“苍龙丸”号陡然停止了上浮，艇身晃了晃，但仍在快速向后退去，伊东佑直顾不上去擦脸上的血，猛地冲到潜望镜前，升起了潜望镜，快速的转动起来，观察着周围的情况。
伊东佑直首先看到“比睿”号和“金刚”号相继向这边冲了过来，他立刻将潜望镜对准了“扶桑”号。
潜望镜中，“扶桑”号明显的倾斜了，伊东佑直能够看到舰体水下进水产生的漩涡将一名落水的政府军水兵吸走，禁不住长出了一口气。
他知道，“扶桑”号肯定是完蛋了。
“击沉敌舰了吗？长官？”有人兴奋的问道。
“敌舰受到了重创，浮不了多久了！”伊东佑直兴奋地回答道。
“万岁！”听到长官的回答，潜艇里的水兵们全都兴奋的高呼起来。
伊东佑直压抑住内心的激动，定了定神，开始确定撤退的路线，防止和赶来的已方战舰碰撞。
在伊东佑直的指挥下，“苍龙丸”又倒车后退了一会儿，伊东佑直才下令停止倒车，并重新调整了航向，改为前进的状态。
确定了航向之后，“苍龙丸”又开始快速前进，这时伊东佑直感到眼前有些花，似有金星乱闪，他以为是头部刚才受到撞击产生的结果，没有在意，可当他看到操纵螺旋桨摇杆的一名水兵突然一头栽倒，这才发现有些不妙。
“田中，你怎么样？”伊东佑直大声问道。
“我……喘不上气来！长官……”叫田中的水手声音微弱的回答道。
伊东佑直这才发现潜艇内部的空气已然变得分外污浊。他意识到是因为作战的胜利让自己和大家过度兴奋，忘记了空气已经不足，他想起训练时林逸青的告诫（林逸青其实是吸取了“亨利”号的教训，当然伊东佑直不会知道），不由得心下暗自庆幸。
“升起通气管！”伊东佑直看了一下表示潜艇深度的仪表，大声的下令道。
两名水兵应声上前，奋力的摇动横杆，将通气管升了起来。蓦地，一股清凉的带着咸味的气流涌进了潜艇，让所有的艇员全都精神为之一振。
而就在这时。海面上传来了隆隆的炮声。
伊东佑直转动着潜望镜。立刻便看到“比睿”号炮口喷吐出的火焰。
此时在“比睿”号上，出羽重远看到一发发炮弹落在“扶桑”号的舰面爆炸，心中激动不已。
这艘政府军最强大的主力舰，多日以来。一直是他和东乡平八郎的心头大患。现在。终于就要毁灭了。
此时因这海水的不断侵入，“扶桑”号失去了航行能力。紧接而来的场面，是“苍龙丸”号内的人们很难想象的。“比睿”号和“金刚”号用近距离几乎百发百中的炮火轰击着这这艘军舰，“扶桑”舰的两座主炮塔因为舰体倾斜的关系，根本无法开火还击，只有75毫米舢舨炮和诺典费尔德机关炮在奋力还击，但抵抗很快便被“比睿”号和“金刚”号强大的炮火粉碎，为了防止“扶桑”号的两座威力巨大的主炮塔重新开火，“金刚”号在东乡平八郎的指挥下不断的向“扶桑”号剩下的两座科尔斯炮塔射击，由于“扶桑”号的舰体不断的倾斜，“金刚”很轻易的便用炮弹打中了两座科尔斯炮塔的顶蓬，让这两座炮塔失去了作用，接着“扶桑”号的弹药舱爆炸了，舰体进一步倾斜，舱面一片死寂，只有桅杆之颠的日章旗还在哀伤地飘扬着。
“金刚”号的飞桥之上，西乡隆盛看着被浓烟和火焰包围的“扶桑”号，眼中闪过不忍之色。
“敌舰已经没有抵抗力量了，停止攻击吧！”西乡隆盛叹息了一声，对东乡平八郎说道，“叫‘比睿’号也停止攻击，派人上去看看。”
东乡平八郎明白西乡隆盛的心意，立刻下令停火，并升起了信号旗，很快“比睿”号看到了信号，也停止了炮击。
不久，一艘“比睿”号的蒸汽舢舨靠近了四处起火的“扶桑”号，萨摩海军军官山崎少尉带着几名水兵爬上了“扶桑”号的舷墙，又顺着绳梯上到桅杆顶端，撕下日章旗，升起了一面“十字丸”军旗。
“这艘该死的船（指‘扶桑’）烧得很利害，根本无法靠过去，而且还冒着烟，我们被裹在烟雾里面呛得咳嗽……然而有一段时间我们总算登上了船。那是什么样的场面啊！真的，就在这时候，尽管他们行为卑鄙，我还是很同情这些可怜的敌人……甲板上到处都是尸体，有的人被炮弹打得稀烂，有的被火烤焦，有的被锅炉破裂被泄出来的蒸汽烫伤……”山崎少尉这样描述自己看到的景象。
就在萨摩海军官兵登上“扶桑”号之际，“苍龙丸”号潜艇也已经驶近了岸边，在浮出海面之后，此时天色已晚，太阳完全落山，天空一片灰暗，按照事先的约定，“苍龙丸”号向岸上发出了灯光信号，不多时，一艘蒸汽小艇驶来，将“苍龙丸”号拖向了码头。
“苍龙丸”号靠上了码头，伊东佑直和艇员们从潜艇里出来，大口的呼吸着外面的新鲜空气。
“看！那是敌舰吧！”一名艇员指着远处海面上的火光说道。
“是的。”伊东佑直平静的点了点头。
伊东佑直和艇员们上了栈桥，走到岸边时，赫然发现，林逸青正站在那里等候他们。
“大家平安归来！太好了！”林逸青上前，高兴的依次拍了拍伊东佑直和艇员们的肩膀，“敌舰完蛋了！你们大家立了大功！”
“我们开创了一个时代，是吗？将军？”伊东佑直晃了晃缠着绷带的脑袋。开心地笑着问道。
“是的！伊东君！”林逸青用力点头道，“你们开创了水下进攻作战的新时代！你们创造了奇迹！将永远的载入史册！”
听到林逸青的嘉勉赞美之言，伊东佑直和几名艇员竟然激动得流下泪来。
对他们来说，这样的话，胜过任何的奖励。
9079年（大乾光旭五年，日本明治十二年）6月13日的大阪湾海战，最终以“扶桑”号的彻底毁灭拉下了帷幕。
在这场打了整整一天的激烈海战中，明治政府海军损失了最后一艘主力铁甲舰“扶桑”号，此次海战“扶桑”号共计战死官兵121人，52人受伤。包括海军少将井上良馨和舰长坪井航三大佐在内一共117人被俘。而萨摩海军方面则以损失3艘杆雷艇、1艘杆雷艇重伤、1艘铁甲舰受损，战死官兵105人，79人受伤的代价，取得了这场关键性的海战的胜利。
大阪湾海战对交战双方来说都是一场至关重要的战斗。因为如果这场战斗萨摩军失败了。则海上通路势必会被截断。不但海军丧失了之前的优势地位，陆军的行动也将大大受制；而对政府军来方面说，这场海战的失败意味着在这场明治政府孤注一掷的大反击行动中。陆军丧失了海军的支援和掩护，为之后的全面溃败埋下了伏笔。
在这场海战中，交战双方都表现出色，萨摩军方面，为了击沉“扶桑”号，采用了多种战法，在出动了主力铁甲舰的同时，杆雷艇和潜水艇等新式兵器轮流上阵，并使用渔网缠住了“扶桑”号的螺旋桨，最终得胜，表明萨摩军战术新颖，擅长采用新战法战斗；政府军方面，“扶桑”号以一舰之力不但扫清了萨摩军的海岸炮台，还同萨摩海军两艘铁甲舰、四艘杆雷艇和一艘潜艇交战，并接连击沉三艘敌军的杆雷艇，最后虽然在萨摩军从水面到水下的立体攻击下失败，但其官兵作战之勇敢，炮术之优秀，都给时人留下了深刻的印象，可以说虽败犹荣。
“扶桑”号的毁灭意味着明治政府海军彻底失去了制海权，战争的主动权掌握在了萨摩军的手中，而大阪湾海战的失败，直接导致了明治政府陆军在战场上的溃败。
在“扶桑”号毁灭的次日，战败的消息便已经由逃回的“清辉”、“天城”两舰传回了登陆的政府军（因作战是在敌军侧后展开，是以名为“冲背军”）指挥部当中。“冲背军”参谋长儿玉源太郎得知后，下令封锁消息，为了稳定军心，他建议继续进攻，是以6月14日，“冲背军”的第五、第六旅团便加紧推进，而萨摩军中的土佐武士部队探知政府的大队援军正在北上，便向参谋本营报告，这引起了参谋本营的高度重视。经过商议，林逸青决定在依那古——青山町一带布置防线，阻击政府军。青山町地形险要，是西进大阪的必经之道（由于西南战争中在此爆发了激烈战斗，因而又被称为“地狱町”），当时加入大阪队第一小队的佐佐友房在《战袍日记》中讲到：“顾青山町为西山咽喉要道，取则胜，失则败。兵家所谓必争之地者也。如往昔山崎之役之天王山，殆是欤。”
萨摩军的计划是首先占领青山町，以此为前进阵地，14日推进到西河南岸，15日渡河进入青山。然而没有想到的是，政府军于15日拂晓抢先进入了青山，并在河岸构筑了胸墙。下午四时，双方爆发了战斗。萨摩军的三个中队从上游发动攻击，而佐佐友房所在的部队则从附近渡河，攻击当面的政府军。战斗没有进行多久，就因为夜幕降临而暂停。夜间，萨摩军放弃临时构筑的阵地，退回比土。当日，政府军战死325人，伤92人；萨摩军伤亡近300人。
次日，战斗首先在上林一带爆发。这是由于政府军第五、第六旅团相继推进，其一部向上林进发，剩余部队分为两个集团，第一集团由田边大佐指挥，第二集团由长谷川大佐指挥，分别向柏木和青山方向进军。而相对的。萨摩军投入了在正面的越山休藏指挥的三个中队，以及大阪守军的佐佐、深野、杉野诸队。此外，儿玉强之介率领的三个中队在西青山之间布阵。而萨摩军的主力则开始在依那古附近集结。
田边大佐的第一集团于凌晨四时开始行动，长谷川大佐的第二集团则于五时三十分开始出动。他们渡过西河，第一集团在田间展开，与越山休藏的三个中队相对峙；第二集团则在西面的平原上与大阪诸队相对。正午时分，第五旅团下属的近卫步兵第一联队加入了左翼的第一集团。越山的三个小队不支，向柏木撤退。政府军吹着喇叭追击，津森、高井两中队甚至追到伊势坂一带。在右翼，大阪队也在长谷川少佐的第二集团的压迫下。放弃阵地。逃往伊势坂。然而下午三时，第六旅团司令长官三浦梧阁少将意外地命令撤退，这让好不容易才尝到胜利滋味的第十四联队官兵十分不满，三浦梧阁少将屡下严令。并且许诺明日由十四联队担任先锋。这才使得十四联队后撤。
当日的战斗中。十四联队战死249人，伤155人，失踪72人；近卫第一联队死伤共计304人；第五旅团死122人。伤564人。获胜的也并不轻松。
那么三浦梧阁少将为何要在形势有利的情况下下令撤退呢？这大概是由于当日早晨四时三十分山县有朋发来的一份电报。其中提到，风闻萨摩军善从后路抄袭，因而要求三浦梧阁少将严加防守，尤其要提防萨摩军的夜袭。
萨摩军对16日的战斗十分不满，因而决心在17日大举进攻，一举攻占青山。为此，共投入了第一大队、第二大队、第四大队和第六第七联合大队的14个中队，约7800人。分为三个集群：右翼为池上四郎率领的三个中队，自柏木沿出云川南下，攻击青山的侧后；中央突破队为野村忍介的6个中队，从城山方面攻击政府军；左翼为村田新八的5个中队，从伊势出发，经明仓后再分为两路，一路从出云川下游的小川向开平原进发，另一路则从德胜寺、平野津从南面进攻青山。《西南战史》曾这样记述道：“十七日青山之战，萨摩军三路名将，各尽其精锐，一举决雌雄。”
政府军侦察队探知了萨摩军的动向，于是根据情报，政府军派出了两个大队，以一个大队守备青山，在其右翼则是近卫步兵一个大队，以侧击萨摩军。不知就里的萨摩军落入了政府军精心安排的陷阱中，在渡河时遭到猛烈侧击，顿时陷入混乱，只能由士兵们寻找遮蔽，自行还击。而政府军发动了几次反冲击，也被萨摩军击破。战斗进行的非常激烈，《战袍日记》记载道：“次日，敌军（政府军）亦善战。两军呐喊之声与炮声混杂，震天动地，硝烟弥漫，遮盖天空，日色为之黯淡。”战斗进行到下午，形势逐渐对政府军不利。此时第五旅团的黑川通轨少将从北面赶来，他以山炮3门加强第十四联队，第十四联队乘势从千叶村的山上发动进攻，与第二大队和第三大队从三个方面一起突击，第六旅团也派出一个大队绕至萨摩军左侧，截断了其退路。萨摩军虽腹背受敌，但仍死战不退，至六时，林逸青率6个中队的萨摩军来援，政府军终于不支，全线撤退，青山之战终以政府军的失败而告终。政府军损失部队近2000人，而三浦梧阁少将在当日的战斗中阵亡，对政府军来说更是一个沉重打击。不过，萨摩军也为此付出了相当的代价，当日伤亡人数在3000人以上，池上四郎和野村忍介都在战斗中受了伤。
青山之战的意义在于它扭转了整个战局的攻守态势。尽管萨摩军之前对政府军“冲背军”对大阪的攻击发动的反击未能取得效果，在青山之战前，政府军始终保持着攻势。而青山之战后，由于政府军海军的失败，失去了制海权，后缓不能到达，“冲背军”转而采取守势，从此一守再守，再也未能扭转被动防御的态势，直至失败。然而，此时的萨摩军距离全面胜利尚远，在前面等待他们的就是伊势坂的血战。
“冲背军”在青山一战失利后，退守到伊势坂、贺田、山川一线，将进攻权让给了萨摩军。而萨摩军也稍事休整，并没有急于发动进攻。就这样，这几天交战双方就在相对平静中渡过。6月22日，黑川少将（因为三浦少将战死，因而两个旅团都暂时由他指挥）决定“将青山屯在的第五、第六旅团分为本支两道，明日大举进击。”
6月23日，风雨交加。政府军还在休整，萨摩军已然兵分两路冒雨疾进，冲到了政府军的前沿。