邓艾在即得不到庐江陆康的军事支持，又得不到鲁肃、蒋钦水军的支援，在巨大的伤亡面前，强攻水城半月后，不得不暂时退兵，打算先坚守住居巢，等鲁肃那边能腾出兵力、战船时在再行攻夺水城。
但此时孙策却不依不饶，乘胜出兵攻打居巢。张纮也在得知曹操出兵徐州的事情，丹阳暂时无援兵可调后，同意趁此机会夺取居巢，一统巢湖。但邓艾也不是软柿子，能随意让孙策拿捏。在他有效的组织和鼓舞下，利用手上不占优的兵力，锵锵挡住了孙策的反击。并从宛陵调来了几枚“飞矛腿”搁置在居巢的陆地上，对孙策的登陆部队和湖中战船，进行了一番撼动心肺的打击。
孙策极其部属均未见过如此威力巨大的武器，这一威慑力对孙策的士兵打击很大，又加上攻打半月有余，均无法破城，宛陵又在此时从其他各县抽调了一部分兵力，派出杨车率领对居巢进行了支援。孙策、张纮均感这样下去对他们很是不利，于是就退了兵。
而宛陵此时也因为广陵等出产火药原料的各地都出现了战事，制作火药的原料一下子陷入了短缺的尴尬境地。祢衡不得不缩紧炸药在战事中的消耗，自孙策退兵居巢时，宛陵库房内已无存制的火药，小型炸药也在前次的曲阿战役中耗尽。当然这事只有他一人和远在邺城的曹智知道，这项秘密武器的家底本就属于高度机密。目前宛陵库房中只剩下了十多枚";飞矛腿";。
但威力巨大的";飞矛腿";在居巢的实际运用中，也碰到了问题。";飞矛腿";是曹智根据现代导弹的模式，设计出来的。但现代导弹是通过多少科学家的精心研究，运用了多少高科技手段在里面的东西，岂是曹智这个小警察所能模仿来的。
曹智的仿制产品也就是枚威力巨大的大鞭炮，而这种大型“飞矛腿”大炮仗，因为过于巨大，需填充的火药不是个小数目，而很少进行试发，真正用于实战，也就是曹智围攻寿春那会儿，胡乱打了两枚，倒是很成功。
但在此次居巢的实战运用中，出现好几次意外。第一是它的方向性实在难以把握，他在发射升空后，经常曾无规则、无轨迹飞行，飞行距离也很难控制，只能由他飞到那，炸到那，对目标的把握实在难以控制。甚至有两次还发生了倒飞，对本部人马造成了一些伤害。
另一个不利于巢湖水战的重要原因是：这种“飞矛腿”引线时间过长，在对水面战舰的攻击中，起不到很好的效果。邓艾共对云集居巢湖面的孙策敌船发射了三枚“飞矛腿”两枚在引线未燃尽就一头扎进了湖水中，导致火药受潮，没有炸响，只有一枚运气比较好直接砸中一艘孙军的船只，把那艘船炸了个灰飞烟灭。也因为那一炸，吓坏了孙军士兵。他们没见过把人炸的连块整肉都没有的，这种能绝对灭杀人类肉体的超常规武器，对孙军士气产生了很大的打击，也是最终促使孙策撤兵的主要原因。
但心知肚明这种武器的诸多缺点的邓艾，其实这时已经不再敢用它对敌了。但幸运的事，孙策此时因为缺乏破敌之术，张纮等谋士、将领也想不出卓有成效的办法攻破居巢，只能撤兵了，从此也使孙、曹两军就居巢为分界线展开了长达半年之久的对持，为曹智的率部回归赢得了时间。
其实纵观整个巢湖战事，闹到最后最得益的要属陈瑀了。眼看就要被袁术抽筋扒皮的陈瑀，随着孙策的介入巢湖，峰回路转，孙策竟未乘势一举歼灭他和他的部属，让他有个月余的喘息良机。
陈瑀在从寿春败逃合肥时，只剩下二千军士，合肥也算屯有三千军甲，但两军合并，也就五千人马。而且此时陈瑀的军心涣散，士气低落，对能不能守住合肥都信心不足。
而对于丹阳能和他守望相助的期望，也在巢湖受到攻击及很快的沦陷后，他就破灭了这一希望。其实陈瑀在发现乔玄一家失踪后，就知道可能是曹智干的，那是他唯一牵制曹智的砝码。但当时他实在无力追查此事了，因为眼看着寿春就要被攻破，他只能赶紧先逃命。
果不其然，在他奔逃合肥的路上就向丹阳，向曹智求救。丹阳也给了他回应，说是曹智不在家，远征去了，没空救他。之后又发生了曹智自己的地盘都被人占了，哪就更没功夫管他了。
陈瑀在得知巢湖被侵占时，心情很复杂；有几分幸灾乐祸，还怒骂曹智没信用，想看着他灭亡，结果自己被人捅了一刀。同时又有几分绝望，巢湖这块地方对驰援他陈瑀来说是唯一又快又近的最好途径，现在被孙策断了，曹智有心也不能派兵来援。
但老天是垂青他陈瑀的，孙策竟放着弹指可破的合肥不攻，先是撤兵去了濡须坞，还在那屯兵良久，一副对庐江虎视眈眈的样子，后又跟曹军在居巢开战，打了个不分胜负，讪讪而退。
这段时间给陈瑀以喘息的机会，虽说合肥依然被围，但几乎在接下来的一个月中双方就这么对持着，没发生过冲突。陈瑀利用这段时间，抢修工事，加固了合肥的防御。
合肥城是在邓艾的主持下新建的一座城池，曹智对这座处在交通枢纽上的重城投入的不少，虽说在邓艾他们离开时，只修建了一半，但工程质量应该说是和寿春一个档次的。
陈瑀接受合肥后，又接着修完了另一半，在通过这一段时间的加固，任何一支军队想轻易攻破合肥，是不容易的。
正当陈瑀没事偷着乐的时候，孙策结束了居巢战事，又把目光转回了合肥。这让陈瑀再次陷入紧张中，但幸运之神再次光顾他，孙策的大军并没有马上出现在他合肥城下，而是来了孙策此时的帐下第一谋士张纮。
张纮带着孙策的亲笔信函是来与陈瑀和谈的，张纮告诉陈瑀他家主公孙策愿意与陈瑀和谈，双方没必要再打打杀杀，孙策已和袁术谈妥，只要陈瑀愿意投降，可放他一条生路，并继续重用与他。
陈瑀起初不同意投降，他又不傻子，袁术是什么人，他陈瑀最清楚不过，出尔反尔是他袁术贴在脑门上的标志。
张纮不能帮孙策想办法攻破居巢，但劝服个陈瑀还是不在话下的。张纮先从陈瑀与孙策、袁术实力不相当入手，告诉只要孙策率军而来，攻破合肥只是时间问题。而且陈瑀不但只有五千军马，还军心不稳，真是不易在和任何人开战。城破之时，陈瑀只有做刀下亡魂，不像现在还有讨价还价的机会。第二，陈瑀也看到了孙策故意撤兵合肥，给陈瑀喘息的机会，其实就是钦佩陈将军的老当益壮和雄才伟略，希望能有朝一日能和陈将军共同征战沙场。
这两点，对陈瑀产生了些许影响和诱惑，张纮在话语中也明白无误的暗示了陈瑀什么。
陈瑀自是听明白了张纮的明示、暗示，当然陈瑀并没有马上答应张纮，而是留他住下，聊了三天。
三天后，陈瑀和张纮达成一份秘密协议，陈瑀不像袁术投降，而是向孙策投降。但在协议中孙策保证不将他交给袁术制裁，也要隐瞒和保密他的存在，并在协议上声明将来一定要反叛袁术，进行自立。而孙策必须答应陈瑀能继续屯留合肥，合肥继续归他治理。这与其说是陈瑀投降孙策，还不如说两人来了个内幕交易，各取所需的得到了自己想要的结果，而且在一式两份的协议中又都有辖制对方的条款，想来是份皆大欢喜的协议。
在陈瑀看来这件事也应该无懈可击，但在他和孙策达成协议两个月后，他就莫名其妙的中毒暴毙于家中。不光是他，他的家人也在这场劫难中无一幸免，通通暴死家中，府内上上下下也被翻查了个遍，不知害死陈瑀一家的人找到他想要的东西没有......
在巢湖的这场风波趋于平缓时，身处邺城的曹智又遭遇了种种计谋。
相对于曹操的不屑一顾，陆康的龟缩不出，曹智在接到第一份关于孙策到达巢湖的情报时，就预感到了不妙。他那时像立刻抽身返回，但因为由高览带路，也因为曹智心急，他率领的大军走得太快了些，送信的士兵在他后面紧赶慢赶，吃了一路的灰，还是晚了。曹智接到这份晚来的情报时，人已到邺城不到十里的地方。
曹智这时还未等到后面水城失陷和李虎战死的消息，但已预感到孙策这头猛虎已觉醒。他一直知道孙策会有所作为，在别人不看好他时，他已预知了历史，但曹智一直认为他要过江南下发展，应该在短期内不会和他有利益冲突。因为他一直只是盘踞着江南的丹阳一域，他扩展巢湖、历阳等地，也是往北发展的方向，应该和江东猛虎孙策的地域是背道而驰的。再说他自认为一直和孙策处的不错，他们算是朋友。孙策在历史上被说得如何如何英雄了得，重义气云云，在曹智想来孙策不会拿他这个朋友的地盘开刀。