看见美军舰载机那一刻，山本五十六立即命令全军撤退。泡*书*吧(）这个时候日军航母舰队已经离开这里有200多海里的距离，处于比较安全的位置。受伤后航速无法提高的武藏号战列舰、金刚号战列舰和两艘巡洋舰则留下阻敌。所有日本海军都明白留下的意思，武藏号战列舰舰长猪口敏平少将苦劝山本五十六大将搭乘驱逐舰离开，但是山本五十六轻描淡写地说到：“既然这一次错误是我造成的，那就让我来承担这个责任吧。像我这样的老式海军将官，还是抱着老式的思想作战，而使得大日本帝国的实力受损，就应该去死了，让新一代的军官来指挥大日本帝国海军。”
山本五十六的一席话让所有在场的司令部人员陷入了沉思，不得不说他的话非常有道理，不破不灭，那么就痛痛快快地交战吧。四艘日军军舰不但没有后退，反而冲着美军而去。美军舰载机很快俯冲了下来，开始对准日军进行投弹，体型庞大的武藏号当然是所有人的焦点。
武藏号战列舰是大和级战列舰的第二艘舰艇，不但拥有厚实的装甲，而且还有完善的水密舱。所以尽管一时间被命中了数十枚航空炸弹，使得武藏号上的建筑几乎全部被摧毁，但是武藏号依然还漂浮在海面之上。
“轰轰轰”地数声巨响，舰桥中的山本五十六被巨大的震动掀翻在地上，原来是武藏号战列舰被舰载机投下的鱼雷命中。武藏号的速度逐渐降低了下来，另外两艘日军巡洋舰早就在轰炸之下被击毁，沉入了冰冷的太平洋之中。金刚号战列舰上的高射炮虽然还在对空射击，但是它的舰身已经开始倾斜，角度达到了30度，这使得其一边的螺旋桨开始露出水面。随后金刚号战列舰再次被数发鱼雷命中，这一次鱼雷几乎从装甲薄弱的船底射入，将其内部建筑破坏得一塌糊涂。接着突然一声巨响从金刚号内部传来，一股橘黄色的火光从各个窗口喷出，金刚号内部弹药库爆炸了，爆炸的巨大威力使得这艘战列舰的舰首几乎完全破碎，大量的海水涌入使得它开始一点点地下沉。
金刚号战列舰的舰长向武藏号发来诀别的电报，他并没有宣布弃舰，直到这个时候军舰的炮位上还在对空射击，空中盘旋的美军飞机并没有再继续进攻这艘注定将沉没的军舰，也许他们在等着日本人打出白旗吧。
山本五十六整理了整理自己雪白的军装，擦拭了自己的勋章。透过他的黑框圆眼镜，海水已经淹没了金刚号战列舰的甲板，而舰桥的旗杆上，那面日本海军的军旗还在烈烈飘扬。
山本五十六拄着自己心爱的军刀，用低沉的嗓音轻轻地哼起海军的军歌。鸟山启作词，濑户口藤吉作曲的《军舰进行曲》随着众人的应和之声变得越来越大，响彻了整艘军舰。
由于担心遭到伏击，美军军舰和舰载机均未对逃跑的日军军舰进行追击。他们转而围住这艘燃起大火，但仍然漂浮在海面之上的武藏号战列舰。武藏号战列舰上还升着旗舰旗，这说明日军舰队的最高指挥官还在这艘军舰之上。美军已经停止了炮击，舰载机也开始了返航，从早上4点持续到8点的战斗让所有人都疲惫不堪。但是美军还是派出了大量的小艇打捞落水的士兵，无论是美国海军士兵还是日本海军士兵，他们都一视同仁。打捞上来的日本人则并不领情，他们神情冷漠地按照军衔坐在甲板之上，等待美军的处置。
美军向武藏号发来明码电文，要求立即投降，同时也派出一艘驱逐舰围绕武藏号转圈，上面的通信官反复用旗语要求日军投降。舰桥司令部之中的山本五十六和武藏号舰长猪口敏平少将看到了美国人的提示，山本五十六微微地笑了笑。投降这个字眼早就从他人身的字典中删除了，他用冰冷地声音对着舰长说到：“命令弃舰吧，猪口君，士兵们已经很累了。”
武藏号舰长猪口敏平少将点了点头，弃舰的命令被下达了下去。一部分幸存的武藏号上的海军士兵跳进了水中，然后向美军小艇游去，更多的人还牢牢地守在自己的岗位之上，但是所有的火力都停了下来。
“打开海底阀吧。”山本五十六下达了他在联合舰队中最后的一条命令，然后他谢绝了猪口敏平少将的陪同，将自己反锁在司令部之中，跟着他最亲睐的战列舰自沉在塞班岛和关岛中间以东的太平洋之中。马里亚纳大海战落下了帷幕。
米切尔中将所在的列克星敦号航空母舰在中午时分赶到了交战的地方，他看着海面上正在紧急抢修的军舰和大量的油污，不由得对日本海军的水平深深地钦佩。从对落水日军士兵的审问中，米切尔中将已经得知了日军的指挥官分别是山本五十六和南云忠一。而之前那神乎其技的四波穿梭轰炸来自于南云忠一，今天早晨的这次战列舰交战则由山本五十六亲自指挥。米切尔中将觉得经过此役以后，他学到了非常多的东西。
除了五艘大型航空母舰沉没、三艘护航航母沉没之外，今天的交战中美军再次损失了一艘战列舰和一艘重型巡洋舰，驱逐舰也被击沉了三艘。米切尔中将向第五舰队司令斯普鲁恩斯中将汇报了这个情况后，斯普鲁恩斯立即向在夏威夷的尼米兹将军请示，要求结束这一次马里亚纳战役。因为现在的第五舰队已经不能为登陆的联合远征军提供像样的空中支援，在这种情况下要进攻三座日军经营了近四年的岛屿将会使得大量的美军士兵牺牲。
随后的战局发展也证明了这一点，特纳将军指挥的联合远征军在已经登陆的塞班岛之上遭到了日军的疯狂抵抗。到了夜间，日本人就会将它们藏在地下的那些老式飞机拖出来，利用一切可以利用的地形起飞，然后仗着对地势的熟悉，对堆满了物资的登陆场，甚至美军补给船队进行空袭。日军的潜艇也频繁地出现在这一海域，对美军运输船进行骚扰性袭击。半个月时间过去了，特纳的联合远征军也没有取得什么像样的进展，而美军第58特混舰队却需要补给了，所以很快尼米兹就宣布取消了这一次作战。美军返回了马绍尔群岛或者夏威夷的军港，马里亚纳群岛再次归于平静。
日军对马里亚纳海战的结果非常之满意，大肆地对击沉了8艘美军航母的战绩进行宣传。将此次的穿梭攻击战术更是视为神来之笔而大书特书，日军在西伯利亚的高歌猛进和在太平洋战场上重新崛起使得其民众再次被鼓舞了起来。而山本五十六的死也被日本海军宣传为掩护主力舰队的撤退而做出的牺牲。山本五十六在民众之中的地位是相当高的，原本他的死是会对士气产生严重打击的，但是经过这样的一番宣传，民众反而同仇敌忾了起来。大规模的捐钱捐物行动再次被组织起来，各个造船厂和飞机制造厂的工人加班加点，将来自西伯利亚和东南亚的资源一点一点地变成日军的战争机器。
10月20日，就在山本五十六死后一天。日本追授山本大勋位、功一级、正三位和元帅称号，山本五十六成为了当前唯一的海军元帅。第二日，由天皇亲自主持，在东京日比谷公园举行了国葬，在葬礼之上天皇授予了已经身故的山本五十六男爵称号。
日军虽然在这一次马里亚纳战役中没有损失任何的航空母舰，只是损失了两艘驱逐舰、四艘重型巡洋舰和十多艘驱逐舰。但是在实施四波穿梭攻击的时候却损失了300多架作战飞机，这些作战飞机的驾驶员都是有丰富的对海作战经验的老飞行员，与那些刚刚训练了几个月的菜鸟不可同日而语。从长远来看，这些飞行员的损失使得日军在其后的航母交战中作战效率大大下降，虽然拥有的飞机越来越先进，但是却再也没有取得超过马里亚纳海战中那辉煌的战果的成绩了。
马里亚纳海战中美军虽然损失了8艘航空母舰，但是由于交战都发生在美军军舰上空，大部分被击落的飞行员最后都被营救到了船上，那些落水的水兵也大多获救，这些有经验的作战人员大大地增强了美军的战力。美国的经济已经完全转入了战时的轨道，这些军舰的损失可以在几个月的时间之内就弥补起来。
下一次美军再来攻打马里亚纳群岛的时候，会有更多的航空母舰，更多和更先进的舰载机，以及一大批富有经验的飞行员，这些都是日本人难以获得的。所以虽然日本人表面上取得了这一次马里亚纳海战的胜利，但是仅仅是拖延了时间而已。
而与此同时，它远在德国的盟友，也在积极地应对一次挑战。
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