杀死秦凡对于SEELE来说势在必行，然而想要让秦凡死的却不只SEELE一伙人，有着自己目的的碇真堂同样视秦凡为眼中钉！
和SEELE不同碇真堂有着属于自己的补完计划，他不同于SEELE这些已经舍弃了身体的变哔态佬们，拥有正常身体的碇真堂可不希望活在如电脑游戏之中的虚拟世界里，因此在碇真堂的计划里，人类补完不是单纯永生而已，而是超脱，是成神。
从死海文书上他获知莉莉丝和亚当分别代表了智慧果实和生命果实，而获得单一果实的他们其实只能算是比较强大的生物而已，只有将两种果实集合起来才能变成真正意义上的神，而他所谓的补完不是将现有的人类补完，而是产下完整的“人类”因此他所需要的先决条件则是1杀死所有使徒，原因和SEELE相同，2融合了完整莉莉丝的碇唯！3融合了完整亚当的自己！
上面说的完整并不是说完安正的身体，而是躯体和灵魂的意思！
对于碇真堂来说，现有的人类只不过是神所创造的残缺品而已，没有生命果实这些人类的不完整终将被淘汰，新生的完人，或者说神，将代替原本的残次品！
因此，碇真堂这些年一直瞒着所有人偷偷施行自己的计划，碇唯的灵魂融入以莉莉丝部分身体制造出来的初号机，以碇唯基因创造的灵魂容器凌波丽以及凌波丽身体中莉莉丝的灵魂，自己的身体与灵魂，被封印在自己右手的亚当胚胎，还有一直被SEELE掌控的亚当灵魂！
所以碇真堂和SEELE的计划其实只有两处分歧，第一个就是他需要的不是莉莉丝而是初号机，因为初号机本身是莉莉丝部分身体创造的，其中也包含智慧果实的力量，而最为重要的是初号机之中有他妻子碇唯的灵魂！
其实在这一点上SEELE也可以选择初号机，原著之中因为朗基努斯之枪无法收回后SEELE就放弃莉莉丝本体选择初号机，当然之所以那样也是在碇真堂的谋划，而碇真堂之所以会这样做正是因为第二个分歧，因为他的计划是利用生命和智慧果实的结合产下全新的人类，因此朗基努斯之枪的抑制对他的计划来说就是一大阻碍，朗基努斯之枪必须清除，当然这个时候朗基努斯之枪还位于南极，但即便如此碇真堂也同样觉得不保险，必须将这支枪毁掉或者丢出地球否则他很难安心。
SEELE虽然势力强大但是由于他们本身都没有身体，所以他们只能遥控其它人或组织完成他们的计划，就比如NERV就是他们创建帮助他们完成人类补完计划的下属组织，碇真堂这个总司令对于他们来说就好像是SEELE的手和眼一样，替他们掌控NERV，可是当手和眼有了自己的思想想要瞒住他这个大脑却也是易如反掌，因此碇真堂想要完成自己的计划根本就不需要自己谋划，只要顺着SEELE的计划稍作改动就可以了！让别人去筹办婚礼嫁衣而自己假装帮忙却是没有人知道真正的新浪真是自己这才是真正完美的计划。
不管怎么说，碇真堂很有信心在SEELE的眼皮底下完成自己的计划，就好像一部戏的剧本都已经编写好了，只要让演员就绪将整部戏剧演完，最终的结局必然就是自己想要的那个，可问题是偏偏这个时候，却是有个跑龙套的乱入，而且这跑龙套的后台还贼硬，他这个编剧加导演此时却是不得不将剧本重新改写。
“碇！真的有必要这样做吗？”司令办公室内，冬月看向碇真堂开口说道。
这些天这位总司令的行为的确有些反常，不但将凌波丽独自派遣外派任务而且竟然还秘密下令将初号机转移出NERV，这样大的动作而且还需要瞒过所有人，施行的难度可想而知，恐怕也只有自己这位老友有这样的手段和能力搬到，可紧紧是因为那个人真的有必要这样做吗？更重要的是没有了凌波丽和初号机，NERV内部将没有可以使用的eva，那么如果那个叫做秦凡的外来者暴走，NERV又该拿什么抵抗呢？
“本来丽就算不离开也是可以的，不过律子恐怕已经不可信了，而交由律子维护的傀儡系统可能也没有办法使用，因此丽也不能再有闪失！”碇真堂语气低沉的说道。
“你是说律子背叛了我们？怎么可能？”冬月有些惊讶的说道。
“可不可能不重要，重要的是我已经不信任她了！所以丽和初号机必须转移！”碇真堂斩钉截铁的说道。
“那如果要是又有使徒出现呢？委员会那边你准备怎么应付！”冬月开口说道。
“委员会那边不是准备了备用翻案吗？既然他们想要分一杯羹，那就交给他们好了！”碇真堂冷冷的说道。
“你是说那个希望计划吗？那种东西真的可以阻止使徒吗？”冬月开口说道。
“不去试一试他们是不会甘心的，想要前进总是需要一些东西来填补道路上的坑洞，我们的任务只要把握好方向盘，不要迷失了最终的目标就可以了！”碇真堂目光淡然的说道。
NERV傀儡屋.....
“很不错的机器，不！简直就是天才，这是你设计的？”戴安娜一边检查着这台灵魂提取机一边不时的发出一声声感叹。
“是我母亲的发明！”赤木律子表情冷漠的说道，虽然不知道眼前的这个白人女性到底是什么来头，但既然是主人要求她进行配合那她也只能选择照办了。
“你的母亲真是一位伟大的科学家，她的这个理论简直就是跨时代的，如果这个机器真的可以使用的话，那代表科技进入了另一个层面，理论上就算是让人类永生都可以做到。”戴安娜激动的说道。
“不可能的！灵魂虽然可以被提取并且封印进入一个载体之中，但我们只能做到这点而已，可是被提取出来的灵魂都会进入一种假眠的状态，我们根本没有办法让其与外界沟通，就好像对方陷入了沉睡一般，这种情况其实和死了也没有什么区别！”赤木律子开口说道。
“是这样吗？”一边查看这手上电脑的信息戴安娜却是兴趣不减的说道：“没关系，或许在这一方面我可以提供一些帮助也说不定！”