曾纪泽拿下苏州，并没有听程学启的建议杀掉投降的八王，杀降不仁，他不想败坏名声，而且这样只会做不仅会激怒戈登，还会让剩下的太平军宁死不降。苏州城里根本没有二十万之众，能有战斗力的不过三四万人。曾纪泽利用他们去收复苏南剩下的失地，截杀李秀成的大军。
此时的李秀成，自率大军二十万西进，抵达巢县，随后向无为发起攻击，准备打开皖北防线的缺口，然后迅速向西线推进。然而他的前锋部队打下江北几座城池和要塞之后，并没有保持气贯长虹的气势继续进攻，反而在皖北停滞不前。因为曾国藩早就得到情报，四处调兵，三个月内，他已经调集了一万余湘军开到无为到庐州一线，组织了一道坚固的防线。
李秀成初攻受挫，决定加强攻击力度。1863年4月24日，李秀成命令太平军在无为城外，修筑了一百多座营垒，将无为团团围住。无为彻底成了一座孤军，陷于太平军的汪洋大海之中。
如果对无为战事不作为，无为就一定会落入李秀成之手，皖北防线就会被撕开一道口子，到时候太平军**，湖北将无法收拾。曾国藩决定从江南抽调湘军，增援无为。当时江南湘军主力，只有鲍超、彭玉麟和曾国荃。鲍超被江南的三支游击队轮番袭扰，无法脱身，曾国荃的吉字营则忙于围攻南京。刚好此时曾纪泽已经攻下苏州，曾国藩让他率军支援无为，还从彭玉麟的水师里调了精兵五千，和曾纪泽一起北上。
曾纪泽和彭玉麟深知此举事关重大，率部乘坐军舰，昼夜不停地赶往无为，挽救了危在旦夕的无为。
李秀成见曾纪泽和彭玉麟的大军赶到，从无为撤军，继续北上打庐江。但是曾纪泽和彭玉麟的水师很快又赶往庐江。
李秀成的部下伤亡不少，却又没打下，再换个地儿继续打舒城，还是打不下来。
李秀成于是下令再换个地，打六安，他下了死命令，必须打下六安！
六安已经是李秀成攻打的第四座城市了，从打无为算起，太平军已经打了快两个月了。这两个月里，由于劳而无功，攻而不克，太平军没进过一次城，一直是风餐露宿，连个好好睡一觉的地方都没有。
如今的皖北，与当年陈玉成在此经营时候相比，完全是两个世界了。经过这么多年战火的洗礼，皖北早就残破不堪，老百姓那根本就没有多少粮食，李秀成不但筹不到粮，反过来还要用军粮赈济灾民，加上曾国藩下令在这里执行坚壁清野的政策，皖北到处都是嗷嗷待哺的饥民，完全是一幅“白骨露于野，千里无鸡鸣”的凄凉景象。
二十万人集中在这个“千里有饥民”的悲惨世界，实在是一件让人不寒而栗的事情。再不打进六安，补充一下给养，李秀成的大军就要喝西北风了。
1863年5月12日，李秀成指挥太平军，兵分三路三面同时猛攻六安。
曾纪泽把刘铭传的铭字营派到了六安支援，对他说：“六安城大兵单。偌大的六安城，现有一个像样的战将都没有，只有两名文官，一个是粮台道员曾广翼，一个是知州何家聪。全城兵力就两个营，充其量也就千把号人。你一定要守住六安！“
“少帅放心，守不住六安，我提头来见！只要我刘刘麻子还有一口气在，就决不让一个长毛进城。”刘铭传将头上的辫子盘到了脖子上，信心满满地说。
“好！军中无戏言。”曾纪泽给刘铭传倒了一杯壮行酒，道：“你可不能死，以后你还要打大仗，干大事！”
这是一场大硬仗，李秀成亲自指挥数万大军攻城，数千太平军甚至曾经把六安东门附近的城墙已经炸开了二十丈，换算出来应该有六七十米。这个缺口已经够大了，足够一两百太平军并排冲杀进去，这么多人挤也挤进去了。结果让人十分费解，冲到缺口的太平军，还是没能杀进城去，竟然被堵在缺口的刘铭传的铭字营给打了出来。
“混蛋，几万人，每人拆一块砖也能把六安灭了！”李秀成大为光火，下令再次进攻。
“我们的部下已经饿晕了，人再多也是白搭。我们撤吧。”李秀成的部下赖文光劝说道。
“不行，继续杀！六安都打不下来，还谈什么进攻湖北？”两天以后，李秀成又尝试着发动了一次猛攻，结果还是没能打下来。
刘铭传率部躲在六安城内，吃饱穿暖，以逸待劳，越杀越勇。而李秀成的太平军只能在野外露宿，此时正是青黄不接的时候，别说搞什么烧烤，就连稀饭也成了奢侈品。
已经够倒霉的太平军，偏偏又遇到了件更倒霉的事情。天有不测风云，就在太平军围攻六安期间，老天爷也来捣乱，连日下起了大雨，太平军一夜之间添了不少病号，发烧一大片，流感开始发作了！
这时候的流感是可怕的疾病，一倒就是一个营，成千上万的部下一夜之间就不省人事，
李秀成开始意识到问题的严重性。
曾国藩下令大军在皖北严防死守，只守不攻，湘军援军也在源源不断地向皖北集结。这时，李秀成决定撤军东返，他不想让手下将士继续挑战野外生存的极限。
1863年5月19日，李秀成从六安撤退，避开清防线，从北面的寿州绕道而行，于6月2日来到天长县境。
这一路上太平军不得不继续接受残酷的野外生存考验，偌大的皖北到处是一片荒凉，太平军只好挖野菜、剥树皮来充饥，这些还不够一支庞大的军队消耗，有不少将士都饿死在了东返的路上。
一路上太平军饿死和病死的达数万人，将近一半的失去战斗力，进北攻南宣告破产。
回到天长的李秀成，并没有迅速采取下一步行动，他想让部队休整一段时间。
这时，曾纪泽给曾国荃写了一封信，让他赶紧攻打天京。曾纪泽在信中断言，只要曾国荃一打天京，洪逆（洪秀全）就一定会紧张无比，下旨将李秀成调回天京，到时候湘水师正好半路劫杀他。
曾国荃早就想打了，曾国藩也觉得攻下南京的机会终于来了！
1863年6月13日，蛰伏已久的曾国荃，向雨花台发动强攻，一举攻占雨花台石城和聚宝门（中华门）外的九座石垒。
不出曾纪泽所料，洪秀全果然被吓坏了，赶紧拟好诏书，连夜派人送到天长，命令李秀成火速救驾。
李秀成在天长已经待了十二天，他只所以按兵不动当然有他的苦衷，这支部队的确需要好好喘口气才行。从2月底到6月初的三个多月时间里，李秀成拖着一支庞大的兵团，从和州、含山、巢县出发，途经无为、庐江、舒城，再到六安、寿州、天长，在皖北兜了一大圈，转战千里，频繁攻城，饥寒交迫，死伤惨重，已经元气大伤，再也没有力气再走下去了。
除了部队疲乏行军困难，迷惘也是李秀成滞留天长的一个原因。他早就料到“进北攻南”一定会是一个悲剧。退一万步说，就算打得顺利，也不可能解得了天京之围。
洪秀全在再版围魏救赵方案的时候，忽略了李秀成即便顺利打到湖北，谁来打败天京城外的湘军王牌军——曾国荃的吉字营？
李秀成不得不面对现实。他需要面对洪秀全的责骂，或者召唤。收到洪秀全的救驾诏书后，李秀成不得不由“进北”变成“攻南”。
李秀成离开天长，率疲乏之师南下赶到江浦，从九洑州渡江来到天京。带到江北的二三十万部队，跟随李秀成回到天京的只有一万五千人，其余随同北征的将士大都悲惨地死在了过江的途中。
这些勇敢的天国战士们，没有死在安徽漫长的征战途中，反倒在自家门口死于湘军的截杀之中。
湘军的截杀是早有预谋的，精心组织这场屠杀的，是曾纪泽！
曾国藩也从前线巡视中产生了大反攻的想法，与曾纪泽的想法不谋而合。
为了了解前线军情，协调皖北、皖南和天京战场的作战步调，调整作战计划，曾国藩亲自到火线去搞了一次实地调研。
曾国藩的这次前线巡查，持续了整整四十天，从大本营安庆出发，一路向东，先后视察了池州、芜湖、无为、雨花台、九洑洲等地，然后折向西行继续视察沿岸战场，直到4月27日才回到安庆。
这次视察，曾国藩的收获很大。他的第一个收获，就是找到了自信。在视察途中，曾国藩每到一地，除了慰问将士们外，还仔细观察了敌我双方阵地和防御工事，通过对比他发现一个重要的情况。
曾国藩写信对曾纪泽说，“长毛以前的防御工事，坚深无比，营垒砌得又高又大，就像一座城池；壕沟挖得又深又宽，赶得上护城河的规模；可是现在就草率简单了许多。这说明太平军的战斗素质和士气，在走下坡路。而湘军的防御工事跟以前相比，却有了很大的进步，这说明湘军的战斗力在提升，士气在上涨。”
曾国藩强调说，湘军现在“和衷共济，呼应灵通”。相反，长毛那边呢？也不知那个“洪逆”是怎么想的，竟然一口气封了九十多个王，搞得手下那些将领们都在争功夺权，往往见死不救，他有信心赢得这场战争，反攻的机会到来了。
曾纪泽给曾国藩回信，劝他改变“听天由命”和“截堵皖北”的作战方案，着手布置一套全新的截杀方案：让李秀成有去无回！
曾纪泽建议曾国藩在李秀成回来的路上布下重兵，对这支疲劳的老虎痛下杀手！
曾国藩表示同意，开始排兵布阵，并让曾纪泽全权指挥安徽的湘军。
李秀成的后路是皖北巢县、含山、和州三城。为了避免走上一条不归路，李秀成在这里安排了留守部队。只要打下这三座城市，曾国藩的截击计划就成功了一半。1863年5月中旬，曾纪泽全集皖北湘军，一面在六安与李秀成鏖战，一面攻占巢县、含山、和州三城。
湘军和淮军的战斗力，没有让曾纪泽失望。5月下旬，就在李秀成从六安退兵途中，湘军先后攻占东关和铜城闸，占领了这两个巢县门户要地，就为后续进攻开了个好头。随后湘军又抢在李秀成过江之前攻占了巢县、含山、和州，切断了太平军的归路。
为了进一步吸引李秀成回师天京，放弃东进攻打扬州的计划，曾国藩指示曾国荃配合曾纪泽，猛攻天京。
洪秀全慌了神，命令李秀成率部过江增援。
曾国藩敏锐地察觉到，打击李秀成兵团的时候到了，经过皖北三个月的折腾，李秀成精锐损失惨重，将士疲惫，士气低落，正是趁火打劫的绝佳时机！
1863年6月20日，李秀成率部开始渡江，渡江地点选在江浦。这座城池还掌握在太平军手里，也成为太平军南渡的基地。
太平军南渡的路线是从两浦出发，通过江心九洑洲，然后进入天京。要想大规模截杀李秀成兵团，就必须尽快拿下江浦和浦口，曾纪泽下令淮军对两浦发起猛烈攻击。驻守两浦的太平军，被来势汹汹的湘军吓得不战而退，加入南渡部队抢着过江。
渡江战役已经进行了五天，但是进展非常缓慢，曾纪泽和彭玉麟下令湘军水师堵截，缺乏强大水师掩护的太平军，渡河速度极慢；而渡江的这几天，长江上游突然连降大雨，江水陡涨，更加重了太平军渡江的难度。
前面是滔滔江水，后面是强大追兵，太平军渡江部队彻底陷入慌乱。慌乱中的渡江部队，完全进入失控状态，不但没有组织防守反击，反而争先恐后，只恨爹娘少生了两条腿。
十几万人的太平军此时已经完全成为待宰的羔羊，在拥挤和混乱中，数以万计的太平军被活活淹死在江中。曾纪泽下令大军全力截杀李秀成的部队。
正在渡河的部队，在湘军和淮军的截杀下，一部分被湘军水师围困在江边，进退不得。一半被湘军杀死，还有一半不甘心死于湘军之手，投江自尽，最后李秀成只带了一万多人狼狈逃回天京城里。
还有几万太平军，撤到了江心九洑洲岛，暂时保住了性命。九洑洲是太平天国在江北仅存的一处要塞，也是天京重要的水路粮道，天京城内军民的口粮，有一半以上是从这里运进城里去的。雨花台被曾国荃攻占后，九洑洲变成了向天京城内运送粮食的唯一主道，天京的粮食只能从这里运进城去。
曾国藩当然不会放过如此重要的战略要地，劫杀李秀成的大军后，曾国藩明确指示曾纪泽和彭玉麟率部尽快拿下九洑洲，与曾国荃部一起合围天京！(。)