来等人就到苏联顾问住地，提议对蒋介石采取强硬态度和立场。同日，陈延年、张太雷、恽代英等人还立即召集了党员积极分子会议，在会上说明事件的真相，揭露蒋介石，破坏国共合作的阴谋，号召大家提高警惕，加强工农武装队伍的建设，迎接新的斗争。
二是国民党左派人士的强烈谴责和反对。面对着蒋介石新右派对中国和国民党左派的疯狂进攻，一些著名的国民党左派人士不畏强暴，纷纷挺身而出，强烈谴责蒋介石的反革命的行径。这些对蒋介石也产生了一定的压力，使蒋不得不掂量下一次的冒险举动。
三是蒋介石考虑到他的力量尚不够强大，且惧于各军的不满。当时就广东、广西整个局面而言，蒋的兵力居劣势，在国民革命的6个军中，他只掌握第一军，第一军中的广大士兵和中下级军官都是要革命的，而且蒋的行为引起各军的不满，这使蒋介石不能不有所顾忌。
四是蒋介石为攫取全国政权还需要利用和工农群众的力量，还需要苏联财力和物力的帮助。这种“利用”心理，也使他不愿马上与苏联和中国造成矛盾激化，从而在事变后不久就偃旗息鼓、改弦更张了。
同时，蒋介石采取“以退为进”的策略，施展两面派手腕，掩盖事实真相，洗清自身罪名。
其一，自请处分。蒋介石发动中山舰事件时，逮捕李之龙等人，包围苏联顾问住宅和省港罢工委员会等，不仅引起了广大员、国民党左派和工农群众的强烈愤慨，也引起国民革命军其他各军的普遍不满。为寻找退路，3月23日，蒋介石上书国民党中央军事委员会，一方面竭力为自己辩护，另一方面则虚假地承认“专擅之罪诚不敢辞”，并要求“应自请从严处分，以示惩戒，而肃纪律”，这些举动缓解了当时的紧张气氛。
其二，缩小事态。中山舰事件后，蒋介石即尽量缩小打击面。在许多场合中声称中山舰异动“现在尚未审问明白，即使他（李之龙）如果有罪，也只是他一个人的问题，不能牵涉到团体身上。”宣布“三月二十日的事件，完全与团体没有关系的”，主要责任只在李之龙，即使对李之龙亦不想深究，因他毕竟是自己的学生；即使也只在黄埔军校的第一军内，目的在于“免除本军内部之纠纷”，与其他各军无涉，恳求汪精卫和其他各军的谅解与支持；对于苏联顾问则谎称“对人不对俄”，仅仅要求撤换季山嘉等3人，而欢迎鲍罗延、加伦速回广州，继续合作。一场反对孙中山三大政策的反革命武装暴乱，就这样被蒋介石用花言巧语“大事化小”、“小事化了”了。
其三，为掩饰自己的阴谋和使自己免于陷入被动，蒋介石又演出了一幕周瑜打黄盖的丑剧。宣布事件本身是个“误会”，并把“误会”的一切罪责推到“帝国主义走狗及奸人身上”，处分了制造事件的孙文主义学会分子：免去王柏龄二十师师长、陈肇英虎门要塞司令的职务，责令他们离开广州；免去吴铁城新编十七师师长兼广州市公安局长职务，送虎门要塞监禁；其他如欧阳格、陈策、徐桴等也都受了处分。这样，蒋介石就以领导者的超然身份，“公正”地处理了中山舰事件的肇事者，取得了主动权。
其四，打击右派。蒋介石通电全国，严词斥责西山会议派及其他右派分子等为“帝国主义之工具，希图颠覆政府，摧残本党，竟敢不法通电，视中正为傀儡，殊堪痛心”。宣布西山会议派的二大会议为“非法行为”，“我们为党国计，大家都要群起而攻之，铲除障碍”，“要当他们是在党的罪人，是我们全体党员的仇敌。”
蒋介石在中山舰事件中，可谓一箭三雕，即打击了政敌，争取了个人权力，又仍以公正面目出现，得到各方面的谅解和支持。
三、整理党务案