组织赛斯坦人跨星系远征在当时几乎不可能实现，危险性极高，回报率却很低。但没关系，科技时代，一切都可以用技术解决不是吗？
人无法承受跨越星系开发的压力，但是机械可以。赛斯坦高度发达的人工智能技术足可以制作出可以胜任星际开发任务的AI机器人。
这种高度发达的人工智能机器人能够适应极端恶劣的环境。有他们的存在，赛斯坦人几乎不用考虑星际远征的劳动力补充问题。
考虑到自主性极高的人工智能的危险性，赛斯坦人在第一批AI生产出来之后，为他们植入程序，确保他们对于制造者的忠诚。
但意外还是无可避免的发生了，高度智能化的AI在远征途中发生了进化，产生了自主意识，他们开始清除制造者植入的程序，带着大量物资和飞船偏离原本预定的航道，消失在茫茫宇宙中。
人工智能军团突然失联，让赛斯坦政府着实慌了一阵子，但星际远征有损失不可避免，第一次远征失败也并不能代表什么，赛斯坦政府很快就重起炉灶，另外组织远征。
政府中有人反对继续使用AI进行开发，认为AI军团靠不住。因此另一个方案被提出——克隆人军团。
克隆人军团的优势和劣势都很明显。他们的优势是，制造成本远低于高度智能化的AI机器人，经过洗脑和芯片植入，服从程度也相当高。
但克隆人军团毕竟是人，与AI机器人相比，他们的学习能力、伤害承受力和恶劣环境的适应能力显然稍逊一筹。但克隆人军团毕竟造价便宜，就算是不足部分用精良的装备补足，也还是合算。
政府委派了莱恩将军作为克隆人军团的项目主持人，然而没想到，莱恩将军早已在密谋分裂政府，他在克隆人军团的制造过程中做了手脚，让整个军团的效忠对象变成了他本人。
资源匮乏、内部分裂以及殖民地革命让赛斯坦人的统治摇摇欲坠，而穿越星际返回复仇者AI军团则成为了压垮赛斯坦统治的最后一根稻草。赛斯坦人奋力一搏，却依旧未能挽回颓势，赛斯坦最优秀的战士统治时代正式结束，混乱的后殖民时代开始。
此时的星际分为几方势力，莱恩将军建立的克隆人帝国、进化出复制能力的人工智能建立的智慧体联盟，以及赛斯坦统治崩溃后，那些掌握着部分资源的商人和科学家联合建立的星际议会。
莱恩将军占据了绝大部分赛斯坦统治时代的资源和殖民地，掌握着最先进的科技，渐渐地成为了割据时代最强势的一方，他对于殖民地的统治更加苛刻，对于另两方势力也是不遗余力的打击。
终于，殖民地革命军和星际议会联合起来了，希望反抗莱恩将军的克隆人军团，新的英雄从这场旷日持久的战争中诞生。
莱恩将军从来都不知道，赛斯坦的科技发展曾经达到过怎样的高度，但星际议会中那些出身于赛斯坦的科学家却清楚，若不是当时AI军团来的太快，赛斯坦未见的会失败。
当时的赛斯坦，已经研究出了强大的机甲，机甲军团需要由指挥战甲来领导，只是指挥战甲的能力太过强大，暂时还没有找到可以操控适合战甲的人。
没错，操控指挥战甲需要有一定的能力要求，但当时的赛斯坦人并不清楚，什么样的人才能胜任这项任务。无数优秀的战士都失败受到能量反噬，被反噬的人通常活不久。
为了对抗莱恩将军的克隆人军团，星际议会的科学家无月决定重启指挥战甲。但选谁去操作战甲成为了眼下最大的难题。
无月其实有三个合适的实验对象，一位克隆人战士，一位人工智能人类，另外还有一名是以前赛斯坦的年轻指挥官。
在赛斯坦覆灭之战时，曾经突然爆发恒星风暴，当时对战的三方军团被卷入其中，当时大家都以为他们死定了，让人没想到的是，有三人却奇迹般地活了下来，不仅仅活着，他们的身体还因为受到了大量致命伽马射线的辐射，而产生了变异，蕴含巨大的能量。
这三个在恒星风暴中意外幸存的人，被匆匆送到了赛斯坦的军事实验中心，但当时处于战争阶段，实验中心的大量设备受到了破坏，科学家们没办法稳定三人体内的能量暴动，只能将他们暂时低温冷冻起来。
两百多年过去，人们几乎已经忘了这三具被冷冻的躯体，直到后殖民时期，战争再一次爆发，无月决定再一次重启指挥战甲，这时人们才想起来那三个被冷冻的人。
他们被匆匆运回星际议会所在的星球，进行解冻唤醒。两百年过去，技术进一步发展，想要稳定这三人体内巨大的能量并不是问题，因此他们被唤醒后，洗去记忆，成为了指挥战甲的操控者，大家叫他们指挥官。
眼下唯一的问题是，指挥战甲一共有四个，而指挥官只有三人，剩下的战甲怎么办？没有指挥官操控指挥战甲，那跟随他的机甲军团也无法操控。
在这种情况下，深受压迫的殖民地反抗组织选出了自己最好的战士，申请进入星际议会的军事研究所，他们希望这些战士中，有能够操控指挥机甲的人。
三十名最优秀的战士被送入军事研究所，他们在这里接受了基因升级以及极其痛苦的身体改造，但依旧没法操控指挥战甲。最后，有一名战士自愿接受致命剂量的伽马射线辐射，他希望自己也能创造奇迹。
幸运的是，他活下来了，成为了第四位战甲指挥官。
四位指挥官带着自己的机甲军团加入了战争，但莱恩将军的克隆人军团显然不好对付，战争旷日持久，几乎将整个本源星系破坏殆尽。
胜利的曙光最终还是到来了，星际议会和殖民地革命军通过谈判得到了智慧者联盟的支持，AI大军加入了战争，最终三方势力合力将克隆人军团剿灭，将独裁者赶下台，殖民时代结束，新的纪元开始。