第五战区和第九战区的联合作战点燃了全国民众的激情。南京南京这个沦陷了的首都牵动了太多人的神经，要是能夺回首都，那将极大的振奋人心。对于蒋介石而言，南京城中还有一个令他恨之入骨的人——汪兆铭，后者的另外一个名字更加为人所熟悉，那就是汪精卫。
汪精卫是一个著名的汉奸人物，在攫取国民政府的权利无果后，汪精卫1938年12月潜逃到了越南，发表了“艳电”，公开投降日本。1939年5月，汪精卫等赴日，与日本当权者直接进行卖国交易。回国后于8月在上海秘密召开伪国民党第六次代表大会，宣布“反共睦邻”的基本政策。12月，与日本特务机关签订《日华新关系调整纲要》，以出卖国家的领土主权为代价，换取日本对其成立伪政权的支持。1940年3月，汪精卫伪国民政府在南京正式成立，他本人任“行政院长”兼“国府主席”，成为了跟重庆国民政府对抗的另外一个国民政府。
最令世界上各国感到好笑的是，在日本对英美宣战之后，汪伪的南京国民政府居然也一一向盟国进行宣战。再加上太平洋战争爆发后正牌的重庆国民政府向日本、德国、意大利及其他轴心国的仆从国宣战，这样中国的两个国民政府分别向参与二战的两派进行选择，这种情况恐怕是从来没有出现过的情况。搞得其他国家都不知道该如何响应这两个国民政府的宣战公告了。
进入到1943年以来，日军在中国大陆和太平洋都遭到了重大的失利。当日本的侵略战争已陷入节节败退的困境中时，为了让傀儡政权为日本的对外侵略承担更多的“责任”，日本政府便在口头上宣称要给予汪伪政权以更多的“自由”。汪精卫看到了这种形势，立即抓住机会，开始鼓吹“共存共荣”、“同甘共苦”，进一步提升到叫嚷与日本“死中求生”的程度，不惜以沦陷区的人力物力倾掷于日本的对外侵略战争中去。他叫嚷要“拿出全副精神，放在‘决战第一上面’”。而可笑的是，他控制的伪军却一触即溃，根本说不上“决战”二字。
随着国民**军已经占领了安徽大部，在南京的伪国民政府都慌张了起来，汪精卫特意飞赴日本，面见外相，恳请日军提供更多的保护，但是日本政府是自身难保。就在汪精卫抵达东京的当晚，他就深切地体会到被轰炸的“快乐”，当夜B29的炸弹落下的声音和防空炮火的声音就没有停息过。
第五战区和第九战区的顺利推进让在香港进行谈判的孙科有了更多的底气，在谈判的条件上就更加主动了。而另外一方中村丰一则迫不及待的希望能在日军还占据着大块的土地前达成一致，所以不得不主动找到孙科。孙科仍然坚持日军先撤军、撤销伪政府、进行赔偿和惩治战犯，仅仅对中国在日本驻军一条表示可以商量。中村丰一无奈不得不将当前的谈判结果传回国内，告知陆相石原莞尔。
石原莞尔趁夜面见了小矶国昭，中国派遣军的形势真是不容乐观，说不定有被赶下大海之忧。
“小矶君，这是中国人送来的条件。”不知道从什么时候开始，石原莞尔已经更改了对中国的称谓，已经不是“支那人”了。
小矶国昭快速的看完这短短的几行字，叹了一口气说：“石原君，都说你的陆军中少有的智者，你觉得我能答应这个条件么？”
“不能，否则军队会哗变的。”石原莞尔跪坐着回答到。
“那你为什么还把这个谈判的条件给我呢？要知道，对中国的谈判是你在负责啊。”小矶国昭望着窗外被大风吹得东倒西歪的大树，似乎在预示着大日本帝国的命运。
“小矶君，你知道中国人已经占领了合肥，离南京只有100公里了。汪精卫都来到了这里请求支援，可惜陆军部已经没有兵力可以调配，而中国派遣军守住已有的城市都嫌困难。我是向您申请是否可以将中国派遣军在华南、华东的军队撤出，投入到华北地区或者东南亚及太平洋地区。”石原莞尔说。
“石原君，南京是大日本帝国花费了巨大的人力和物力打下来的。而上海、广州、福州这些良港是海军重要的据点，他们可不愿意失去啊。”小矶国昭为难的说，“况且撤出的话，汪精卫政府怎么办，如果重庆军在我们撤出的过程中攻击我们怎么办？毕竟现在没有制空权啊。”
“正是因为没有制空权，我才提出这个建议的。我们经过军棋推演，发现无论如何调配，都无法守住这些城市，只能白白地牺牲我们的军队。”石原莞尔回答到，“我想是否可以由谈判组达成一个协议，我们从华南华东撤军，而重庆军应不予攻击。至于汪精卫的政府，可以选择迁往台北。”
“石原君，我知道你的想法是很好的，从军事的角度上看这无可厚非。但是从政治上，恐怕我们无法向军政两界解释啊。”小矶国昭再次叹了一口气，现在的局面真是棘手，在现代战争中没有制空权什么都别谈。
“可是小矶君，难道我们就让那些大日本帝国的士兵固守城市，然后一个一个被消灭吗？”。石原莞尔有一些激动，谈判久久没有成果本来就让他非常不快了。
“我想，也许等到南京攻防战结束后我们再一起向天皇汇报此事比较稳妥。如果没有经过事实的证明，我们的撤退是难以服众的。”小矶国昭思考良久，然后说到。
在没有得到日本人的答复后，已经厉兵秣马的两个战区立即开拔，向着首都南京进发。为了实施反攻南京，军委会投入了绝对的力量在其中，大量的物资通过公路、铁路和水运的方式来到了武汉、南昌等地。
白崇禧领衔的总司令部直接放在了合肥，以便就近指挥作战，全国上下的目光都集中在了长江下游这个承载着很多惨痛回忆的城市。
6月30日，第一批蚊式轰炸机飞临南京等地，开始了战前的轰炸。码头、公路、铁路以及各个交通枢纽落下了大量的炸弹，宣告中国军队反攻南京拉开了序幕。自从1937年12月占领中国的首都南京以后，日军已经在这里经营了5年半的时间，而且南京城贵为伪国民政府的首都，所以防守相当严密。不但有日军第13军的一个师团驻扎在这里，从安徽战败撤回的第11军剩余的两个师团也驻扎在了南京。而且南京还有大量的汪精卫政府率领的伪军，数量达到了惊人的30万，加上在这里的近10万日军，守卫南京的总人数达到了40万人。而进攻南京的则有新编第二集团军和新编第五集团军以及部分第三战区的地方军队，人数为25万。
如果光算着人数的话，恐怕不是太多的人为中国军队叫好。但是要看到，日军控制的军队中有四分之三是战斗力极差的伪军，更加重要的是，日军根本没有制空权。这一点可以从南京四面八方俯冲投弹的攻击机就可以看出来。?除了杜聿明指挥的新编第二集团军的那个陆航团以外，空军的第二航空军的攻击机师简直是将这里当成了训练场。只要不是对那些拥有坚固防空阵地的地方进行投弹，中国空军的攻击机甚至要俯冲到接近地面才释放挂着的炸弹。有很多次机头的螺旋桨甚至都打倒了树枝，空军和陆军的航空队仿佛是在比试谁更加勇敢似的。
在这种情况下，从上海到南京的水路和陆路很快就被切断了，日军在空中威胁的压迫下逐步撤回了南京城。中国军队顺利地从北、西、南三面将南京围困住，在北面的是第五战区沿着合肥推进来的新编第五集团军，在西面是第九战区的新编第二集团军，南面则是第三战区派来的一些军队。
空中的力量开始向南京城中倾泻炸弹，而新编第二集团军的3个重型榴弹炮营也在南京西面的山上架起，开始对南京城中的军事目标进行轰击。有了天云号高空舰的抵近观察，日军在地表阵地的布防完全对中国军队透明。日军很快恢复了前几次巷战的作战模式，将大量的作战部队隐藏到民房中，由于南京陷落后汪伪政府从其他地方迁入了很多人口，所以在南京的平民还有很多。
一些日军将靠近城墙的房屋霸占，然后在将防御工事修建在其中，易于挖掘的地面也修建了很多的地堡，建筑材料则来自于城墙和拆迁的民房。当日军在其他地方的地表工事全部被重炮和俯冲轰炸摧毁之后，有一个地方的坚固工事则没有办法将其破坏。那就是日军的紫金山阵地。
紫金山上有一个地方是让中国军队放不开手脚的，那就是山前正中的中山陵。这是国父的陵墓，要是有一颗炮弹或者炸弹不张眼飞到了这里，那可怎么得了。所以空军和陆军都不约而同的将这里划为了禁区。
日本人肯定很早就考虑到了这点，在位于东郊的紫金山上，日军居然建立了一套完善的防御体系。
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