马士英花了两天的时间才控制了南京全城，期间，卢九德的京营对一切事情都保持了观望的态度，这也帮助了马士英等人得以顺利的铲除少部分忠于义兴皇帝的朝臣和部队。
福王朱由崧踏着满地的鲜血，终于走进了南京皇城，按照马士英等人的想法，在这里，他将成为新一任大明的君王。
新的年号也已经确定，在为义兴皇帝举办过盛大的安葬仪式之后，明年，将是崭新的弘光元年。
对于义兴皇帝的死，诸多朝臣倒是没有过多的探究。其实，每个人都明白这背后的博弈，对于大明的朝臣来说，义兴皇帝和崇祯皇帝都并不是他们心中完美的皇帝形象。
“天子与士大夫共治天下！”但对于士大夫来说，这天下，有他们便足够了。
士大夫心中所谓的义兴“专断时代”匆匆结束，从头到尾不过一年的时间，这让满朝的大臣，尤其是东林党人兴奋莫名，在他们看来，马士英等人不过是些弑君的叛臣，自古以来邪不压正，他们迟早会被东林正义的力量清除出朝堂。
而即将上位的朱由崧，由于得位不正，也无法对朝政产生什么巨大的影响，所以说，将来的大明朝堂，将会是东林的天下，清风正气，将会充盈整个大明中枢。
马士英则对这一切冷眼旁观，宦海浮沉二十余载，对于朝臣们的党政他早已看穿。所谓的东林除了少部分干臣之外，其余的大部分都不过是趋炎附势之徒。借助于东林的名望和影响，满足自己的个人目的。现在的朝堂。手中有兵权才是最重要的，刘良佐两万人马，兵不血刃，便能轻易的攻克南京就充分的说明了这一点。
但出乎意料的是，刚刚安稳下来没几天，二月初五的时候，南京城中便出现了混乱的情况。刘良佐约束麾下的兵马不利，入城时的劫掠并没有完全消除。虽然马士英严令他必须控制住麾下兵马，不能再出现类似的情况，但却是没有达到预期的效果。
这一点，令刘良佐都很惊诧。麾下的兵马不知道是怎么一回事，居然有愈演愈烈的趋势，从劫掠普通百姓，开始转向南京城中的豪族、乡绅。甚至于朝中的大臣。
刘良佐虽然是个武夫，但也知道，这个时候万万不能出什么乱子。派出心腹纠察军纪，彻查此事，却是始终没能得出一个确切的结果，但有一点可以肯定。似乎是有人在暗中推波助澜，挑唆、怂恿自己的士卒在城中搞出这么多事情来。
消息送到马士英手中，马士英顿时起了警觉，但想要彻底调查清楚，眼下又着实没有能力。南京初定。朱由崧登基的事情边让马士英焦头烂额，还要想方设法将自己的弑君的事情一点一点的抹去。实在是殚精竭虑，忙的不亦乐乎。现下哪有时间来调查这样的事情。
无可奈何之下，马士英只得拜托卢九德，请京营负责南京城中的治安。但即便是如此，二月初五的晚上，仍是有十余位大臣家中遭到了洗劫，抢劫财货不说，还杀死了其中的五位朝臣。
偏偏这十余人还都是东林一党中的骨干成员，如此一来，钱谦益、黄宗羲这些东林首领可是再也无法忍耐了。
凌晨时分，便有千余名官员和儒生聚集到宫门之外，声称要严惩刘良佐和肇事凶手。马士英少不得要四方奔走，好不容易才将事情给压了下来。
但东林党人却将马士英和刘良佐视为了死敌。
转过天来，京师中发生了数起对抗事件，便是儒生和刘良佐的兵马起了冲突，手无寸铁的儒生吃了大亏，被杀的血流成河，两百多条无辜的生命葬送在刘良佐的刀剑之下。
这样一来，马士英便再也无能为力了，只能眼睁睁的看着南京城中的局面一天比一天糟糕。这时候，他只能频频向黄得功、郑芝龙和左梦庚发出书信，要他们日夜兼程，尽快赶至南京，平息城中的变乱。
但期盼中的援兵没有到来，却是得到了一个更加令马士英崩溃的消息。
朱平安在山东起兵，将朱由崧、马士英等人列为叛逆，昭告天下他们的谋逆弑君之举，山东军杨廷麟数万精锐之师开始南下。淮扬、江西、广东纷纷响应，共推唐王朱聿键监国南京，各路人马纷纷向南直隶一线挺进。
而其中最令人意想不到的是，福建郑芝龙竟然顷刻间改换了门庭，加入到讨逆大军的行列中，举兵七万沿江北上。
山东军岳锦峰和仇泽两部，从睢州一线向左梦庚发动进攻，左梦庚抵挡不住山东军的炮火，只得退守鹿邑，依靠本身的十余万兵马据城防守。
而杨廷麟所部也进入河南，联合岳锦峰和仇泽共击左梦庚。左梦庚惊恐万分，不断向南京马士英送来求救文书。可如今的马士英哪有兵力可以派遣。
内忧外患，让马士英心力交瘁。
可远在庐州的黄得功又在这个时候往马士英的心上狠狠插了一刀。
二月初十的时候，黄得功宣布起兵反正，与湖广兵备道黄公辅一同进兵武昌，截断了左梦庚的归路。马士英闻听，顿时吐血不止。
朱由崧、阮大铖、刘孔昭等人惶惶不可终日，不约而同的来到府上探望。
众人相对无言，一片愁云惨淡。
“咱们是被郑芝龙给坑了！”马士英委顿在病榻之上，却是忽然说了这么一番话。
众人为之一愣。
马士英却是接着说道：“现在看来，郑芝龙是早有图谋。郑鸿逵在南京奔走，为的就是怂恿咱们铤而走险。郑芝龙很聪明，他不愿单上弑君的罪名，却将咱们推到了前边，他坐拥雄兵，正好便在这个时候来收拾残局。他与朱平安早有勾结，要不然，早前答应的出兵山东，牵制朱平安，为何雷声大雨点小。现在又和朱平安一同起兵，辅助朱聿键上位。这世间之事，哪有这么多的巧合之处？”
阮大铖苦笑一声，“瑶公，即便是知道了又如何，郑鸿逵做事滑不留手，咱们却是没有抓到他的把柄，现在就算昭告天下，天下百姓谁会相信呢？”
刘孔昭连连点头，“正是如此，眼下已经是四面楚歌之局，咱们不能坐困愁城，总要想一个法子逃出生天才是啊！”
朱由崧也不说话，坐在座位上，只是不住的掉眼泪。
马士英慨然长叹，“如今还有什么好法子，黄得功、郑芝龙相继背叛，左梦庚自身难保，咱们手中没有可用之兵，拿什么来抵御朱平安和郑芝龙的大军？”
“那总不能坐以待毙啊！”阮大铖愤愤说道。
“倒还有一个法子”，众人心头一喜，齐齐的看向马士英，马士英皱着眉头喝完马鸾递上来的一碗药汤，这才接着说道：“姜曰广和高弘图都是咱们当初拥立福王时的人马，当初他们被贬斥到广西，如今看来倒也不算是坏事，总算有了一块落脚之地。”
“拥立福王的事情还不算晚，他们也有书信往来，言辞中也是惴惴不安。现在，朱平安等人拥立唐王朱聿键，势必要为义兴帝报仇雪恨，他们也是在劫难逃！”
“瑶公的意思是，咱们去广西投奔他们？”刘孔昭疑惑的问道。
马士英摊开双手，“难道别的还有更好的法子吗？”
“可这山高路远，你我都是手无缚鸡之力之人，家中也不过有些家将护院而已，这一路上，如何能摆脱重重围堵追截呢？”阮大铖面有忧色的说道。
“所以，当下，咱们要找一个人来相助！”
“还有何人肯来相助本王啊！”朱由崧心灰意冷，又是擦了一把眼泪。
“王爷所言差矣，眼下在南京城，还有一人可以帮助咱们，他也非帮不可！”
“谁？”
马鸾眼睛一亮，“父亲所言莫非是指司礼监秉笔，如今执掌京营的卢九德？”
马士英点点头，“正是此人！”
“阉宦之人何谈信义，如今咱们濒临绝境，他能够不落井下石便是对得起咱们了，怎么还能指望他以京营之兵跟随咱们去广西！”刘孔昭对马士英的提议不以为意。
马士英摇摇头，“此言差矣，当初拥立福王时，卢九德也是居功非小，一路从洪泽湖护卫福王入南京。诸公可也别忘了，当初潞王是怎么死的？”
经马士英提醒，众人这才想起那段往事来。京师陷落之后，南京众臣推选继位人选，福王和潞王都是其中之一，朝臣们中也有不少人倾向于拥立潞王继位。
但卢九德却是当机立断，星夜赶往洪泽湖武家墩，迎接福王赶赴南京接掌帝位。就在那当天晚上，潞王朱常淓便不明不白的溺死在洪泽湖中，也使得南京朝臣不得不统一意见拥立福王朱由崧登位。
现在想起来，那分明是卢九德在其中做了手脚。要是如此的话，那他绝对不敢再留在南京，等着朱平安等人进城，恐怕这个时候，已经在筹谋退路了！