日本航母上派出的舰载攻击机也损失惨重，总共有204架各型舰载机被击落，占到舰载机总数的一半多。当然这笔买卖还是滑算的，因为它们总共击沉了28艘美国军舰，以及200多架美军战机。这个战果很丰硕，186架日本舰载机才值多少钱？按6万美元一架计算，才一千万美元出头。但是美军战舰和战机的价值就远远超出这个数，至少是二十倍。
三个小时后，美军特混舰队总算把两千多落水的舰员全部救了起来。但是他们也跟日本海军联合舰队第二路纵队的主力遭遇了！现在双方的力量差距太悬殊了，日本方面有四艘大型航空母舰，还有近百架舰载机可以作战。1艘大和级战列舰，2艘大型巡洋舰，24艘驱逐舰，8艘潜艇。
美军第79特混舰队只剩下除了2艘主力航空母舰，还有阿衣华级战列舰2艘，巡洋舰4艘，驱逐舰10艘，潜艇8艘。拳师号航空母舰只能以8节的速度航行，完全成为了海上的一块靶子。不但如此，美军第79特混舰队已经没有一架舰载机可用，完全失去了制空权。
战斗首先是日军的舰载机再度袭来，同时水下的潜艇也开始战斗。
战后不少日本人都觉得二战中日本的潜艇部队确实战绩太少了，本质上还是潜艇性能和人员的作战使用两方面造成的，特别是对潜艇的不合理使用。日本在二战中的潜艇使用和它的盟友德国比起来是相差甚远，不是用潜艇去攻击美国的商船，而是直接在战区与美国的军舰进行交战，结果自然是当成美国驱逐舰的活靶子了。
日本人的潜艇在性能上和美国人的潜艇还是有不小的差距，所以战斗一打响，日本的潜艇就开始被美军潜艇击沉。第79特混舰队的“鼓鱼”级艇拥有作为“舰队型潜艇”具有的更高航速和更大航程，鼓鱼级潜艇雷达侦察距离为3026米，声纳探测距离为3600米，就是说声纳距离比雷达距离更远。当鼓鱼在水面上行驶时，是雷达先点亮水面军舰。
它们最先与日本舰队遭遇，因为它们要负责航母编队的防御，所以就在航母编队外围三十到五十海里的地方活动。这些美国潜艇最早发现日本的舰队逼来。其中一艘ss-198号潜艇最先发现了日本人的潜艇，它立即向舰队司令部报告了这一情况，并判断日本航母编队主力就在附近。
这一发现倒是为美军第79特混舰队赢得了一点准备时间。日本人的两波空中攻击过后，斯科特少将最担心的就是日本航母舰队再发动空中袭击，还好日本人的舰载机没有来，也许是日本人正在做准备吧。不过现在双方既然已经相距不远，那么一场大海战就不可避免了。
斯科特少将命令所有的潜艇都前出，伺机偷袭日军舰艇，最好是能够干掉日军的航母。
得到命令的ss-198号潜艇立即对日本人的潜艇发动突然袭击。只用了一枚鱼雷，就让日本人的潜艇沉入海底。
美国潜艇的艇长们在首次与敌舰接触时多半过于谨慎，这可能是来自攻击敌水面编队的危险性被过分夸大的原因。由于一旦被击中就意味着灭顶之灾，美国艇长们总是在足够安全的水下深度和足够远的距离上用水声探测器寻找目标，这种攻击往往很难奏效。美国潜艇前几次与敌舰遭遇均来自100英尺深度以下的声纳接触，艇长们没人愿意打破长久以来的作战定势而上浮到潜望镜深度或浮出水面展开攻击。这样，部署在珍珠港的11艘美国潜艇的首次战斗巡航仅取得击沉4艘敌舰的战果。
不过现在他们也学会了用最好的办法来偷袭日本人的舰队。他们很快就干掉了外围的日本潜艇，对于美国潜艇来说，日本人那些潜艇部队完全就跟傻瓜一样。
日本潜艇在技术上有其自身缺陷和战术运用失当，单纯追求输出功率，使自行研制的柴油机噪声巨大，美军声纳人员称：日本的潜艇航行如同敲着大鼓行进。日本海军对潜艇没有合适战术，发挥的作用有限，只按固定思维将潜艇用于进攻防守严密的美军舰队。所以日本的8艘潜艇在很短的时间内就被美国潜艇干掉了！
发现这一状况，角田少将急忙命令舰队里的驱逐舰前出，搜索美军的潜艇并将其击沉。因为对日本航母编队来说，现在对他们具有一定威胁的就只有美军的潜艇了。对于美军的水面战船，角田少将一点都不担心，他会用大和级战列舰还有其他军舰上的大口径舰炮让美军军舰最终全部沉入太平洋海底。况且，他还有舰载机部队。
日本的航母上，舰载机们又做好了准备。整个编队全速航行，向美军舰队逼近。一架架99舰爆和97舰攻再次起飞，准备进行第二次空袭，现在它们不需要担心来自空中的拦截，因为美军的舰载战斗机已经全部完蛋了。飞行员们只需要注意不被美军军舰上的防空炮火击中就可以了。
驱逐舰们也开始在航母编队周围寻找美军的潜艇，双方的最终决战马上就要开始。
突然，日军舰队里的加贺号航母舰体底部发出一声强烈的闷响，整个舰体都抖动了一下，舰员们都惊恐无比！原来是一枚美军潜艇发射的重型鱼雷击中了加贺号的舰尾底部。这一枚鱼雷威力颇大，直接就把加贺号的推进系统摧毁了，加贺号上的舰员们顿时感觉正在全速航行的航母一下子就慢了下来，失去动力的加贺号只能漂在海面上了，就连正在起飞的舰载机也掉了两架。
现在舰员们最为担心的是美军潜艇继续向他们发射鱼雷，不过他们的担心马上就变成了现实。这艘美国潜艇发现了日军航母，艇员们都兴奋得不行，只要能够击沉日军的航母，他们的舰队就还有希望。所以当第一发鱼雷把加贺号击中，并让其失去动力后，他们又发射了第二枚和第三枚鱼雷。