随着帝国政务院和帝国枢密院两大官僚机构的建立起来，最考验无锋的问题也就慢慢暴露出来，吏治和官僚体系问题也开始成为作为帝国皇帝需要考虑的最复杂最头疼的问题。无锋自认为目前帝国政局还能够完全在自己掌控之中，无论是政务还是军务方面，主动权都还牢牢的把握自己手中，但是这并不代表就不存在任何问题。
无锋曾经阅读过不少帝王们关于权术运用和制度制衡方面的书籍，但是他发现要想平稳的控制这样庞大一个帝国，仅仅是依靠书籍和前人经验或者是单纯舶来的制度体系是根本行不通的，也许综合以上几项合理内核，再结合帝国实际情况，走出一条属于帝国自己的道路也许才是最合适的。
军政分开只一个最基本的框架，监督权和审判权的相对独立也并不能使得司法权就能够和庞大的行政权力相抗衡，而这一切都还要归结于至高无上的皇权之下，这是一个相当复杂的系统工程，如何让这个庞杂的系统有效运转起来，带动整个帝国向前发展而又不至于失控，这需要在实践中一步一步总结摸索经验，逐步完善。
相对于外来的威胁，无锋认为内部存在的问题苗头才是自己最需要的关注的，吏治一直就是一个政权兴亡的关键，如何成功调动自己手下这些官员们的能动性，最大可能性的发挥他们的才华，而又要有效杜绝可能出现的种种弊病，这才是自己这个皇帝需要重视的热点之一。
安全部门在帝国成立之前成功的完成了自己赋予给他们的一项重要任务，那就是对自己越来越庞大地官僚体系进行的监控，无锋也清楚每朝每代都存在的问题在自己这个新帝国中也一样会存在，要想将这些问题弊病一下子彻底铲除根绝那是不现实的。如何这些弊病地负面影响降到最低，使之成为一个常态化的良性循环，这就足以证明整个政权是成功的。
事实上派系斗争从西疆一成立之初就开始存在，从单纯的能力竞争发展到对政见和战略的看法不一致。从人情亲厚到关系亲疏，各种因素交织在一起，使得西疆控制区在不断扩大的种种影响也在不断显现出来，随着控制领地的增加，代表着不同地区、不同阶层、不同利益体的各方面势力也都开始进入了掌握着行政、军事、司法大权的官僚机构中，虽然他们都选择了服从在以自己为首的最高利益格局下，但体现在具体方面，各方需要表述出来地愿望和诉求却各不相同，有些甚至迥然各异相互矛盾。
军队中这方面的表现相对和缓，但竞争和挑战一直存在。以梁崇信和崔文秀各自为首领的军方渐渐也形成了最大的两个派系，其他派系大多附从于这两方，梁崇信一系在新帝国陆军中有着相当大的影响力，高岳族出生的将领都更支持梁崇信，而游牧骑兵则毫无悬念的更亲近与崔文秀。而海军体系的建立也带来了新的问题，雷苍圃为首地海军系并没有能够真正统合整个海军力量，帝国旧有水军力量形成的帝国系渐渐成为一支可以和雷苍圃为主的长风系隐隐相抗衡的力量，而他们联合起来则成为独立于陆军之外一支重要力量。
这种军队中的派系之争事实上在无锋眼中并没有什么不得了，对于战略战术运用看法不同自然会有争论的存在。梁崇信和崔文秀对自己的忠诚和两人之间的私交良好以及自己在军队中的绝对超然地位保证了帝国军队不会有任何违逆自己意图的声音存在。
相比之下，在政府事务方面地派系斗争就要复杂许多，涉及到太多势力和阶层的利益，官员们对于政见的不同，出身的体系不同，都可能会成为这些问题存在的原因。好在萧苏二人在这一点上还能够保持相当清醒地头脑，虽然下边的郡府这两级的官员们都已经或多或少的出现了一些这样苗头，但是在政务院这一级却还是保持着相当的统一，这让无锋很是欣慰。
在柏元重事件和武直事件之后，许多官员们也看到了无锋在这方面的忌讳。没有人再敢轻易去敲木砖，无锋也在多个场合或轻或重或明或暗的敲打各级官员，要想担负起更重要地责任，那就要展示自己的才能，安于忠于勤于本职工作。这三于才是升迁的唯一途径，要想走其他邪门歪道，等待他的只有帝国监察院的囚笼。
关于司徒家族以及唐河帝国原有大贵族地位问题一直是帝国政务院和司徒玉棠与帝都内大贵族们谈判的焦点问题，虽然在许多问题上双方已经达成了一致意见，但在贵族爵位的存留上双方却是各持己见。
帝国政务院坚持大唐帝国不会承认唐河帝国的贵族身份，他们只能按照帝都普通居民享受同等待遇，但是他们原有财产可以得到保留。帝国将保护他们私人财产的合法权益，所有在新帝国成立之后针对他们的刑事和民事诉讼将都按照原唐河帝国法律处理，而在帝国监察院和审理院（大法院）成立之日起发生的一切刑事民事事务则须得按照大唐帝国新的法律来处理。
这在一定程度上满足了原唐河帝国贵族士绅们的要求，毕竟随着改朝换代，许多曾经是他们的佃户、奴隶、工户等下等人都有可能通过加入西疆取得了更高的地位，要求反攻倒算重新清算冤假错案的呼声也是日渐高涨，尤其是一些涉及非法霸占、非法兼并、强买强卖类的民事案件和涉及人命的刑事案件更是成为了焦点。随着帝国监督院和帝国审理院（大法院）的建立，几个巡回监督院和巡回法院以及府一级的审理庭（法庭）都开始建立起来，这些措施都得到了据说内定为帝国首任法务大臣莫伦的全力推动。
莫伦对于帝国监督院和帝国审理院（大法院）的建立给予了高度肯定，并建议赋予监督院和审理院（大法院）更独立更宽泛的权力，甚至建议帝国监督院和帝国审理院（大法院）可以不受其他任何权力限制，独立进行监督和审判，但这个建议遭到了帝国政务院以及帝国上下的强烈反对甚至没有获得任何一个人的支持而不得不作罢。
虽然在唐河帝国贵族的财产权力得到保证承诺的同时，帝国政务院也坚决反对给予唐河帝国贵族以任何政治上的特殊待遇，更不会承认唐河帝国贵族原有贵族身份，截至目前为止，整个新帝国内除了原巴厘亚公国大公穆图、捷洛克公国原大公艾伦以及游牧民族部落酋长和西域诸府原有几位国主的贵族地位可以获得保留之外，所有任何人的贵族身份都必须经过帝国皇帝的重新认可，而这种认可的要求和条件按照帝国政务院礼务部的设定，将会是相当苛刻的，除了对大唐帝国作出了巨大贡献的人士，其他像唐河帝国原有贵族几乎就直接被排除在了这个范围之内，这也包括司徒家族在内，除非他们通过其他渠道对新帝国作出了贡献。
在这一点上双方的争执相当激烈，唐河帝国贵族士绅们的代表甚至不惜以抵制新帝国的产生为要挟，虽然他们也知道他们的抵制并不能阻挡新帝国的产生和李无锋的登基，但是他们也同样清楚李无锋绝对不愿意在这种时候见到帝都之内出现这样不和谐的气氛。
司徒玉棠夹在这中间显得相当尴尬。帝国礼务部已经明确了她的皇贵妃地位，这是仅次于皇后的尊贵身份了，在原西疆体系中不断高涨的反司徒家族呼声以及一些重要官员认为司徒家族成员不宜在无锋后宫中取得过高地位的意见下，能够获得这样的殊荣已属不易，尤其是司徒玉棠前期在西疆的表现让很多一直追随无锋的宿臣宿将们颇为不满。
而司徒家族和唐河帝国的大贵族们也对司徒玉棠施加了很大压力，在他们看来司徒玉棠既然能够取得这样尊贵的身份，那也代表着李无锋已经接受了司徒家族和唐河帝国贵族们的输诚，同是唐河帝国士族出身的李无锋也应该给予唐河帝国贵族以一些特殊的待遇，而不能将他们与普通平民混为一谈。
尖锐的对立让司徒玉棠左右为难，她清楚这个问题不是自己能够决定的，无锋既然确定了这个原则，要想推翻只怕也是不可能，但是要让曾经高高在上的司徒家族和唐河帝国大贵族士绅们一下子变成和市井小民一样，这种巨大的反差也是这些人们无法接受的，如何让双方作出一定妥协令司徒玉棠焦头烂额。