李鸿章接到了丁汝昌的电报，说是水师学堂的陆军学员组成的部队愿意接管旅顺基地的防守，正在愁鸭绿江沿岸防御兵力不足，现在有人愿意接管旅顺基地的防务，正中李鸿章的下怀，也顾不得考察水师学堂的什么陆军有没有守旅顺的实力，马上发电报让北洋水师护送水师学堂的陆军马上出发到旅顺，和旅顺的驻军换防。
丁汝昌接到李鸿章的电报，马上让林大鑫尽快把水师学堂的陆军送到旅顺去！
林大鑫得到李鸿章同意水师学堂陆军部队接管旅顺基地防务的消息，决定让水师学堂陆军整编第一师和整编第三师去旅顺，林大鑫把第一师的师长吴佩孚和第三师的师长倪凡叫到水师学堂内的办公室。第三师的师长倪凡也是教导队一期的，山东济南人，是5个师长中身高最高的，脾气也是5个师长中最火爆的！
林大鑫看着吴佩孚和倪凡两人开口说道：“现在决定由第一师和第三师到旅顺接管防务！吴佩孚为旅顺防区总指挥，倪凡为副总指挥！说实话，我不太看好鸭绿江的防线！如果鸭绿江防线被突破，日军很有可能长驱直入，进攻旅顺基地！你们两人要做好打大战的准备！”
吴佩孚和倪凡两人“啪——”的一声，双脚一并和，气势如虹的说道：“校长放心！我们保证把旅顺守的固若金汤！”
林大鑫点了点头，他也相信两个整编师36000余人一定能守住旅顺。林大鑫接着说道：“而且第一舰队会抽调定海舰、镇海舰、威海舰、立海舰和4艘鱼雷舰，第二舰队会抽调经过抢修已经恢复战斗力的云海舰和4艘鱼雷舰组成旅顺守备舰队，守备舰队的指挥官是水师学堂总教习于傅！旅顺守备舰队会护送你们去旅顺，并且留在旅顺和你们一起防守！”
吴佩孚和倪凡点了点头，有水师学堂的军舰在海上，整个旅顺的防守就更加坚固了！
林大鑫又说道：“你们到达旅顺后，旅顺大部分的驻军都会开赴鸭绿江沿线，但是炮台的守卫部队会留在旅顺，你们到旅顺以后，拿着提督大人的手令，把炮台也接管了，那些炮台的淮军兵丁也都是训练多年的炮手，有机会就把这些炮手收编了！”
吴佩孚和倪凡点头表示一定把这些有经验的炮手，收编到两个整编师！
水师学堂海军抽调军舰组成的旅顺守备舰队，而抽调了第一舰队和第二舰队多艘军舰后，林大鑫又把两支舰队的军舰重新分配了一下，把第一舰队的旗舰兴海号和安海号抽给了第二舰队，而由4艘俘虏意大利铁甲战列舰重新组成了第一舰队。
原意大利铁甲战列舰排水量15900吨的勒班陀号，被林大鑫改名为飞熊号，成为第一舰队新的旗舰，蒋晨继续留在第一舰队担任旗舰飞熊号的舰长。
原意大利铁甲战列舰意大利号被命名为飞虎号，舰长是教导队一期，原来第一舰队在海战中沉没超海号的舰长闻彧。本来因为自己的战舰沉没而十分郁闷的闻彧，没有想到天上突然掉下馅饼，自己成为了一艘排水量15407吨的铁甲战列舰的舰长！高兴的闻彧立刻请了几位教导队一期的同期好友到威海卫城内最好的酒楼大吃了一顿。
原意大利铁甲战列舰排水量12264吨的杜利奥号改名为飞鹰号，教导队一期的马岩被林大鑫任命为飞鹰号的舰长。
原意大利铁甲战列舰排水量12461吨的恩里科号改名为飞狼号，教导队一期的甄理被任命为舰长。
4艘强大的铁甲战列舰组成了水师学堂第一舰队，使得第一舰队成为了战列舰编队。
而第二舰队调入兴海号和安海号两艘装甲巡洋舰后，第二舰队拥有5艘排水量7000吨左右的大型快速装甲巡洋舰，1艘4000多吨的快速中型装甲巡洋舰，2艘排水量3000多吨的快速防护巡洋舰，使得第二舰队成为一支拥有8艘航速都在20节以上的巡洋舰，成为一支快速巡洋舰队。
第一舰队和第二舰队剩下的8艘鱼雷舰和原来北洋水师比较先进的12艘鱼雷舰组成了一支雷击舰队，这支雷击舰队也被丁汝昌划归到了林大鑫的水师学堂名下。
在水师学堂陆军准备出发的前夕，意大利公使竟然来到了威海卫，向北洋水师索要4艘铁甲战列舰。丁汝昌让意大利公使去水师学堂找林大鑫，4艘铁甲战列舰现在归林大鑫指挥。
当然意大利公使没有如愿，在林大鑫这里碰了钉子，走的时候叫嚣的要让北洋水师付出代价，被一脸不耐烦的林大鑫派人给轰出了水师学堂。
1894年10月1日，水师学堂的旅顺守备舰队护送着装载着整编第一师、整编第三师36000余人和装备的20艘运输船，开往了北洋水师旅顺基地。
这20艘运输船有15艘都是林大鑫名下造船厂新建造出来的。
这些运输船排水量都是700吨，航速最高可以达到18节，船上的小型汽轮机和小型锅炉都是林大鑫名下的机械装备制造厂生产出来的。船上的钢板也是林大鑫名下钢铁厂的产品。
整艘运输船可以说是纯大清产的！其他5艘运输船是北洋水师的船。
威海卫距离旅顺从海路走，并没有多远，时间不久，舰队就到达了旅顺港口。
运输船直接停在了旅顺港口上，水师学堂第一师和第三师的陆军学员陆续从运输船上下到港口，按编制整队之后向旅顺的兵营和炮台行进。
吴佩孚和倪凡带着师部的人员进入了旅顺城，和一脸铁青的旅顺总兵徐邦道完成了交接手续。怪不得旅顺总兵徐邦道脸青，因为有水师学堂陆军接管旅顺的防区，他们这些原来旅顺防区的清兵就被调到前线的鸭绿江沿岸。
现在鸭绿江沿岸战云密布，日本人随时可能进攻鸭绿江一线，此时去鸭绿江危险重重，马上就得带兵去鸭绿江的旅顺总兵徐邦道脸色好才怪呢！
但是军令难为，旅顺总兵第二天就带领着大约13000清军，离开了旅顺，向鸭绿江防线前进。船厂、机器局等旅顺重要的机构也被水师学堂的陆军接管了过来。
留在旅顺的2000余名炮台的淮军兵丁，在吴佩孚果断的枪毙了2名闹事的军官后，加上知道了水师学堂陆军的高薪待遇后，被整编第一师和整编第二师的炮兵部队收编了！
不差钱的林大鑫对自己手下的部队非常大方，陆军一名士兵每个月都有6两银子的津贴，班长的津贴则有8两银子，级别最高，补贴越高，像吴佩孚这样的师长每个月的津贴可以达到80两银子。
海军的津贴比陆军稍微高出了一些，一名普通的水手每月津贴是7两银子，班长级别的津贴是9两银子。
而且战死或者伤残了，林大鑫也不会不管了！在海战中战死的学员，林大鑫给他们的家属每家500两银子，发给了一块烈士家属的牌匾和证书。以后这些烈士家属可以凭借证书，每年都可以到水师学堂领取一份烈士家属的补助。
在海战中有残疾的海军学员，愿意继续留在军队的，林大鑫安排他们到水师学堂的后勤部门，交给了自己的表哥王岩。不愿意继续留在部队的，林大鑫把他们安排到了自己的工厂中，做些力所能及的工作。
旅顺炮台留下的2000余名大部分都是炮兵的淮军，听到水师学堂陆军的待遇如此优厚，争先恐后的愿意加入水师学堂。